GamessQ

分子構造の迅速な構築を容易にするために、ビルド ツール パレットにはプロトタイプ ライブラリも含まれています。ここから、システム定義およびユーザー定義の構造のコレクションを参照できます。これらの構造を表示するには、ドロップダウン メニューで適切なカテゴリを選択し、下のリストから構造を選択します。シンプルでインタラクティブなプレビューが右側に表示されます。表示された構造は、左クリックしてドラッグすると回転でき、中クリック (または Shift キーを押しながら左クリック) してドラッグすると拡大縮小できます。

プロトタイプの追加は、周期表から原子を追加するのと同じです。プロトタイプを選択し、分子表示の空白部分をクリックします。プロトタイプのすべての原子が所定の位置にドロップされます。

プロトタイプを既存の原子に結合するには、まず、プロトタイプのプレビューでプロトタイプ内の水素原子の 1 つがマークされていることを確認します。この水素は、プロトタイプの結合サイトを解放するために除去されます。別の水素原子をクリックすると、どの原子を枝刈りするかを変更できます。次に、分子表示に戻り、既存の塩基（base, 基本）原子の適切な結合部位をクリックします。プロトタイプは変形（transform， 移行）され、マークされた水素が除去された状態で所定の位置に投下（drop into）されます。

ユーザー定義のプロトタイプを追加するには、必要に応じて分子ディスプレイに構造を構築します。次に、構造内のすべての原子を選択し、「ビルダー」メニューの「プロトタイプの選択」を選択します。プロトタイプの名前を入力します。ユーザー定義プロトタイプで利用できるようになります。

Molecular Prototypes（原文）

To facilitate quick construction of molecular structures, the Build Tools palette also contains a Prototypes library. From this, you can browse through a collection of system- and user-defined structures. To view these structures, choose the appropriate category in the dropdown menu and select the structure in the list below. A simple, interactive preview is displayed to the right. The displayed structure can be rotated with a left-click and drag, and scaled with a middle-click (or Shift and left-click) and drag.

Adding a prototype is just like adding an atom from the periodic table. Select the prototype and then click on a blank portion of the molecular display. All atoms of the prototype will be dropped into place.

To bond a prototype to an existing atom, first note that one of the hydrogen atoms in the prototype is marked in the Prototypes preview. This hydrogen will be pruned in order to free a bonding site for the prototype. You can alter which atom is pruned by clicking on a different hydrogen atom. Now, return to the molecular display and click on the appropriate bonding site of the existing, base atom. The prototype will be transformed and dropped into place with the marked hydrogen removed.

To add a user-defined prototype, build the structure in the molecular display as desired. Then, select all atoms in the structure and choose "Prototype Selection" in the "Builder" menu. Enter a name for the prototype. It will now be available in the User-defined prototypes.