De herkomst van de tekst van het Wilhelmus is niet met zekerheid bekend. Er bestaan verschillende theorieën over het auteurschap.
Een van de meest gangbare theorieën schrijft het lied toe aan Philips van Marnix van Sint-Aldegonde, een belangrijk adviseur van Willem van Oranje. Hij was een dichter en theoloog met een calvinistische achtergrond, wat terug te zien is in de tekst van het Wilhelmus.
Er zijn echter ook andere kandidaten genoemd, en sommige historici geloven dat de tekst door een onbekend gebleven dichter is geschreven en mogelijk later door Marnix is bewerkt. Ook Dirck Volckertsz. Coornhert wordt soms als mogelijke auteur genoemd.
Recentelijk computeronderzoek heeft zelfs Petrus Datheen, een belangrijke psalmvertaler uit die tijd, als mogelijke auteur naar voren geschoven.
Omdat het Wilhelmus een strijdlied uit de Tachtigjarige Oorlog is, was het destijds gevaarlijk om openlijk de auteur te zijn van opstandige liederen. Dit verklaart waarom de exacte herkomst van de tekst onzeker is gebleven.
Wat wel zeker is, is dat de beginletters van de vijftien strofen van het Wilhelmus het acrostichon WILLEM VAN NASSOV vormen, wat verwijst naar Willem van Oranje. Het lied is geschreven vanuit zijn perspectief.