2018年12月28日(金) 仕事納め
ここ数日,イタセン3集団論文の「仕上げ」に取り組んできた。イントロと考察も当初の想定よりも分量が増し,内容にも一貫性を出すことができてきた(と思う)。細かいところも整えて,今日の段階で,とりあえずは「完成」。で,年末年始は寝かせよう。年明け早々に,新鮮な頭で読み直し,共著者へ。でもその前に,内容チェックもかねて,英文校閲に出そうと考えている。ということで,共著者に出すのは第二週(以降)になる予定。
今日はこの他にも時間があったので,環境DNA絡みのお仕事。幸い,追加の学内予算がついたので,もろもろ購入計画。中でも,カエル用のプライマーを作成し,そのチェックをすることにした。ということで,富山にいそうなカエルをリストアップし,データベースから取り寄せた配列とにらめっこ。と言っても,いつもながら大変な作業。出来る限り種内変異に気を配りながら,種間の違いを見つけ出し,プライマー配列を仮決定。それをPrimer-BLASTにかけ,選定されたものを改めてBLAST。。。それでも,作業を繰り返しているうちに,サイトの使い方もまずまず習得し,結果,6種についてプライマーペアを設計できた。年明けに発注し,実験していこう。
ということで,今年も実質的に終了。皆様,お世話になりました。良いお年を。
2018年12月25日(火) あと一歩!?
朝から論文書き。まずは,ようやく終わった解析結果を精査し,作図。と,ちょっとした思い付きで,追加解析(ちょっとした計算)をしてみたら,なかなかナイスな結果が出てきた。とある値の「傾向」を別の角度から説明する指標を提示することができそうだ。両方の値を並べることで,結果の理解が進みそうだ。ということで,それも含めて作図し,その後は本文書きへ。追加計算分をマテメソに書き,結果のところも書き足した。そして考察へ。これまでの文案と方向性は変わらないのだが,表現の仕方を若干変更。そして全体に肉付け。で,どうにか一通りできあがった。この時点で夕方だったのと,集中力が途切れてきたので,全体のスペルチェックと文献チェック。こちらも,現時点では終了。ということで,今日の論文書きはここまで。
だが,まだ初稿完成ではない。改めて,改訂&肉付け前提で,すっきりした頭で読み直したい。以前も書いた通り,年内はこれを続け,年明けに改めて読み直して,共著者に送る予定。
ところで,最近までやっていた解析は,もちろん,他の生物でも使える。ということで,気分転換として,かつて論文化したデータを使って,試し解析をやってみた。すると,そこそこナイスな結果が出た。となると,これも論文化,,,と欲が出てしまうが,さすがにここは堪えどころ。いくら「パッと見」が良くても,それだけで論文にするわけにはいかない。それに,すでに報告したデータの使い回しなので,しっかりした論文にするには,さらなる新規性が必要だ。かといって,地元の和文誌に書くことはできるが,どんな雑誌でも論文は論文。適当な解析を公表することは不可だ。今回のアイディアと結果の傾向自体は悪くないので,機会があれば,しっかりとした解析をしてから,公表を考えよう。
ということで,年末はいくつか予定が残っているが,概ね軟着陸の方向性が見えてきた。とは言え,気を抜かずに,無駄なく時間を使っていこう。
2018年12月24日(月) 無事終了
今日は朝から、ちび助2号を塾に送るために、駅前へ。2時間後には終わるので、それまで駅前でぶらぶらしていよう、と思ったのだが、本屋の開店時間がまだ先。さすがに2時間もコーヒーを飲んでいるわけにはいかないので、タイミング良くやってきた路面電車に乗り、大学へ。
目的は、解析結果の確認。で、無事に解析が終了していた。そして結果の方も、悪くない。個体数減少パタンがどの集団も同じなので、イマイチ、インパクトに欠けるが、それでも狭い日本、どの地域でも同じ影響があった、という流れの考察はできそうだ。さらに、最後の集団は、過去の集団サイズが大きい!ということが、この解析からも示すことができた。この辺は他の結果とも一致するので、話が進めやすい。これらの結果をまとめ、明日論文を書き進めていこう。
ところで、土曜日には、久々のクリスマス会。子供たちの参加はなかったが(我が家以外)、大人たちで盛り上がった。また今度、家族飲み?で盛り上がろう。
2018年12月21日(金) 着々と
論文書きが進んでいる。最後の集団の解析結果がまだ出ていないので、その部分は書けなかったが、他の集団の考察は書き上げた。そして、イントロに戻って、肉付け。まずまずの状態だ。今後は焦らずに進めたい。当初の年内に初稿を仕上げて共著者へ、と思っていたが、年明けにした。というのも、いい意味で解析に時間がかかっていることがおおもとの理由。おそらく、週明けには解析が終わっているだろう。そこから原稿を書き上げることは、不可能ではない。が、そのようなやっつけ仕事では、いい論文はできない。もちろん、年内にしっかりと論文と向き合って、一通りの原稿は仕上げる予定。ただその後、年末年始に寝かして、年明けに改めて読み直した上で、共著者に送りたい。
今日はこれと同時に、D論が出てきた。だが、はっきり言えば、今更大きな手を加えたり、追加の解析を求めたりはできない。「どうなんだろう」と思うところも少なくないが、甘んじて将来の批判を受けよう。ということで、今日やったことは、「あまりにみっともない論文にしないこと」に重点を置いた。文献リストの対応とか、フォーマットの統一とか。実際にチェックをしたところ、修正箇所は少なくなかった。これまでも再三指摘してきた点ではあるが、、、ま~、今更多くを求めても仕方がないだろう。
さて、着々と言えば、明日の準備。先ほど、昆布締めを行った。その前から、牛筋煮込みと大根を薪ストーブで。大根は軟らかくなったので、火からおろして、味をしみこませ中。牛筋は軟らかくはなったが、まだまだ「ほっくり感」が出ていないので、今夜は煮込み続けよう。明日が楽しみだ。
2018年12月20日(木) 一日中、論文書き
またもや、贅沢な時間を過ごしてしまった。今日は、ほぼ一日中、イタセン3集団論文と向き合った。
幸いにして、昨夜の雷の影響はなく、朝行ったら、ちゃんと計算を継続してくれていた。ということで、まだ計算は終わっていないのだが、大まかな方向性はつかめているので、それらも含めて論文書きを進めた。まずは、草稿をざっと読み返しながら、加筆、修正。結果までは、今やっている解析を追加したくらいで、特段直すところが無かったが、考察は結構手を加えた。特に、今の解析がうまくいっていることで、考察の流れがずいぶんと変わってくる。そこで今日は、時間があることを幸いとして、しっかりと考え、対応した。
と言っても、いつもながら、時間がありすぎると集中は続かないものだ。やや「だらだら」過ごす時間もあったが、仕方がない、と割り切ろう。それでも全体としては、まずまずの進み具合。明日も同様だろうか。
だが、本来であれば、別のお仕事が入るはずだった。それは、留学生のD論最終稿チェック。連休明けが締め切りなのだが。。。
これ以外にやったことと言えば、こちらも「雷」を潜り抜けた環境DNA絡みのシーケンス結果確認。が、うまく読めていないサンプルが少なくない。それでも読めたものをアライメントし、BLAST。で、結果は、、、すべて「イタセンパラ」だった。つまり、水サンプルをイタセン特異的プライマーで増幅し、その産物をシーケンスしたらイタセンパラだった!という、『当たり前』の結果がでてくれたので、すべては丸く収まった。これで、後は論文を書くだけ。だた、3集団論文があるので、こちらは年明け執筆開始になるだろう。これ以外にも、生態学会ネタもあるので、今のうちに、バリバリやっておこう。
で、バリバリ?と言えば、週末の準備もバリバリ進んでいる。先ほど、ロシア風ピクルスを仕込んだ。なかなか美味しそう。もっとも、濃い目に作ったピクルス液が、最後にどのような味になるかは、その時のお楽しみだ。もっとも、衛生面を考えて発酵はさせないので、ピクルス「風」といったところだろう。これ以外には、昆布締めの魚をさばいた。柵で一晩寝かした後に、締めよう。明日は薪ストーブ大活躍の予定。牛筋と大根(別々に調理)。薪ストーブがあると、いつも以上に美味しく頂ける。
ちなみに、週末は「大人飲み」になりそう。それはそれで、楽しもう。これに合わせてメニューも若干入れ替えたので、『やっぱりこれが食べたい』などあったら、早めのリクエストを!
