Indtil Enevældens indførelse i 1660 var kongens administration forholdsvis svagt udviklet. Danske Kancelli og Tyske Kancelli var for alle praktiske formål de eneste regeringskontorer, og alle sager gik igennem dem. Først med udviklingen af kollegiestyret under Enevælden overgik flere og flere opgaver til mere specialiserede kollegier, så kancellierne i stigende grad kom til at koncentrere sig om kirkelige anliggender (herunder skolevæsenet og universitetet) og om justitsvæsenet.

Centralt i kongemagtens lokaladministration før 1660 stod lensvæsnet. Lensmændene udfyldte rollen som lokaladministratorer på det kongelige gods. De stod bl.a. for håndhævelse af lov og ret, udnævnelse af lokale embedsmænd (f.eks. herredsfogeder), den øverste militære ledelse og skatteopkrævning. Fra ca. 1488 til 1660 hørte Bogø under Nykøbing Len.