コーヒーの焙煎が進行するにつれて、コーヒーメラノイジン同士は化学反応して、褐色色素C→B→Aの順に変化していきますが、焙煎以外でもこのような色素の化学反応による変化が起こるケースがあります。その代表が、抽出したコーヒーをホットプレート上などで保温する場合に見られる、成分の変性です。
コーヒーメーカーなどで淹れたコーヒーを、ホットプレートに載せたまま長時間放置して加熱すると、次第に色が黒く変色していき、最終的にはべっとりした残留物がサーバーの底面に残ったような状態になります。これはコーヒーメラノイジンが、加熱によって酸化し、重合して生じる高分子だと考えられています。コーヒーカップに残ることがある、いわゆるコーヒー渋（ステイン）なども、これほど極端ではありませんが、同様の仕組みで生じると考えられます。
このような色素の酸化重合体は、苦味が刺激的に強い上、酸化によって生じる異臭（酸敗臭）や、同時に生成する有機酸による酸味も加わるため、ひどい悪味を呈します。さらに、水に溶けにくいため、いつまでも口の中にこびりついたようにそのひどい味が後味として残りつづけます。同様な物質は、実は焙煎時にも少量生成すると考えられるのですが、そもそも水に溶けにくいため抽出されてこない上、焙煎中は臭気成分や有機酸などの副生成物も揮発するため影響は少なく、どちらかというと抽出後に注意すべき化合物であると考えられます。