2018年12月19日(水) よりにもよって、、、
夕方、雷が鳴り始めた。ちょっと遅い?ブリお越し。富山では決して珍しいものではない。が、よりによって、このタイミングか。
今日は朝から大学へ。環境DNA実験の続き。ひみラボで増幅が確認された産物を切り出し、シーケンス。そのためのPCRやら、電気泳動やら、ゲル切り出しやら、抽出やら、ダイタミやら、310RUNやらを一日かけて行っていた。夕方にスタートさせたので、朝には結果がでている「はず」。
この実験の合間に行ったのが、イタセン3集団論文書き。昼前に、2つ目の集団の解析が終わった。結果を見ると、、、結果PDFは出力されたのだが、肝心の図が表示されていなかった。ダメか、、、と諦めかけたのだが、念のために生結果のファイルをみると、しっかり結果は出ていた。これなら、作図もできる。ということで、最後の1集団の解析スタート。時間がかかるのは仕方がないが、週明けには解析が終わっている「はず」。さらには、文章直しや追加。ちなみに、結果の解釈なども行った。ある1つの『一般的な』条件設定ではあるのだが、とてもナイスな結果。一応、これをベースに考察を拡げていきたい。と同時に、関連する情報収集。
なんだかんだで、1日が終わってしまった。充実していた、と言っていいだろう。
で、帰ろうと思った頃に、雷。通勤途中の「峠」付近には落雷することがある。歩きながら、雷を気にしていたのだが、それ以上に気にしたことが、瞬時停電。これまた、大学ではよくあるのだが、変電所?とかに落雷があると、瞬間的に停電が起こる。で、これが起こると当然ながら、瞬間的、といいながらも電気が止まる。つまり、稼働中の310も、計算中のパソコンも、電気が止まる。でで、解析中、計算中のものが止まれば、当然ながら、それまでの苦労が水の泡。よりにもよって、こんなタイミングで雷か。。。明日の朝、どうなっているか心配だ。
2018年12月18日(火) 一息
ひみラボでの環境DNA実験が一息ついた。今日も朝から実験を行い,繰り返しPCRのデータ採りと,ネガティブ実験が終了。現時点での満足できる?データが得られたので,あとは論文書きへ,,,と行きたいところだが,その前にやることがある。それは,増えたバンドが本当にイタセンか!?の確認。バンドを切り出し,シーケンスする必要がある。で,ここから先は大学でのお仕事。ということで,今日はPCRサンプルを大学に持ち帰った。明日以降,実験を進めていきたい。何はともあれ,環境DNA論文に向けては,目途が付いた,ということなのだが,環境DNAそのものでは,まだまだやるべきことが多い。特に,今日の実験で,1つだけ「?」がでてきた。前述の論文とは関係のないところなのだが,もう少し確認作業を続けることが必要だ。
ということで,次は環境DNA論文だ!と行きたいところだが,まずは片付けるべきものを片付けてしまいたい。イタセン3集団論文だ。大学のパソコンは,今も計算中。予備計算は終わっているので,結果は大まかに予測できる。それに沿って,事前に書きすすめておこう。もちろん,内容的にもまだまだ「薄い」ので,その辺の肉付けもしっかりと。年内の中心仕事になるだろう。
そして,年内のもう1つの「大仕事」が,22日のクリスマス会。今年は,特段の理由があったわけではないのだが,『宅飲み』を開催していなかった。気づけば,去年のクリスマス会以来の宅飲み。ということで,気合を入れて料理を準備したい。現時点でのメニューは催し関連に掲載しているが,鉄板メニュー(鉄板焼きではない,,,)だけではなく,できる限り目新しメニューを加えたい。ただ,当日初めて作る料理もあるので,『出てこないメニュー』があったら,失敗したと御理解ください。
2018年12月17日(月) もろもろ進展
年内のややこしいお仕事は、粗方目途が付いた。空いた時間を有効活用中。
今日も朝からひみラボで実験。環境DNAを精力的に進めている。
で、まず1つ目の実験で、ある意味「進展」。最近やっているイタセンの種特異的検出に加えて、他のタナゴ類でも、、、と欲をだしたのだが、既存のプライマーを使った新酵素の実験では、増幅がうまくいかなかった。やはり、イタセンパラのように、もっと「適した」プライマーを設計しないといけないのだろう。ただ、以前も書いたが、既存プライマーも「論文にならないレベル」であれば、概ね使える。ヤリもアカヒレも。タイバラがうまくいっていない。何はともあれ、これで「欲」を振り切ることができた。イタセンに専念したい。
ということで、2つ目の実験からはイタセン。ちなみに結論からいうと、普段は良くて3回のPCRができればいい方なのだが、今日は5回実施!朝から行ったこともあるが、それ以上に新酵素を使うと、反応時間が短い(サイクルが少ない)。そのため、PCRよりも電気泳動の方が時間がかかるくらい。ということで、今日は4回(電気泳動は3回)、イタセンPCRを行った。
で、一番の目的は、野外の水サンプルからのイタセンパラの検出。これができれば、曲がりなりにも論文が書ける。が、最初の2回は撃沈。そもそも、以前のサンプルを使っているので、ろ過・抽出自体が未熟だったサンプルも多い。なかば諦めていたのだが、3回目で成功!やや薄いが、はっきりしたバンドが出た!それも2サンプルから。もちろん、イタセンパラが「生息」する場所。これは大きな進展だ。論文化の目途がかなりついてきた。というか、ほぼほぼ目的達成!あとは、繰り返し実験の回数を増やして、信頼性を高めるだけ。明日もひみラボでこの続きをやり、粗方、仕上げたい。
さて、気分を良くして、夕方には大学に「出勤」。ちなみに、ひみラボも学内扱いなので、朝からお仕事をやっていることには違いないのだが。何はともあれ、大学のパソコンが計算中だったことを思い出した。だが、解析ソフトは終わっている。この場合、結果は2つ。上手く結果が出たか、あるいは途中でバグって止まったか。で、フォルダをみると、目的のファイルが作成されている。どうやら成功!だったようだ。で、その中身をみると、、、なんともナイスな結果。これならば、論文に加えることができる。だが、1集団ずつ解析をしているので、今回出た結果は氷見のもの。他の2集団について、順番にやっていかなければならない。早速、次の集団をスタートさせたが、単純計算で、1集団あたり3日かかる。となると、すべてがうまくいったとして、その後に原稿を書き足すとして、なんとか年内には初稿完成できそうだ。何はともあれ、論文の方も「進展」!
2018年12月14日(金) 一週間はやかった
「ミッション」のため,日々淡々と過ごしていたら,気づいたら金曜日。今日は比較的ゆっくりできた。と言っても,もちろんお仕事。
午前中は,環境DNA論文化の計画を練った。当然ながら,しっかりした研究が必要なので,「理想」を掲げて計画を練っていった。とはいえ,どんな研究もそうであるが,1つの論文ですべてが終わるわけではない。また,長々データを取り続けることが最善というわけでもない。今回の論文も理想を言えば切がない。そこで当初から,いくつかの段階(論文)に分けて公表するという前提での計画練り。そして,計画をなっただけではなく,それを実行しなければならない。ということで,来週は比較的時間に余裕があるので,バリバリひみラボに行きたい。特に,PCRは着実にこなしていくとして,論文用の「水」が欲しい。が,来週は(も)天気が悪そう。タイミングをみて,動ける時に動こう。
一方で午後は,今日もイタセン3集団論文書き。で,今日はその仕上げの日。もちろん,草稿段階だが,どうにか書き終えることができた。こちらの論文は「手持ちのデータを形にする」という意味合いが強い。もちろん,いくつかある研究(論文)の1つという位置づけだ。で,内容的なことも勘案して,短報にする予定なのだが,,,投稿予定の雑誌では,短報の場合は2000語まで。でで,現時点での単語数は3000語。。。さ~てどうしよう。現実路線としては,マテメソを簡略化(ひたすら文献引用)だろう。この続きは来週。
さて,何はともあれ,この週末は「ミッション」疲れを癒したい。
2018年12月13日(木) 今度こそ!
イタセンパラの種特異的PCRがうまくいった!
今日は朝からひみラボ実験。もちろん,イタセンPCRだ。そして,前回と条件を変えた1回目のPCR。が,ここでも他種でバンドが出てしまった。続いて,別の「条件」で行った2回目のPCR。で,なんともあっさりと成功!1回目,2回目とも,同じサンプルを用いたのだが,見事に2回目はイタセン(鰭から抽出したポジコン)のみ増幅。加えて,イタセン飼育水槽の水からもバッチリ!が,やはり?保護池の水からは出ない。
でで,その「条件」が何かといえば,ズバリ酵素。要するに,汎用性の高い酵素だと,多少のミスマッチも気にせず?増幅してしまったのだが,特異性の高い酵素を使ったら,見事に目的サンプルだけ増幅。もちろん,温度・時間設定など,もろもろ変えたあたりもポイントだが,なんとも拍子抜けするくらい,きれいに決まった。ということで,今度こそ,イタセン種特異的検出成功!としたい。
ただ,この段階では,あくまでも種を特異的に検出できる,という段階。これを環境DNAでやってナンボだ。上にも書いた通り,飼育水槽の水からは検出できたので,やはり野外の水から検出したい。これまでも,保護池や生息河川の水は使っていたが,もろもろ懸案はあった。時期だったり,ろ過量だったり,方法だったり。やはりそれらをしっかりとカバーした上で,水サンプルを得ることが必要だろう。
ということで,今後はイタセンに関しては,採水からやり直すことになる。とはいえ,どのようにやっていくかを明確にする必要がある。そこで,まずはどのような論文を書くか,を考えていきたい。と同時に,他種の扱いとかも。と言っても,ここから先は,明日やろう。まずは,種特異的検出方法の確立!ということで,一息つきたい。
さて、それはそれとして、今日でミッション・コンプリート!終わってみれば、いいことではあるのだが、特段の盛り上がりもなく、無難に終了した。二作目は盛り上がりに欠ける。映画でもこんな感じが多いかも。ただ、映画と違う点は、興行成績が悪いからと言って、続編打ち切りにはならないこと。いつかは「3」があるだろう。まっ、その時は、ちび助たちも、さらに大きくなっているだろうから、ずいぶんとは楽になると思うが。
2018年12月12日(水) 会議の合間の論文書き
今日はやること,そしてやったことは明確。連チャンの会議とその前後の論文書きだ。
論文書きはもちろんイタセン3集団。今日も考察を書きすすめた。というか,英文化していった。で,3つの「章」のうちの,2つまで書き上げた(もちろん草稿だが)。何はともあれ,あと一歩。公約通り,今週中に草稿を完成させたい。もちろん,草稿段階なので,共著者に出すのはまだ先。それでも,年内には初稿を仕上げ,共著者に送りたい(ノルマ設定!)。
さて明日は,朝からひみラボで環境DNA実験。何と言っても,イタセンPCRの条件決めだ。試すべきPCR条件は沢山ある。敢えて時間をかけて,1つ1つ確認していきたい。そして時間があれば,というか,1つの実験結果を受けて次の条件設定をするので,その結果がでるまでの穴埋めPCRとして,他種の検出PCRをやっておきたい。現時点でも,サブバンドを無視すれば,幾つかのタナゴ類で「使える」状態になっている。とはいえ,ポジコンでの確認だけなので,これまでの「水」を使った確認を行いたい。そしてもちろん,待ち時間は論文書き!といきたいのだが,どこまでできるだろうか。。。
2018年12月11日(火) 集中
今日は午後に会議が。それに合わせた時間設定が必要だ。ということで、午前中は頼まれ仕事を仕上げた。と言っても、朝から初めて、終わったのは昼過ぎ。どうにか片付いたが、時間がかかった。
ということで、それが終わったら会議へ。
で、夕方には終わったので、残りは自分の時間。雑多なことをこなした後、イタセン3集団論文と向き合った。今日は考察書き。最初はイマイチ乗ってこなかったが、次第に集中し、考察に3つあるテーマのうち、1つを書き上げた。明日も続けたい。と言いたいところだが、明日も会議が2つ続く。上手く時間配分をしていこう。
