PyMOLによる分子複合体作成

分子計算アプリを使って分子ドッキングをおこなう際，2個の分子を連続して読込み，ひとつの空間に置くことはできない．そのためにはドッキング専用ソフトを利用する必要があり，フリーウエアとしてはPymolが第一候補である．Pymolは元々タンパク質のドッキングを目的に作られた多機能なプログラムであるが，ここでは連続読込の機能だけを利用してみた．図１はα‐シクロデキストリンとステアリン酸を連続読み込み，Pymolで分子同士を近づける操作をした例である

ボタン操作について

Mouse Modeをクリックすると，"Picking"と"Selectiong"が切り替わる．読み込んだ分子全全部を回転，移動させるには，Pickingモート（下図右）にした後，マウスの左ボタンを押しドラッグすると回転，ホイールを押し動かすと並進させることができる．ゲスト分子のみを対象にする犀は，shiftキーを押し同様の操作を実行する．

ゲスト分子を任意の場所に移動させて初期複合体モデルを作成する．

見た目では，うまく包摂されているように見えても水素原子が異常接近していることがある．分子軌道計算のための細かい調整は，複合体分子をpdbファイルとして保存した後，Avogadroソフトに読込み力場計算を用いてリラックスさせればよい．このようにして作成した入力ファイルを用いて半経験的分子軌道計算を行ってみたが，Core i5CPUで15分程度であった．

γ-Cyd+DHAの場合，AvogadroのMMで構造最適化すると空洞の中心に集まり縮小する．

参考資料

PyMOLマウス操作