Stubholm opstod ved opdeling af den oprindelige helgård, matr.7, hvis ejer på matrikelkortet fra 1809 var anført som Morten Stup, dvs. Morten Stub, døbt Morten Andersen. Hjemstedsgården til matrikel 7 ligger stadig bag forsamlingshuset på Bogø Hovedgade 110 og blev senere kaldt Højstedgård. Opdelingen i to parceller blev foretaget af Jørgen Sørensen Stub i midten af 1800-tallet.