ところで、我が家では日曜日から「薪ストーブ」が始動中。暖かい。そして、料理が楽。今日はガスコンロを全く使わず、おつまみと晩飯完成。これでクリスマス・パーティーの時も、いろいろ料理レパートリーが増えそうだ。
2018年12月10日(月) ミッション遂行中
朝,大学で新規イタセンプライマーを積み込み,ひみラボへ。大学に寄るとどうしても時間を要してしまうので,ひみラボでの実験開始は10時を過ぎていた。この時間配分だと,どうしても2回しかPCRは回せない。
で,1回目のPCRはもちろん,イタセン確認。で,いきなり結果だが,イタセンは問題なく増幅。だが,,,他種の増幅が否定できない。プライマー配列は一致していないのだが,やはり「似ている」と増えてしまうのだろうか。それでもまだまだPCR条件に改善の余地がある。次回も続けよう。さらには,汎用性の高いTaqではない酵素も使ってみたい。「安価・簡便,,,」とやや矛盾しそうだが,リアルタイムの機械・試薬よりは安い,,,ということで。ちなみに,イタセン水槽の水からは,バッチリ増幅。だが,保護池の水からは,,,惨敗。
でで,2回目のPCRは,二枚貝。こちらは見事に種特異性が確認できた!!といいたいところだが,比較したのがイタセン絡みの「魚」たち。さらに,ポジコンでの結果は良好だったのだが,「水」からは全滅。やはり,埋没性生物の環境DNAは検出しづらいようだ。この傾向は,ヤツメなどでもよく言われている。偽陰性ってやつだ。この課題に立ち向かう,のも一手だが,他にも(環境DNAに限っても)やることは多い。ということで,二枚貝はこれくらいにしておきたい。ということで,上記の通り,次回からもイタセンを最優先。続いてタナゴ類だろう。
そして,ひみラボ実験の待ち時間は,イタセン3集団論文を再開しよう,と思ったのだが,,,USBメモリに入れた論文ファイルをみると,「アカヒレ」のもの。ファイルを間違えた。確信犯か?ということで,ひみラボでは計画練りなどを行い,論文対応は夕方,大学に戻ってから。本文書きもさることながら,先週試しにやったらうまくいった解析の「本番」をスタートさせた。が,時間がかかりそうだ。しばらくパソコンには頑張ってもらおう。その間は,本文書きを進めていきたい。というのも,今やっている追加解析が「うまくいった」としても,考察に大きな変化は無いと思われる。もちろん,内容に重みが増すのだが,その部分を加筆することは,そこまで苦にはならないだろう。ということで,明日から本格的に文章書きを再開だ。
さて,プライベートの方のミッションも今のところ問題なし。今朝はちび介達も,いつもより早めの行動をしてくれた。どうやら,私だけではなく,ちび介達もこの状況に緊張しているような感じだ。今後も,何ごともなく過ぎていくことを祈るばかり。
2018年12月7日(金) あっという間
今週は速かった。月曜日にひみラボに行った後は,連日の会議やら実習やら。で,気づいてみれば,一週間が終わってしまった。
でもこの間,もろもろ結果も残せたはず。実験の方は,カエルのMS解析の条件設定が終わった。なんだかんだで,PCR条件や希釈条件などを変えながら実験を繰り返し,5座,なんとか使えそうだ。現時点では,予算の都合でこれ以上はプライマーを増やせないが,まずは現状で実験を進めていくことができるだろう。と言っても,ここから先は新規若者の仕事。頑張ってもらおう。
同時にやった実験絡みのことでは,環境DNA用のプライマーづくり。先週発注したイタセンパラ用のプライマーは既に納品されたので,来週ひみラボで実験予定。一方,今日はサンショウウオ2種のプライマーを設計し,発注してしまった。ようやく,Primer-BLASTの使い方がわかり,近縁種との特異性の確認設定もできた。もっとも,ミトコン対象だと,予想外の生物がひっかかってくることがあるので,結局は改めてBLASTが必要なのだが。ちなみに,今回作ったサンショウウオの1種では,Susが引っ掛かった。イノシシだ。。。ため池からサンショウウオを検出しようとしたら,水を飲みに来ていたイノシシを見出した!とか,ありそうなので怖い。予備実験をしっかりやっていこう。
それ以外では,頼まれ仕事の半分を今日片付け,同時に学内競争資金の申請書書き。そして,イタセン3集団論文へ,,,と行きたかったが,今日は(も)そこまでは届かず。。。だが,解析の追加と,考察の英文化だけ(?)なので,来週中の草稿完成をノルマにしたい。
ちなみに,来週は『ミッション・インポッシブル2』が発動!同居人が学会出張のため不在になる。ということで,ちび介対応だ。ご飯を作ったり,洗濯をしたり,送迎をしたり,,,と思ったが,ほぼほぼ日頃から私がやっていることだ。ちび介3号も大きくなったので,「前作」と比べると随分とやりやすくなっただろう。突発的な病気とか出さないことを祈ろう。ちなみに,基本的には通常営業なので,ひみラボとかにも行く予定。バリバリ,進めていこう。
2018年12月5日(水) 濃密
今日も午後が会議。そのため、連続した自分の時間を持つことができず、途切れ途切れのお仕事。それでも、短期集中で、濃密なお仕事ができた(と思う)。
まずは、カエル実験のPCRスタート。これが終わった後は、報告書作成。そしてお昼前後にイタセン3集団論文を再開。
このイタセン論文は、少し時間が空いてしまったので、内容を思い出すことに苦労した。そして、やり残していた解析を実施。もっとも、以前も試みたのだが、うまくいかなかった。そこで、今回も気分転換程度に、ダメ元でやったのだが、、、なぜか、すんなり結果が出てきた。これも論文に含めたい。が、この段階で会議に突入。
会議後、データ解析はそこそこに、カエル実験の再開。やっていることは、昨日に引き続き、MSプライマーの確認。で、帰宅前の段階では310の1本目が終わっただけだが、案外いい感じ。今の時点で、しっかり条件を整えておきたい。
さて、明日も基本的には同じようなものだろう。でも夕方は、高校生相手の環境DNA実習。金曜日も同様の予定なので、今週はこんな感じで過ぎていきそうだ。
ところで、クリスマス会が12月22日(土)に決定!飛び入り歓迎。お待ちしております。
2018年12月4日(火) バタバタ
何かと朝から騒々しい。ちび助1号&2号も、今日はお留守番。まったり過ごしていたようだ。
さて、私の仕事の方も、バタバタ。午後に会議があり、その準備も含めて、時間がとぎれとぎれ。イマイチ、集中できない。ということで、できることをやっていった。
まずは、カエル実験。マルチプレックスのやり直し。いくつかの条件でPCRを行い、夕方に310RUN。結果は明日だ。
続いて、環境DNA用のプライマーづくり。今日のターゲットはカエルではない「両生類」。が、なかなか難しい。1塩基の違いが、どこまで効くか、結局は試してみるしかないのだろうか。と言っても、まだまだ完成には遠い。時間があれば、明日も続けよう。
と言っても、明日も会議。それに「形」あることも行いたい。ということで、イタセン3集団論文を再開したい。
そういえば、昨日書いたクリスマス会への連絡をいただいた。上記の通り、バタバタして返事が出せなかったが、お待ちしています。
2018年12月3日(月) 一喜一憂
先週末が「喜」であり、今日が「憂」であった。そう、環境DNAが振り出しに戻った。。。
今日も朝からひみラボへ。まずは、先週末に出たイタセン特異的PCRの再現実験。が、、、見事に「他種」でも増えてしまった。。。やはり、PCR条件をいじるとか、小手先のことでは、根本的な解決にはならないのだろうか。いずれにしても、この方法では、これ以上進めるのは難しい。先週発注した、新規プライマーが来てから、改めて仕切り直しといこう。
一方で、もろもろ課題は残るだろうが、「他種」が意外と使えそう。と言っても、査読有論文は難しいだろう。ただ、もろもろ、使い勝手はある。今週は、明日以降予定が入っているので、ひみラボには行けそうにないので、来週、再開しよう。
さて、関係者にはすでにメールを出したが、毎年恒例のクリスマス会を開催。まずは、日程調整中なので、関係者の皆様は、メールをご確認ください。メニューは随時「催し関連」に掲載・更新予定。でも、最近、開催していなかったので、目新しさを求めたいところだ。
2018年11月30日(金) 劇的?改善!
朝からひみラボ。もっぱら環境DNA実験。まずは,昨日までに考えた新たなPCR条件を試した。で,結果は良好!なんと,「イタセン専用プライマー」でイタセンのみの特異的増幅を確認した。一緒に流したアカヒレ,ヤリ,タイバラ,フナは増えなかった。特に,これまでタイバラも増えてしまうことが多かったのだが,PCR条件をいくつかいじってみると,期待通りの結果が。かなり大きな成果。同じことは,フナ専用プライマーでも。もっとも,こちらかこれまでも「特異性」が確認されていた。一方で,アカヒレとタイバラの特異的プライマーに関しては,実質的には使えることが判明。実質的,というのは,当該種以外では,目的サイズと産物が確認できなかった。つまり,違うサイズのバンドはでてくるのだが,サイズの違いから読み取ることができる。ちなみに,ヤリプライマーは次回試す予定。
と言っても,以上でわかったのは,『種特異的プライマー』が使える,ということ。もちろんこれはこれで,種不明個体の鰭からDNAを取って種判別,とか,稚魚の種判別とかには使える。だが,やはり目的は環境DNA。ということで,新規条件で,保護池の「水」をイタセンプライマーでPCR。すると,,,増えない,,,と思ったら,よくよく見ると,うっすらと,でもはっきりと,目的サイズのバンドが!検出成功!ということでいいだろう。ちなみに,同一条件で8本のPCRを行い,バンドが出たのは1本だけ。検出率12.5%ということか。低い気がするが,前回,ゆるいPCR条件の時も8本中2本(25%)だったので,そこまで悲観することはないだろう。
何はともあれ,PCRレベルで,簡易,安価,安全な方法での環境DNA検出に成功した!ということは,大きな一歩だ。
ということで,当初は査読無し地方誌への投稿を考えていたが,俄然欲が出た。査読有の『ぎょざつ』を目指したい。と言っても,論文レベルには到達するには,まだまだやることが多い。『ぎょざつ』投稿には締切がないので,来週も実験を続けよう。そしてこうなると,欲が出てくる。他の生物でもプライマーづくりだ!
2018年11月29日(木) イン・シリコ
今日のお仕事は、in silico、つまり、パソコンを舞台にした格闘だった。
やったことは、プライマー設計。当座の課題は、イタセンパラ特異的プライマーの設計だ。で、これがなかなか大変。イタセンパラ配列に基づいて、Primer-BLASTで設計してみると、なかなかナイスなプライマーが。が、、、このプライマーをBLASTすると、100%一致が、わんさかでてくる。タナゴをはじめとしたコイ科魚類はもちろん論外だが、なかにはBufo、、、つまりヒキガエルなんかがでてくることも。同所的な生息が、絶対にない、とはいいきれない生き物がでてきてしまうと、やはり良くないだろう。できる限り普遍的に(どこでも)使えるプライマーを、と考えると、なかなか難しい。
結局、どうにか納得できるものを設計し、合成依頼を出した。これで、今日の大半の仕事は終わり。当初は、何種かのプライマーを作ろうと考えていたが、さすがに集中力が途切れた。
ちなみに、今回つくったプライマーは、欲の塊。つまり、今やっているPCRベースでの活用はもちろん、将来やるかもしれないリアルタイムPCRでも使えるような設計にした(つもり)。そのため、今回はL鎖、H鎖のみの発注だったが、インサートのプローブ配列も同時に設計しておいた。助成金が当たれば、こちらも進めていきたい。もっとも、まずは、silicoの外へ出たときに、しっかりと特異性を示してくれるか、確認することが必要だ。
で、明日は、さすがに今日のプライマーチェックはできないが、これまでのプライマーを使って、少しでも有効な結果を得るための実験を実施。ひみラボだ。条件付きではあるが、今あるプライマーも、できる限り活用したい。
2018年11月28日(水) 建設的!?
