Molequeue設定

設定手順の概要はMOPAC及びGAMESS(US)の説明を参照してほしい。
最終段階（Configure Program）では、以下の２項目を反映するように設定する。

　Psi4作業環境 　     psi4env

　アプリの場所　      /opt/anaconda3/envs/psi4env/bin/psi4

Configure Programの右側部分のLaunch SyntaxをCustomにして下記のように記載した。
作業環境のアクティベートは必須である。

#!/bin/bash

conda activate psi4env

/opt/anaconda3/envs/psi4env/bin/psi4 $$inputFileBaseName$$.in

Launch SyntaxがCustom場合、左側のSettings項目を参照して設定、実行する方式ではないので、Name以外はメモ程度の意味しかない。

Avogadro2における操作

ジョブ投入前にMoleQueueを立ち上げる必要がある。

    Avogadro2 ------ (Molequeue) ------> Psi4 

１）分子作図、分子力場で構造最適化

２）InputからPsi4を選択

　自動設定される内容は最低限の項目のため、追加、修正する。

    計算レベル、モデル、視覚化のためのオプション（インプット例の赤文字部分を参照）など
　複数コアで実行可能

　入力データの保存は必要ない。

Input data
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set_num_threads(4)　⬅︎　４コア実行

memory 16GB

set basis def2-SVP

molecule {

0 1

   C     -3.501660    1.179460    0.457289

   C     -3.657860   -0.233317   -0.184970

   C     -2.858140    0.008359    1.057570

   H     -1.351500    0.361209   -0.261032

   C     -2.424580    0.531834   -0.326268

   H     -4.689140   -0.077706   -0.487891

   H     -3.168610    2.173540    0.173467

   H     -1.882930   -0.247565    1.467370

}

set optking {

   print_trajectory_xyz_file True

}

optimize, wfn = optimize('REVPBE', return_wfn=True)　　　⬅︎　視覚化のため追加

fchk(wfn,'output.fchk')

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