På øens sydside ved Lindebroen ligger Bogø Havn. På matrikelkort fra første halvdel af 1800-tallet er der på dette sted markeret et "Baadeleie". Efter udvidelsesarbejder i 1860 og 1885 var den oprindelige anløbsbro vokset til en knapt 5 meter bred, brolagt mole, beskyttet af et lille stenrev mod øst. I 1892 foretog Vandbygningsvæsenet på sognerådets foranledning opmålinger på sydkysten for at sondere mulighederne for etablering af en egentlig havn med større vanddybde end ved den eksisterende mole ved Lindebroen. Tre alternativer blev undersøgt, og der blev udarbejdet skitser for dem alle. Det ene projekt omfattede en udbygning af det eksisterende anlæg ved Lindebroen med etablering af et havnebassin og dertil hørende uddybning, og det var dette projekt, der senere blev arbejdet videre med.

I 1918 blev 1892-projektet igen taget op, og sognerådet argumenterede udførligt for dets nødvendighed over for Rigsdagen, regeringen og amtet i et formfuldendt brev fra sognerådsformanden, lærer A.P. Andersen. Tilladelser og finansiering kom på plads, og i 1921 blev der gennemført en licitation på arbejdet, der omfattede udvidelse af den smalle mole til næsten den form, som den store midtermole har i dag, samt indretning af det nuværende centrale havnebassin. Hertil kom de nødvendige uddybningsarbejder i det nye bassin og ved indsejlingen.[25] I 1922 kunne den udbyggede havn åbnes.

Snart derefter kom en udvidelse af havnen med et færgeleje på tale. Det skete i sammenhæng med projekteringen af en bro mellem Sjælland og Møn. Mens den erfarne brobygger Anker Engelund projekterede broen, stod ingeniør J. Utkov fra Præstø Amt for det, som blev kaldt Bogø-forbindelsen, dvs. en vejdæmning over farvandet Letten mellem Møn og Bogø, forbedrede tilkørselsforhold til Bogø Havn, samt indretning af færgeleje, ventesal og boliger til Bogø-Stubbekøbing-overfartens personale. I 1930 udarbejdede ingeniør Utkov detaljerede tegninger for det hele, men først i 1943 kunne Dronning Alexandrines Bro og Bogø-forbindelsen indvies. Dermed var Bogø ikke blot blevet landfast med Møn og Sjælland, men havde også fået bedre forbindelser til Falster og Lolland.

I slutningen af 1950'erne blev ventesalen udvidet med cafeteria, i 1962 blev der foretaget en større uddybning, og i 1998 blev der bygget en ny bro for lystbåde vest for midtermolen. I 2012 skete der yderligere udvidelser, og der blev etableret et egentligt bassin vest for midtermolen med endnu flere pladser for lystbåde. Endelig fik midtermolen i 2018-19 den store tur, bl.a. med bygning af et nyt glacis mod vest.

Besejlingen af Bogø med dampskibet Stubbekøbing siden 1881 aktualiserede en uddybning af sejlrenden ved Lindebroen. Derfor ansøgte Bogø Sogneråd i 1883 Præstø Amtsråd om et tilskud til projektet.

Kilden er referatet fra amtsrådet møde i Næstved Tidende. Sydsjællands Folkeblad, 1. oktober 1883. Se eventuelt klippet direkte på Mediestream. Referatet blev også gengivet i Stubbekøbing Avis, 4. oktober 1883, og i Møens Avis, 11. oktober 1883.

I en notits "Andragender til Finansudvalget" hedder det i marts 1890 om en ansøgning, som Bogø Sogneråd den 11. november 1889 har indbragt ved folketingsmand Bojsen fra Præstø Amt, at sognerådet andrager om, at der foretages en undersøgelse af kystforholdene ved øens sydside.

Stubbekjøbing Avis, 12. marts 1890, s. 2.

I 1892 gennemførte ingeniør Hummel den ønskede undersøgelse for Vandbygningsvæsenet. Sagen ligger i Rigsarkivet.

Efter de mange diskussioner, undersøgelser og overvejelser i de foregående årtier blev uddybningen endelig gennemført i 1898 - til 7 fods vanddybde (2,20 meter). Til sammenligning havde fleste købstadshavne ved uddybning i de foregående årtier nået en vanddybde på 12 fod. I dag tilstræbes det at holde vanddybden på 2,5 meter, men der sker hurtig tilsanding.