今日のお仕事は、大きく分けて3つ。どれも建設的だった、ということにしたい。
まずは、学生の論文直し。英文校閲も終わり、投稿一歩手前だ。大きな方向性は定まっているので、後は細かいミスをなくすことが主目的。レビュアーによるだろうが、細かいミスが多いと、全体の信頼度も下がる。文献リストの書式なども含めて、細かいミスには十分に注意する必要があろうだろう。
で、次はカエルMSプライマー。まずは午前中にプライマー調整をした後、PCR。結構集中してできたが、気が付けば昼をはるかに過ぎていた。ということで、遅い昼食。
で、その後は、アカヒレ論文直し。あとは図表だけ、ではあったのだが、これが結構大変。特に、「個体数」のつじつまが合わない。。。そこで、生データを見直しながら、図表毎の個体数の整合性を整えていった。で、最終的にはどうにか納得できる数字が出てきた。もっとも、全部で5000個体を優に超えるので、「いろいろ」な個体が出てくるのは仕方がない。と言っても、「大きいのに性別不明」だった個体や、「標準体長だけ計って、成熟度チェックをしていなかった」個体など、現場での苦労がよみがえってきた。ま~、それでもどうにか、一通りは直し終え、共著者に送付。と同時に、英文校閲へ。来週中には返却したい。
以上、3つの仕事が終了。だが、時間が少し残った。そこで、プライマーチェックを開始。環境DNAで使っているプライマーの確認だ。今更ながらBLASTサーチをかけると、、、相同性100%の配列が結構出てくる。。。特に、「イタセンパラ特異的」として作ったプライマーは、アブラボテや海外のTanakiaと一致。これでは、もろもろ問題がある。特に、昨日の実験で、イタセンプライマーでヤリタナゴが増えていたが、これも納得の結果だ。
その一方で、今回のチェックによって、相同性を高めるプライマーづくりのコツをある程度習得。ということで、明日時間があれば、改めて特異的プライマーを設計したい。もちろんターゲットはイタセン。兎に角、これを特異的に検出できれば、諸々アピールにつながるだろう。
ところで、フナのプライマーもチェックしたのだが、これはほぼほぼ種特異的だった。これまでの結果を裏付けているといえる。これはこれで、活用していこう。
2018年11月27日(火) 「いいフナ」の日
今朝のラジオで言っていた。確かに、語呂合わせにはなっている。でも、その云われは話していなかった。ググってみると、関連団体が発端とか。で、当然ながら、明日はいい庭の日、だろう。
で、語呂合わせ絡みではないが、フナはいい。環境DNAの話。今日もほぼ一日、ひみラボで実験。ひたすらPCR&電気泳動だ。そして、今更ながら、種特異的プライマーの条件設定を行っている。対象は、イタセン、アカヒレ、ヤリ、タイバラ、そしてフナ。プライマー自体は、以前作ってあったのだが、なんだかんだで細かい詰めが甘かった。で、改めて一からやるつもりで、というか一から条件設定を始めている。で、1つの結論は、フナは大丈夫。種特異性が確認できた。が、現場(河川)からは確認できなかった。ま~、密度の低さとかの影響もあるだろう。
一方で、肝心のタナゴたち。今日はポジコン(各魚種の鰭から抽出したDNA)を使ったPCRを行った。その結果、当該種はバッチリ増幅!が、他種が増えてしまう状況も。実験条件を厳しくするところと、緩くするところ、この匙加減が重要だ。当然ながら、緩すぎると種特異性が得られないし、厳しすぎると環境DNAからの検出力が弱くなる。両者の折り合いがつく条件を確立していきたい。
ということで、まだまだ先は長い。試したい条件はいくつもあるので、実験を繰り返していこう。
一方で、カエルのMSプライマーが届いた。明日からはこちらの予備実験も。同時に、カエルに限らず、今後の研究計画も練っている。テーマ(候補)は多岐に渡るが、いずれも形(論文)になることを前提として、計画を煮詰めていきたい。
さて、明日と明後日は、大学でデスクワークと実験の予定。形を残していこう。
2018年11月26日(月) 論文直し
終わってみれば、論文直しに相当の時間を費やした。
朝からまずは、計画練り。先週のひみラボ実験の総括もまだだったので、環境DNAから来年度の卒論計画まで、幅広く考えた。というよりも、正直なところ、連休明けでイマイチ乗ってこなかったので、まずはできることから手掛けた、といったところだ。
続いて取り組んだのが、論文直し。アカヒレ論文だ。が、、、乗ってこない。一応、コメントを確認し、大まかな対策を練ったのだが、これが終わった時点でお昼。もちろん、これ以外にも単発の事務仕事とかがあったが。
で、午後はまずはひみラボ実験用の試薬準備など。最近、実験を繰り返しているので、ひみラボのプライマーが無くなってしまった。ということで、今後のことも考え、多めに分注。
で、再びデスクワークへ。とりあえず、できるところまで(だけ)論文を直そう、とぽつぽつと進めていくと、意外と継続。結果的に、本文直しはとりあえず完了。だが、図表へのコメントも多かったので、その対応をしているところで時間切れ。
明日も論文直しの続き、と行きたいところだが、明日は朝一で大学に出た後、ひみラボへ。PCRなどなど。可能であれば、待ち時間に論文直しをしよう。ただ、待ち時間の使い道としては、助成金申請書類書きもある。ま~、やることが多いことは、悪いことではない。
ところで、今日はこれら以外に気分転換で行ったのが、「これら」を考えた。豚コレラだ。以前から気になっていた。もちろん、隣県だから、ということなのだが。そもそも、なぜあそこ(豚としては2地点)で発生?という疑問があった。で、改めて情報を集めてみたのだが、web上の情報の多くは、新聞記事。一部、行政発表。だが、その大半は「当たり前」のこととして書かれている。が、私が知りたい「根本的なところ」に関する情報は不十分。で、状況証拠(web情報)から推定していくと、私なりに1つのストーリーに行きついた。と言っても、諸々問題が生じると困るので、ここでは披露はしない。しかし、「一番最初」がわからない。もっとも、想定はできるのだが、それを裏付ける情報は、さすがに得ることはできない。現場では自明なのかもしれないが、ま~、あまり深入りはしないでおこう。と同時に、もう一つ気になるのが、今後どうなるか、ということだが、希望的な予測はできる。が、楽観は禁物だろう。
2018年11月25日(日) 休み疲れ。。。
3連休は、しっかり休んだ。が、体は疲れた。毎日、ちび助(主に3号)と外出し、走り回った。特に、再開したファミパに連チャンで行き、園内を数周。楽しかったんだが、疲れた。。。
で、休みの間は、仕事はほとんど行わず。ま~、善しとしよう。一方で、明日からはしっかりお仕事。でで、スケジュール上の予定はない。やうことをやってしまおう。まずは、アカヒレ論文直し。そして、環境DNA、といったところか。「形(論文)」を意識し、しっかりと取り組みたい。
2018年11月22日(木) 環境DNA2日目
今日も朝からひみラボ。環境DNA実験2日目だ。
昨日の段階では,ステリベクスを使ったろ過と抽出の作業まではやったのだが,結果が全く分かっていなかった。ということで,まずはPCRスタート。機械が動いている間に,野外サンプルの抽出作業。
ステリベクスからのDNA抽出は,見よう見まねだ。特別な機械があるわけではないので,手持ちでなんとか。また,ステリベクスから抽出液を取り出す方法すら,よくわからないので,「何とか」やってみた。それでも,昨日1回やっているので,それなりにスムーズに「作業」が終了。昼飯のタイミングもあったので,2回目のPCRもかけて,結果確認の電気泳動は午後に。
で,その電気泳動を行った結果,,,まずまず,といったところか。昨日も確認したイタセンとフナの特異性は,悪くはなようだ。で,増幅具合をみると,まずは,ひみラボ水槽の水をろ過したものは,きれいに増幅!イタセンも,フナも。一方で,野外サンプルは,イタセンが増えず,フナは増えた。野外の場合,イタセンがいなかったor密度が低かったのか,あるいはろ過量の少なさが影響しているのか。ただ,フナではしっかりと抽出できていたので,最低限のところはクリア,というか,一応は,ステリベクスでも使える!ということが判明。ろ紙とどちらがいいか,は一長一短,というのが現時点での感想。今後も,随所随所で改善していこう。ただ,今やっておくべきことはまだまだある。来週も続けよう。
ところで,昨日も今日も,実験の合間に行ったのが,研究計画練り。特に,来年度の卒論ネタを考えてみた。で,大小の区別なく,脈絡もなくリストアップしてみいると,20個くらいテーマがでてきた。もちろん,直結するテーマも多いので,20個がそのまま卒論テーマになることはないのだが,それでもやりたいことは盛りだくさん。あとは,頑張ってくれる若者が来てくれることを期待しよう。
2018年11月21日(水) 進展
今日は何かと「進展」があった一日。
まずは、朝からひみラボへ。いよいよ、ステリベクスだ。
まずは、ひみラボ水槽の水をろ過。1リットル分を、50mLのシリンジで吸い取り、順次ろ過していった。ろ過自体はすんなり終わったのだが、20回も同じ作業を繰り返すのは結構大変(面倒)、というのが率直な感想。それでも、順調にろ過が完了。ステリベクスは、なかなか使い勝手がいい、、、と思っていたのだが。。。
続いて、野外へ。3地点でろ過。まずは、タイバラ天国の川へ。上から見ただけでも、タイバラなどなどの泳ぐ姿が見える。早速採水し、ステリベクスでろ過開始。こちらも順調、と思いきや、2回目(100mL目)で、水の出が悪くなり、3回目でポンプを押す力が求められ、4回目には押せなくなった。。。どうやら目詰まりしたようだ。外から見た感じでは、フィルターにそこまで着色はなかったのだが、『ポタポタ、、、』としか水がでてこない。一応、ポタポタは続くのだが、、、
こんな情報、どこにも書いていない。やってみて、初めて分かったことだ。ステリベクス、結構力仕事。結局、200mL分で断念。汲んだ水を見る限り、ほとんど濁りは目立たないのだが、いろいろ混ざっているのだろう。この他、2地点で採水、ろ過を行ったが、同じ状況。案外、使い勝手が悪い、ということが分かった。これはこれで、進展ともいえる。何はともあれ、これからステリベクスを使って環境DNAをやろうとしている皆さんは、『覚悟』しておいた方がいいだろう。
ちなみに、この目詰まりに関する件は、先週の研修会でも話題にはなった。だが、ここまでとは。。。実際にやってみないとわからないものだ。問題は、これだけの水量でDNAが採れるか、ということだろう。
ということで、ひみラボに戻って抽出開始。とはいえ、大した機材がないので、あるものを活用して、ステリベクスからの抽出に挑戦。で、「一応」は抽出ができた、、、と思う。というのも、今日は抽出までで時間切れ。PCRは明日続けよう。
一方で、抽出の待ち時間などを使って、種特異的PCRの確認も行った。これまでも使ってきたプライマーだが、細かい条件設定ができていなかった。特に、特異性を担保するために、アニール温度を高くしてPCR。そして泳動。今日は、イタセンパラとフナのプライマーを試した。で、結果は、、、大成功!と言っていいかも。まず何といっても、アニール50度では、ポジコンが互いに増幅していたが、今回は「種特異的」な増幅を確認。そして、イタセンパラ保護池の水サンプルから、「イタセンパラ」を検出!悪くない結果だ。もちろん、まだまだ実験数が少ないので、今後繰り返していこう。こうなると、欲が出てくる。論文化だ。もちろん、査読付き、とかではなく、地元の「会誌」的なものに出そうかと思う。ということで、しばらくひみラボ通いが続きそうだ。
そんなこんなで、進展があり、気分良く大学に戻った。で、メールチェックしてみると、アカヒレ論文の査読結果が帰ってきた。でで、結果は、、、まずまず。ざっとコメントを読んだ限り、クリティカルな直しは求められていないようだ。時間を作って、早々に直してしまいたい。
さて、明日も朝からひみラボ。じっくり、やっていこう。
2018年11月20日(火) 明日は久々
明日は久しぶりに、ひみラボ。そして、久しぶりに環境DNA。
ということで、今日は会議の前後を活用して、環境DNA対応を考えた。
まず、割り切って考えた。今の機材、予算、人員の場合、高望みはしない。つまり、国際誌に論文が書けるような研究を、環境DNAで目指さない、ということを確認。もちろん、現在申請中の助成金の大半で環境DNAを取り入れているので、「予算」などなどがつけば、高望みは当たり前。あくまで、現状(今年度)の話。
一方で、そんな中でも立ち位置はある。昨日も書いた通り、教育・普及啓発の分野での活用だ。そして、そのための予備実験諸々を明日から再開する。
ということで、今日は様々な側面から、環境DNAを考えたのだが、その中で行ったことの1つが、種特異的プライマーの情報集め。当面の目的は、イタセンパラをはじめとしたタナゴ類だが、未だ公表されたものはないようだ。一方で、今すぐにでも使えそうなプライマーもいくつかあった。ただ、いずれもリアルタイムPCR用。普段やっているものと何が違うかと言えば、「長さ」。リアルタイム用は、だいたい100bp。これをアガロースゲルで流そうとすると、それ相応の準備が必要だ。ゲルを濃くするとか。今後、自分で種特異的プライマーを増産しようと目論んでいるが、当初からリアルタイムを想定したプライマー設計の方がいいかも。でも、そうなると最初からプローブも想定した方がいいのだろうか。あとからプローブを作ろうとして、ダイマーとかできるといやだし。この辺は、勉強が必要だ。
何はともあれ、明日はまずはステリベクスによるろ過~抽出が第一の目標。同時に、手持ちの「種特異的」プライマーの確認PCRも。
2018年11月19日(月) 環境DNA
なんとなく、意味深?なタイトルをつけてしまったが、、、
週明けの今日、朝から会議。午後も会議。疲れた。。。ということで、これ以外の時間は建設的な仕事(自他の論文絡み)は全く手つかず。ということで、今後の予定などを考えてみた。
まずは何といっても、先週末の環境DNA研修会。その振り返りから始めたい。
私の担当は、環境DNAだけではなく、DNAを使った生態(系)調査。今回の参加者の大半は、コンサル系の皆様だったので、現場を意識した発表を準備した。が、始める前から分かっていたが、やはり環境DNAというキーワードに注目が集まっていることはヒシヒシと感じていた。で、後半は、環境DNAの話。と言っても、私の後ろに控える3名の演者は、まさに環境DNAを実践されている方々なので、私はイントロ的な話に終始。まずまず、その役割は担えたであろう。でで、その後の発表に関しては、私も勉強させていただいた。
で、場所は親睦会の会場へ。ここでは、ある意味で「予想通り」の展開に。参加者の皆様に、次から次へと、挨拶にきていただいた。この辺が、魚類学会とかとは明らかに違うところ。私もその対応に終始した感じ。もっとも、こちらもいろいろな情報を得たので、有意義ではあった。
でで、それらを通して感じたことは、昨日も書いた通り、環境DNAが「当たり前」になったこと。今や、環境DNAは使って当たり前。いつ採用するか、あるいは遅れないように何とかついていくか、という世界になっているようだ。「現場」では。
もちろん、研究面でいうと、多くの演者が話していたように、まだまだ基礎的なところを抑える必要はあるのだが、現場はそんなことよりも「使う」ことを意識している。
ででで、私の感想はと言えば、ま~、そんなものだろう。と言ったところ。結局のところ、「応用」なのだろう。それに対する私の方針は、「基礎」を常に意識した活動を続ける、というところだろうか。
また、現場、研究を問わず、環境DNAというと、『水をくむだけですべてがわかる』というのが、大前提。わかりやすく言えば、『楽をできる』とも。もちろん、それはそれでいい。そうすることで、時間も労力も減らすことができ、あるいは採集行為にともなう生息環境への影響を削減できるのであれば、それはそれで悪くはない。あるいは、言い方を変えると、環境DNAは、研究者の手を離れつつあるともいえる。つまり、如何に活用するか、と言うことが求められる、あるいはそれを求めることが求められる状況になりつつある。が、楽をすることと、研究で新しい発見をすることは、必ずしもすべての局面で一致するわけではない。「わざわざ」苦労するからこそ、得られる成果もある。そのような成果は、応用面では意味が無いのかもしれないが、基礎の面では意義深いもの(であることが多い)。
その辺に、環境DNAのこれからの使い道があるような気がする。繰り返すが、今となっては当たり前、の技術だ。要は、その技術を使って何をやるか。もちろん、研究には新規性が求められるので、環境DNAという技術を使って、新しいこと、あるいは、これまで手が届かなかったことを成し遂げる、それが求められているだろう。そんな研究が少しでもできればと思う。と同時に、私自身の立場としては、これまで同様に『一歩引いた』ところに立ち位置を求めたい。その辺も、これまで同様の方針ともいえる。
で、そんな研究や活動のアイディアをいくつか考えた(まとめた)のが、今日の会議以外の仕事。それなりのアイディアも出てきた。が、もちろん、この場では内緒。
2018年11月18日(日) 夢占い
最近、変?な夢を続けて見た。もっとも、夢とは、そもそもが変なものであることが多いのだが。
で、どんな夢かというと、スーツを着て出張した際に、外を歩いていて気が付いたら、革靴ではなく、サンダルを履いていたこと。何故かその経緯も覚えているのだが、高校訪問のために、北関東に行き、ついでに後輩の自宅にお邪魔した帰りに、サンダルをはいていた。どうやら、後輩宅で履き間違えてでてきてしまったようだ。
夢は1回ではない。金曜日の朝見た夢は、今度はスリッパをはいていた。詳細は覚えていないが、やはりスーツで出張か何かの時だった。
さすがに気になったので、夢占いのサイトをのぞいてみると、、、同じような事例(夢)があった。で、その意味するところはというと、、、
『今の仕事から抜け出し、自由を欲している』
ってな感じのことが書いてあった。つまり、私は自由を求めているのだ、、、と言いたいところだが、今ほど自由にやらせてもらっていることはない、ってくらい。。。唯一思い当たる節としては、夢を見た日は、(確か)いずれもスーツを着て仕事に行く日。金曜日は金沢だったし、確かサンダルの夢を見た日は、南砺市民大学の日だったような気がする。要するに、私の求める自由とは、たった1日の「スーツの日」を逃れたい、ということのようだ。
そこまでスーツ嫌いか、と問われると、、、必ずしも間違ってはいない。なんといっても、堅苦しい。事実、スーツ(Yシャツ?)を着ると、背中が痛くなる。それと、昔から、スーツを着る職業には着きたくない、と本気で考えていた。で、その点でも、普段は楽な格好で仕事をしている今は、それだけで自由を得ているともいえる。同時に、スーツを着て仕事をしている人を尊敬してしまう。
とはいえ、これからの季節は、まだマシ。夏のスーツは特に嫌いだ。その時見る夢では、ビーチサンダルでも履いているかもしれない。
ま、それはそれとして、スーツで参加した金曜日の研修会は、得るものが大きかった。詳しくは、また今度まとめるかもしれないが、一言でいうと、環境DNAが「当たり前」になっている。早くも、という感じ。その観点で、うちでもやっていかなければならないだろう。と、言うわけでもないのだが、今週前半は会議の連続、中盤からはひみラボで環境DNAをやりたい。雨が降らないことを祈ろう。
2018年11月15日(木) ぼちぼち
最近は,家での書き込みが少ない。理由は単純,家のパソコンの調子が悪い。
で,昨夜はそこまで深酒をしなかったので,今日への影響は少なかった。が,無かったわけでは無いので,ぼちぼち,お仕事(一応,今日は代休扱い)。
主に取り組んだのが,論文書き。そして結果的に,結構中身のある仕事ができた。
まずは,一部解析を改めて実施。昨日書いた「ナイス」なものだ。が,結果自体は昨日と変わらず,悪くはないのだが,1つの集団で解析ができなかった。その理由は,解析の前提となる別の解析結果。これが,数値が出ない。もう少し正確に書けば,「無限大」という数値が出てしまい,次の解析につながらない。ということで,前提となる解析の方を,いくつかのパタンでやってみたり,複数のソフトでやってみたり。。。で,結局,進展なし。仕方がないので,1つの集団では,「計算できなかった」とすることに。遠因は解析個体数の少なさだろう。過去のサンプルを使っているので,こればかりは今となってはどうにもならない。
続いて,上記解析結果も含めた考察の構成練り。こちらは,断続的に行った結果,夕方までに一通りの,かつ割と整った流れができた。あとは,英語にしていくだけ。明日,と言いたいところだが,ほぼほぼ外出なので,来週しっかり書いていきたい。
でで,上記の合間に行ったが,いよいよ明日となった環境DNAプレゼン。大きな変更はなかったが,細かい点を修正していった。時間配分がどうなるかわからないが,ま~,肩肘張らずに,私自身も楽しむつもりでやっていこう。
2018年11月14日(水) なかなかナイス
今日も,正規の?仕事時間が終わった夕方に書き込み。
昨日は,無事に終わった。途中,道に迷いそうになりながらも,どうにか目的地に到着。地図で見るよりも大きなT字路があったりして,選択の正しさに迷った時もあったが,結果的に問題はなかった。で,お話の方もまずまず。90分だが,話始めるとあっという間。むしろ後半は話を短縮して,どうにか時間内に収めた感じ。
さて今日は,昨日書いた通り,朝からお仕事目白押し。それでも会議はそこそこ早く終わり,自分の時間を持つことができた。そこでイタセン論文の考察構成練りと格闘。が,大まかなところはいいのだが,具体的な話の展開を考えると,ハマってしまった。そこで,気分転換に論文探しを開始。すると,なかなかナイスな論文がでてきた。遺伝子解析の結果から,保全ランクを選んでくれる,というもの。特段,難しいプログラムを使うことなく,手計算(エクセル計算)でできる。早速試してみると,,,結果もなかなかナイス。イタセンの集団毎に,ランク付けが。もっとも,選ばれたランクはどれも同じだったのだが,その「過程」に違いが出てきた。これは論文に採用できそう。ということで,明日以降,さらに詳しく見ていこう。もっとも,今日はこれから親睦会。飲みすぎ注意。
2018年11月13日(火) 怒涛の,,,
今日も朝から夕方まで,自分の時間が持てた。主に論文と格闘。
まずは,昨日の続きで,学生の論文直し。そして,昨日同様,2回目の直しなので,いくつかの指摘で早々にお仕事完了。学生に返却。
続いて,今度は自分の論文。イタセン3集団。で,懲りずに,昨日やりかけた解析に挑戦。Rのパッケージ自体はGETできたのだが,,,昨日同様,Rの操作に不慣れなことが仇となり,撃沈。。。だが,沈んだままでは終わらない。気分を切り替え,本文書きを再開。イントロ部分の残り半分を書きすすめ,仕上げた!これで残すは考察のみ。関連論文読みもまずまず進み,考察の素材は集まっている。明日時間があれば,再度考察の全体像を見直し,一気に書きすすめていきたい。
と,いいたいところだが,これを書いているのが13日の夕方(正規の仕事時間?終了?後)。実はまだ仕事は終わっていない。今から,南砺市まで行き,市民大学で講演。移動に片道1時間,講演90分,大変そうだ。
で,明日がもっと忙しい。朝イチに大学院の講義。2限目は会議。午後も教授会。そして夜は親睦会。ま~夜を励みに,何とか乗り切ろう。というのも,実は明後日木曜日は,振り替え休日。先の日曜日に「出勤」したため。つまり,明日はある程度お酒が過ぎても,翌日は堂々?とまったりできる。もっとも,大学には行くだろうが。何はともあれ,飲みすぎ注意だ。
でで,久々のあのネタ。最近,少し出る。というか,私の後ろに何かいる?ここ数日,すっかり暗くなった帰宅時間に,普通に道を歩いていると,よく後ろから声が聞こえてくる。ハッキリではないので,何を言っているかわからないが,話しかけられているような,そうでもないような。昨日も。で,昨日はその後,ちび介たちのお迎えで車を走らせていると,後部座席のシートベルトのシートが急に巻き込む音が。おそらくは,チャイルドシートにひっかかっていたものが,車の振動で外れたのだろう。が,その直後,助手席の横に置いてあった傘が私に倒れ掛かってきた。シートベルトとは全く違う場所だし,そこまで車が揺れたわけでもないのだが。。。ちょっと後ろが怖かった。さて,今から南砺まで,夜間のドライブ。安全運転で行ってきます。変なフラグたててないよな。
2018年11月12日(月) 撃沈
久々,イタセン3集団論文と向き合ってみた。と言っても,今日やったことは,先日調べた新規解析の実践。まずは,関連論文読み。そしてサイトを調べて,,,難しすぎる。Rのパッケージとして使えるみたいなのだが,R自体を使い込んでいないので,,,撃沈。オーソドックスな解析でやっていこう。
と言っても,イタセンとの格闘には,そこまで多くの時間を割かなかった。やはり今日もプレゼンが大仕事。明日の市民大学と週末の研修会用だ。両者の発表内容は,全く異なる。それでも,先週頑張った甲斐あって,両方とも完成!明日以降も見直しはするが,とりあえずは形になった。ということで,研修会の方は,スライドの一部を配布資料として,担当者に送った。
それ以外は,学生の投稿論文原稿が出てきたので,その直し。2回目なので,すんなり進行中。早ければ,明日返却予定。
ということで,今週は予定が多く,バタバタ進むだろう。そこで,空いた時間に(早くも)来週の計画も考えてみた。で,来週こそは,DNA実験の再開。最近は,何となくまったりと時間を過ごしてしまっているので,来週は体を動かし,頭も動かしていこう。でもその前に,今週,しっかりやっていこう。
2018年11月9日(金) デスクワーク(その4&その5)
昨日は,自宅パソコンが不調で,書き込みができなかった。ということで,二日分の書き込み,と言いたいところだが,見事に「継続」。
それでも,週の終わりに,いくつかの仕事に区切りがついた。というか,区切りをつけた。
まずは,D論読み。こちらは最後まで終わった。まだまだ,大枠改訂の段階だ。ちなみに,2本目の論文も,既にオンライン・ファーストで見ることができる。気づけば,ここ3報続けてシカ論文だ。ま~,これでシカ研究としても一区切りなので,まとめて出すことができたことは,悪くないだろう。
続いて,事務仕事をいくつかはさみ,プレゼンづくりへ。来週末の環境DNA研修会。で,どうにかできた。「環境DNA」といっても,それだけの話では無く,DNAを使った生態調査全般のお話。それに,私の後に,環境DNAの専門家が続くので,私はイントロ的な内容にした。むしろ一番思いがこもったのが,最後の「環境DNA雑感」というところ。ここでも時々書くような,環境DNAに対する「思い」を述べたい。ま,いつも言っていることだが,「割り切った」使い方が重要,ということ。最後は,どうしてもくどくなり,文字ばかりのスライドになってしまたが,風景写真を背景に,場を和ませたい。といっても,その風景が,弥陀ヶ原の紅葉。それも,やや終わりかけ,やや靄がかかった状態で,「暗さ」をイメージしてしまうのだが。。。
環境DNAプレゼンは,とりあえず寝かして,週明けにまた直す予定。続けて,もう1つのプレゼン,市民大学用のスライド作りを行った。といっても,スライド並べ替え,がメインの仕事。いつも話しているような内容なのだが,やはり求められるものが微妙に違う。特に,聴衆は年配者が多いと思われるので,「研究」よりも「生き物紹介」の色を濃くしてみた。が,90分の話なので,結構スライド枚数が多い。結局,完成までは至らず。こちらも週明けにやろう。
来週は,イベントものが多いので,デスクワークからは脱却できることを期待しよう。
2018年11月7日(水) デスクワーク(その3)
3日続けて同じタイトル。というくらい、同じことしかしていない。
唯一の違いは、朝一の講義。でも、それが終わった後は、昨日と同じ。まずは、D論直し。もっとも、スタートが遅かった(2限目の時間から)ので、1章分を直すのに昼過ぎまでかかってしまった。それに、今日読んだところは、D論の中心的な課題で、分量も多かった。
その後は、やはりこれまた昨日と同じで、研修会プレゼン作り。これを帰宅まで。
ただ、これ以外にも「建設的」なことも。
さすがに、マンネリは良くないと思い、論文探しを行った。今日は、「保全」という大きな枠で、特に新規論文を探した。で、出るは出るは。面白そうな論文が目白押し。そのうちのいくつかを印刷し、斜め読み。特に、今どきの解析方法を知りたかったので、その辺を中心に目を通していった。結果、新規情報が得られたのはもちろんだが、それ以上に刺激を受けたことが良かった。自分の知識の乏しさと、新しい知見を得たことの楽しさ、とでもいうのだろうか。兎に角、満足感。今後も、気分転換の意味も込めて、やっていこう。
で、明日は、、、「その4」がほぼほぼ確定。唯一の違いは、某テレビ局から電話取材が入る予定。と言っても、「事前取材」ということなので、番組で使われるかは未定。ちなみに今日は、そのための下調べも。これはこれで、新しい知見が得られたから、善しとしよう。
ところで最近、巷のニュースで気にしていることがある。近くでお猿さんが逃げた(その後捕まった)、ということももちろん気になるのだが、それ以上に気になるのが、隣県の豚コレラ。いろいろ対策が打たれているようなのだが、それが妥当であるのか、はたまた、どういう対策がいいのか。今言えることは、私は何ら結論には達していない、ということ。折を見て、考えてみよう。
2018年11月6日(火) デスクワーク(その2)
昨日の宣言?どおり,今日も一日デスクワーク。オムニバス形式で,もろもろ取り組んだ。基本的には,昨日と同じこと。唯一?違う点は,イタセン論文絡みの参考文献を読んだこと。
ミトコンによるイタセン3集団比較などだ。もちろん,これまでも読んだことはあるのだが,改めて読むと,内容がダダ被り。我々の論文が後発なので当たり前なのだが,新規性が乏しくなってしまう。もちろん,マイクロサテライトだからこそ,分かったこともあるので,無理に違いを強調しすぎずに,補完すべきは補完し,新規に強調すべきは強調しよう。ただ,今日は文献読みまで。本文書きに集中する時間がなかった。というか,現時点で,これよりも優先順位が高い「お仕事」が沢山ある。
ということで,明日も朝イチの講義の後は,引き続きデスクワークの予定。
それともう1つ,昨日と違うことを行った。プライマーの発注だ。ズバリ,ヒキガエル類用のマイクロサテライトプライマー。先行論文での使用実績が高く,期待できる。ただ,5セットしか注文できなかった。理由は明白。予算の問題だ。今年は例年と比べて厳しい。少ない予算の中で,何とかやっていこう。もちろん,目先の実験だけではなく,将来を見据えた実験も。ヒキガエルMSは,まさにそんなところ。まずは私が試してみて,その後,適宜学生に任せよう。
ところで,この他の仕事としてやったうちに,研修会プレゼンづくりがある。今日は,実際にスライドを作り始めた。もちろん,これまでのものを活用しているのだが,細かいところで文言の統一や,配色のバランスなど,やることは多い。で,今日作ったのは,環境DNA,,,ではなく,そのイントロ的な位置づけの,「従来の」DNAによる生態調査,に関する事例。とはいえ,いざ作ってみると,自分の研究が中心になってしまった。種判別に始まり,地域固有性や移動分散など。いろいろなDNA生態調査を考えてみると,うちでは「個体識別」までは,ほとんど手つかずであることを改めて認識。「個体,,,」ができると,得られる情報も増えるのだが,手広くやっている弊害か,なかなか個々の生物に深入りすることができない。もちろん,直近の理由は,マーカーの不足。要するに,マイクロサテライトプライマーが少ないことだ。どこかのタイミングで,というか,来年の助成金が当たれば,一部の生物では,この分野でも深入りできるのだが。。。
2018年11月5日(月) デスクワーク
今週はひみラボで環境DNA実験でもしようかと考えていたが、いざふたを開けてみると、「お仕事」が詰まっている。ということで、今週はデスクワークに専念することになりそうだ。ただ、1つの仕事を長く続けても効率が悪い。
ということで、朝から留学生のD論直し。1章分を直した後は、別の事務仕事。そして午後は、会議を挟んで来週末の研修会のプレゼン作り。このプレゼンというのが、環境DNA。とりあえず今日は、全体の話の構成を練っていった。
そんなこんなで帰宅時間。どの仕事も終わっていないので、明日以降続けよう。同時に、自分の論文が全くの手付かず。明日は「予定」が全く入っていないので、ひたすらデスクワークの予定。だが、集中力が途切れるのは良くないので、うまく廻していきたい。
2018年11月2日(金) 論文対応
まずは,学生の論文原稿読み。もろもろ対応し,コメント書いて,どうにか返却。
続いて,自分の論文原稿書き。イタセン3集団のイントロに取り組んだ。先日書いた通り,既に構成は出来上がっているので,それを英文化。書き出しのところは,これまで書いた論文と共通点もあるので,それらを「参考」にしながら書きすすめた。結果は,まずまず進んだだろう。イントロの半分くらいは書けたかも。ただ,ここにきて,読んでおくべき論文が出てきた。それらをいじると,考察も膨らむかも。来週も引き続き,書いていこう。
それら論文書きの合間には,会議やら実験指導やら。気が付けば一日が終わった。充実していた,ということにしよう。
さて来週は,上記に加えて,留学生のD論直しも再開。予備審査だ。そして,ひみラボへ。結局?,環境DNAをやることに。う~ん,姿勢が定まらないが,研究の引き出しは多い方がいい。時間がある時に,やることはやっておこう。
2018年11月1日(木) 事務仕事
月が改まった。恒例の今月の計画練りからスタート。
そして、予定通り、今日は事務仕事。予想通り、四苦八苦。それでもそれなりの形ができた。明日も続けるが、まずまずの進捗状況だ。それにしても、この手の事務仕事がひと段落すると、「達成感」が湧いてくる。が、何を達成したのかというと、、、決して建設的、とばかり言えない仕事なので、これで満足しているようではダメなのだろう。やはり、論文とか、それにつながる実験や調査などで達成感を味わいたい。
と、言うわけではないのだが、時間が少しあったので、久々?環境DNAの実験を考えてみた。特に、ステリベクスの有効活用。というか、そもそもこれを使った一連の実験方法を確立させておきたい。そのための具体策を考えてみたのだが、結構いけそう。ということで、近いうちに、ひみラボに「実験」のために行くかも。
この他、若者の実験指導と自他の論文直し。明日も同じ感じだろう。
2018年10月31日(水) ひみラボ二日目
プチ合宿二日目.と言っても,もちろん日帰りだ.で,今日もひみラボでイタセン3集団論文書き.
昨日書いた通り,まずは考察の構成練り.いつものことだが,論文を書く際に,何も杓子定規にイントロから書き始める必要はない.今回も,結果がすでに出ているので,そこから言えることは決まってくる.そこで,まずは結果の解釈とそこからの話の展開(考察)を考えた.そしてそれが終わった後,考察も含めて,論文全体を盛り上げるためのイントロの構成を練った.もちろん,本来であれば,そもそも研究をスタートする時点で,イントロ含めて論文構成を考えてから,実験デザインを練る,,,のが理想だし,できる限りそれを意識してはいるが,同時に,結果は結果.ということもある.つまり,当然ながら結果次第で考察も変わる.となると,そのためのイントロも変わる.ということで,今回も諸々考え,対応しながら,今に至っている.
結局,「構成練り」は完成.と言っても,朝から連続的に仕事を仕上げたわけではなく,途中で気分転換.こちらも昨日書いた通り,図表を作成していった.とは言え,過去にも書いたことがあるような形式の図表になったので,まずまず進んだ.残すは採集地点図のみ.
ということで,勢いこのままに,明日はいよいよ英語書き,,,と行きたいところだが,ひみラボ合宿のために,先延ばしにしてきた事務仕事が...ということで,明日は缶詰になってこの仕事と格闘予定.御用の方は,まずはメールで.
2018年10月30日(火) ひみラボ
久々のひみラボ.環境DNA実験をやった,,,わけでは無く,イタセン3集団論文書きに専念.
たまには場所を変え,気分を変えて,執筆していこう,ということで,ひみラボでプチ合宿.結果は良好.マテメソとリザルトを(ほぼほぼ)書き上げた.
ということで,この勢いに乗るために,明日もひみラボへ.今日よりも少し長めにやりたい.まずは,イントロと考察の構成練り.そして,書けるところから書いていこう.同時に,気分転換で図表も作っていきたい.もちろん,明日で書きあがるはずはないが,それでも大きな方向性はつけておきたいところだ.
明日で10月も終わる.と言っても,しばらくはやることは一緒.近いうちに頼まれ実験のサンプルが届くだろうが,それまでは自他の論文と向き合いたい.書ける時に,書いておこう.
2018年10月26日(金) 少し、火が付いた
なんだかんだ言いながら、悪くない方向で進展。
まず、朝からアカヒレ論文の投稿。多少てこずったが、無事に投稿完了。で、その直後に届いたメールで、シカMS②論文のアクセプト通知が。これで本当に、肩の荷が降りた。山を越えた、というところだろう。だが、登山では下山中の事故に注意することは基本中の基本。下り道はまだまだ続く。しっかりと歩いて行こう。
ということで、お昼には「カツ」をいただいたのだが、何のためのカツだか、イマイチわからなくなってきた。
そしてその前後にやったことと言えば、今後の計画練り。
最近は、「次」の研究を考えることが多い。ここでいう「次」とは、来年度の研究。主に学生の研究(とその指導)だ。だが、ふと冷静に考えると、来年度のことは、否が応でも来年度考え、対応することになる。それと同時に、現在来年度やることとして想定している範囲では、ある程度の対応・準備ができている。ということで、「今」しかできないこと、つまり、比較的自分の時間を持てる今だからこそできることを、やっていこう、という方針を確認。
では、今やるべきことは、、、と考え、やはり一番に考えたのは、環境DNAをどうするか、ということ。以前も書いたかもしれないが、諸々考えると、形(論文)が欲しい。ということで、具体的にどのような論文が書けるか、そのためにはどのデータを追加すればいいか、そしてどこに投稿するか、ということを考える時間を設けてみた。
これまでも、ぼちぼち考えていたのだが、具体的に「投稿」ということを意識して考えたのは初めてかもしれない。そして考えを進めるに従い、「現実」を認識。つまり、曲りなりにも論文にする以上、しっかりしたデータが大前提。そしてそのデータを採るためには、本腰を入れた調査やら実験やらが必要。と考えていくと、果たして、今それができるか、というところに考えが収束。つまり、今の私に足りないものは、何といっても「マン・パワー」。環境DNAとは言え、単に水を汲んで、実験していればいいだけではない。対象生物が「本当にいるのか?」を確認するための調査も必要。もちろん、しっかりとした調査だ。と考えると、私一人でやるのは厳しい。
と言うことを考え、出た結論が、『先送り』。つまり、環境DNAの論文は、現時点では書かない、ということ。ま~、これが現実だろう。
と言うことで、考えがまとまったため、ますます燻る、かと思いきや、むしろ気分はすっきり。割り切れた、というところだ。そこでその後は、『次なる論文』である、イタセンパラ地域間比較、つまり魚類学会ネタの論文化の作業に取り組むことができた。今日やったのは、データ解析の続き。かなり以前に書いたが、魚類学会の発表では、データの甘さが否めない。それらにしっかり対応するために、データの再解析進めた。で、粗方終了。結果も悪くない。来週は、この論文書きを主流にもっていこう。と同時に、最近ひみラボに行く機会が少ないので、ひみラボでのプチ合宿も悪くない。何はともあれ、時間を有効に使っていこう。
ちなみに、今日これ以外にやった「大仕事」が、イタセンパラ・ペーパークラフトづくり。結果、3匹完成。うち2匹は、実物大の雌雄だ。これらは、今度の日曜日のイベント用。現時点では、参加できそうなので、そこでの「見本」として作成した。久々だった、まずまずの出来栄え。
2018年10月25日(木) 未だ、燻り中。
今日は、高校訪問があった。そのため、その前後は何となく仕事が手につかない。ということで、のんびりと、、思ったら、科研費申請を忘れていた。期限は明日。ということで、今日の午前中に申請手続き。そして、完了。何はともあれ、一仕事終えた。
一方で、今朝、アカヒレ論文の結果が届いていた。で、リジェクト。それも、レビュー無しのリジェクトのようだ。だったら、もっと早くに返事しろよ、と思うのだが、ま~、何を言っても仕方がない。そこで、共著者とも相談し、次は「無難」な雑誌に投稿することにした。そして原稿だが、リジェクト時にコメントが全くなかったので、直しようがない。ということで、フォーマト合わせ、と思ったら、出版社が同じなのか、フォーマットもほぼ一緒。ということで、特に手を加えるところがない。さすがに、今日中の投稿は見送ったが、明日には投稿してしまっていいかも。
ということで、今日も一日が過ぎたのだが、未だ「燃え尽き感」が否めない。繰り返すが、次なる論文や、場合によってはそのための実験などが沢山ある。そして今の時期は、何をやるにもいい季節。だから、時間を無駄にしないで、バリバリやっていこう!、、、と思うのだが、なんとなく燻っている。ま~、これはこれで仕方がないか、と割り切ることも必要かも。ということで、明日も燻ろう。
2018年10月23日(火) やや燃え尽き感
科研費申請と留学生のD論が、いずれも1つの山を越えた。もちろん、まだまだ気を緩めるわけにはいかないが、、、やり遂げた。で、燃え尽き感が否めない。
今日も上記に勤しんだのだが、それ以外にも明日、明後日のプレゼン作りに集中。そしてそれらもほぼほぼ終わった。
ということで、いくつかの仕事が終わり、さて次は、、、という段階に入った。そこで計画を練ってみたのだが、イマイチ乗ってこない。まさに、燃え尽き状態だ。
次にやるべきものとしては、論文書きが結構な数、控えている。と同時に、やはり諸々考えると、環境DNAを形にしておきたい。そして、これからは、曲がりなりにも時間がある。で、環境DNAの具体的な計画を考えてみたのだが、、、やはり、イマイチ乗ってこない。
ま~、やることはやった後なので、多少のまったりも悪くないかも。ということで、しばらくは「フリー」で過ごしてみたい。と言っても、冒頭の科研費申請やら、D論やら、そのための投稿論文やら、目先の仕事は、まだまだあるのだが。。。
さて明日は、朝から講義。午後はずっと会議。そして夜は動物生態研究会。まったり、とはいかなそうだ。
2018年10月22日(月) 缶詰
今日も、ほぼほぼ部屋にこもってデスクワーク。
そもそも、この週末は体力勝負。薪運び第二弾&草刈、さらには遅ればせながら、冬野菜の植え付け(の前の畑耕し)。加えて、土日ともにちび助たちのイベントがあったため、早起き&お弁当作り。さすがに疲れがでたのか、昨日の夜は膝に力が入らず、眠気も募ったので、ちび助たちよりも早く就寝。
だがその甲斐あってか、今朝は快調。やや寝すぎた感はあるが、なによりも「やる気」がみなぎっていた。
ということで、朝イチはメールチェック。すると、留学生のシカMS②論文の返事が。で、結果はマイナーリビジョン。コメントを読んだが、何とかなるものばかり。ほっと一息。これでどうにかなるだろう。
その後は、留学生のD論直し&事務手続き、科研費書類直し、そして生態学会申し込み、、、デスクワークが続く。それでも、概ね集中してこなしていくことができ、その後はプレゼン作り。急所担当することになった動物生態研究会のプレゼンだ。今度の水曜日。時間は少ない。ネタは環境DNA。来月、金沢で講演を依頼されてるので、丁度いい、と思ったのだが、、、どうみても使いまわしができなさそうなスライドになってしまった。そもそも、対象が違うので、同じ内容でも、伝えやすさを考えたとき、当然ながらスライドは違ってくる。それでも、自分自身でもある程度考えをまとめることもできたので、善しとしよう。ということで、一通りのプレゼンは完成。
さて明日は(も)、、、缶詰の予感。自分の論文も手掛けたい。でも、やりかけの実験もやってしまいたい。
2018年10月18日(木) 休養
今日は一日、休みをもらった。形の上では、以前の休日出勤の振替休日。そして今日は、正真正銘、休んだ。2週続けての学会参加やひみラボ感謝祭が続き、体に疲労が蓄積。最近は頭痛がでるようになっていた。ということで休養。。。というのは、嘘ではないのだが、今日休んだ直接的な理由は、お家の事情。不調になってしまった。と言っても、同居人でも、ちび助でもなく、洗濯機。今日、修理に来てもらうことになっていたのだが、私が対応することに。幸い、予定ははいっていなかったので、ま~、たまにはいいか、ということで。
ところで、昨日はしっかりお仕事。朝から講義を行い、科研費の残りの確認を行い、頼まれ仕事の仕上げを行い、糞実験の続きを行い、、、そして何もなくなった。ということで、改めて計画を見直し、出した結論が、次なる論文の着手。ネタはいくつかあるのだが、タイミング的に、先の魚類学会で発表したイタセンネタにした。
ということで、改めてデータを見直し、必要な解析を行った。だが、いざ始めてみると結構やることがある。着実にこなしていったが、結局昨日の段階では終わらなかった。ということで、今日はその続き、、、はやらずにお休み。明日、実験と論文書き(のためのデータ整理)を行なおう。
ちなみに、朝練は今日も行った。が、これで今季は終了にしたい。理由の最たるは『暗い』。そして『寒い』。ま~、完全に日和ったということだが、ぼちぼち、ゆっくりしよう。
2018年10月16日(火) 集中力、持続中
今日あたり、まったりと間延びしても良さそうだが、今日も時間があっという間に過ぎていった。
まずは、朝練。昨日の反省を生かし、かつ、今朝はそこまで寒くなかったので、いつも通りのメニューをこなした。だが、ここで気が付いたことがある。昨日は寒く、今朝は寒くない。どうやら、寝ている時に違いがあるようだ。というのも、昨日の朝は、体に何もかけずに目覚めた。で、目覚めた時点で、体が冷え切り、寒さを感じていた。一方、今朝は、目覚めると窮屈感が。隣で寝ていたちび助3号が、押し寄せてきており、体は固まっていた。が、ちび助は熱い。そのおかげで、目覚めの時点で汗ばむくらい。さて、明日の朝はどうなるだろうか。もちろん、就寝中のちび助の動きは予測できないので、起きてみるまでわからない。
さて、大学では、朝から科研費直しに取り組んだ。と言っても、粗方形ができてきたので、こういう時は「ま~、大丈夫だろう」と流してしまうのが、いつものパタン。が、今日は違った。大から小まで、文章直しに集中できた。そして一番力がはいったのが、ポンチ絵。これもしっかり直すことができた。で、気が付けば、お昼。
午後は、科研費直しの残りをこなした後、ややまったり。が、これでは時間が無駄になると思い、久々実験を開始。今日やったことは、糞。前回と前々回に山で採ったものだ。
さらに夕方は頼まれ仕事。ただこれも、時間切れで終了。
ということで、一日を通して集中力が続いた。悪いことではない。明日は、これまた久々の「講義」がある。それ以降は実験や頼まれ仕事の続きをやっていこう。
で、書くことを書いたので、恒例?の不思議な話。実は、今朝と今夕の話だ。これまで、「怪しい」現象はいくつか経験してきたが、今日のは始めての現象。何かというと、私の周りを飛ぶ「縦線」。
どういうことかというと、今朝の朝練の時。あたりは真っ暗。遠くの街頭で、一応は道が見える程度。公園に着き、準備体操の後に、いざ歩き始めたところ、顔の右側から、私の前を横切る方向で、縦に伸びた白い細い「線」が。長さは鉛筆くらい。太さは、「線」という表現がふさわしいくらい。はじめは、蜘蛛の巣が光にあたったのかと思ったのだが、顔周りを触った感じ、蜘蛛の巣はない。
で、夕方、自宅に使づいた時。あたりは薄暮期。今度は朝とほぼ同じ状態で、黒い線が。
これ以外に、不可解なことはなく、体調も(今のところ)問題ない。う~ん、なんだったのだろうか。明日も出るだろうか?
2018年10月15日(月) 寒い
週が改まった。気分一新、朝練でスタート。が、寒い。。。あまりに寒かったので、いつもは一周目は歩くのだが、体を温めるために、いきなり走ってしまった。で、その結果、関節に無理がかかったのか、痛い。。。でも、走っていると汗をかいてくるので、いきなり厚着をするわけにもいかないし。。。明日は、無理なく、スタートしよう。
ということで、先週末は、ひみラボ感謝祭。無事に、そして、盛況に終わった。と言っていいだろう。
何といっても一番の収穫だったのは、頑張る学生たちの姿をみることができたこと。各ブースで大まかな決まりごとは指示したのだが、現場では担当学生に任せた。これが良かったのだろう。みんな、自分たちで考え、しっかりとやってくれていた。それも、私の予想・期待をはるかに超える形で。学生たちに指導をすることは大切だが、それと同時に、「任せる」ことも意味があるだろう。学生たちにとっても、いい経験になったことを期待したい。
さて、週明けの今日は、予定通り計画練りからスタート。特に、後期にむけて、というかすでに始まっているが、兎に角、しっかり乗り越えるための具体的な計画を練った。同時に、自分自身のやることも。加えて、頼まれ仕事や諸々事務仕事。で、気が付けば帰宅時間。
明日も、今日の続き。そして、科研費申請書類と向き合おう。それと、ぼちぼち実験を再開する予定。ともすると、まったりと時間を過ごしてしまうが、形に残ることもしっかりやっていこう。
2018年10月12日(金) 山を越えた!?
昨日と今日、最後の追い込み。自宅残業はもちろん、「朝活」、つまり朝練ではなく、同じ時間に起きて、朝から書類書きも行った。もっとも、雨が降っていたこともあるのだが。
そんなこんなで、科研費申請書類書きとひみラボ感謝祭の準備が山を越えた。もちろん、どちらも終わったわけではない。
科研費も今日の段階で事務確認のための提出が終わった。例年に比べると、力の入り具合が明らかに違う。ただ、読めば読むほど、「まだまだ」感がぬぐい切れない。もちろん、今後も読み、直していく予定。ただ、この週末は敢えて「寝かそう」。一度、頭から捨て去り、週明けに気分一転、読み直しだ。
もう一つのひみラボ感謝祭。これも明日が本番だ。そして今日は、最後の準備。配布書類や掲示パネルなどを作った。そしてもっとも手間のかかるのが、その印刷・コピー・ラミネート加工。だがここで強力な援軍登場。3年生の3名が来てくれた。ほんとに助かった。そして、予想以上にスムーズに終わった。感謝感謝。そしてもちろん、明日が本番。細かいことは気にせず、しっかり「おもてなし」をしよう。そしてもちろん、しっかり楽しみたい。お手伝いしてくれる学生たちにも、有益であることを期待したい。
ということで、夕方には、実に久しぶりに「時間」ができた。そこで、次の研究に取り掛かった。と言っても、まずは次(春)の学会のための下準備。それから、頼まれ仕事も手掛けた。
まずは明日だが、来週もしっかりと、時間を有効に活用していきたい。
2018年10月10日(水) 怪奇現象
今日の帰宅時間、大学から呉羽山に向かう坂道を、一人の背の高い中年の男性が歩いていた。あたりはすっかり暗くなり、暑くもなく、寒くもなく、まとわりつくような霧雨の中、男性は黒い大きめの傘をさして歩いていた。男性とすれ違う車は少なくはないが、特に男性を気にする様子はなかった。やがて男性は、峠を越えていった。
それから約30分後、同じ坂道を、全く同じ背格好をした男性が、同じように黒い大きめの傘をさして、峠に向けて坂道を歩いて行った。先ほどと違う点は、霧雨がやや小降りになったこと。肌にまとわりつく感じは、変わっていなかった。そして、その男性に気づいた人がいたかは、定かではない。
今日の帰り道、私が実際に体験した現象だ。。。より正確に言えば、私が「演出した」現象だ。。。
今更言うまでもないが、この男性は「私」。他の人が、もし2つの行動を目撃していたら、怪奇現象ととらえてもおかしくなかったかも。
そもそもどういうことかと言えば、まず、ほぼ定時に帰宅。いつものように歩いて峠道を越えていった。その後、家につき、車に乗ってちび助たちのお迎えへ。で、ここでいつもと違った点は、なんと保育園に、同時刻に同居人も迎えにきていたこと。仕事が早く終わったことと、私が携帯電話に気が付かなかったことで、そのような状況が生まれた。でで、ちび助は同居人と帰宅。私も帰宅、、、と思ったのだが、明日はひみラボに行くために車を使う。そして、そのために朝車で大学に行くと、混む。私は、この無用な混みが大っ嫌い。日ごろ、峠の上から大学前まで、歩く私が、同時スタートの車に勝つことはしばしば。ということもあり、普段は車ではなく、歩く。で、明日も朝の渋滞がいやだったので、今夜のうちに、大学に車を置いてきた。で、その後、再び歩いて坂道を帰ったので、上記のような状況が生じた、というわけ。
ちなみに、怪奇現象と言えば、今朝、朝練のために真っ暗な時間に起き、1階で準備をしていると、真上の部屋で足音が。みんなが寝ている寝室は、全く別の場所。ま~、いつものことだ。
そして朝練へ、、、と言っても、昨日山調査だったので、今日はクールダウン。が、眠かった。そして、体が見ごとにガタガタ。学会&薪運びの疲れを引きずっている。結局、いつもより短めのウォーキングだったが、ほとんど目が開いていなかったような気がする。
さて、大学では、ひみラボ感謝祭&科研費が大詰め。そのほか、留学生のD論草稿に対するコメントや、もろもろメール対応に会議。時間はどんどん流れていった。で、気が付いたら帰宅時間。すっかり暗くなった道を、まとわりつくような霧雨の中、大きめの黒い傘をさして、坂道を登っていった。。。あれ、この文章、さっき書いたような。これがホントの回帰現象、、、なんのこっちゃ。
2018年10月9日(火) 体力勝負
わかってはいたことだが、今日の立山(正確には弥陀ヶ原)調査には、体力が求められた。ただ、一口に体力と言っても、日ごろの朝練と、昨日の筋トレ(薪運び)の甲斐あってか、意外と動くことはできた。が、時間が経つにつれ、次第に疲れがでてくると、日ごろの疲労蓄積と学会疲れが顔を出し始めた。そして、そのすべてを左右するといっても過言ではないのが、「採れない」という現実。ま~、これが一番、堪えたかもしれない。
ということで、今日は体力勝負だった、ということなのだが、これでは終わらない。というのも、今週、特にひみラボ感謝祭が終わるまでは、体力勝負となりそうだ。なんといっても、感謝祭準備もさることながら、科研費申請の実質的な締め切りも今週中。他の先生との共同申請なので、例年以上に気が張り詰めている。これは、単に書類を作成すればいいだけではなく、もろもろの段階や調整など、結構な気苦労も。
で、もちろんひみラボ感謝祭も、気づいてみればあと数日。準備はまだまだ。
何はともあれ、しっかりと乗り切ろう。で、それが終わったら、まったりと、、、したいところだが、やることはまだまだ続く。。。
2018年10月8日(月) 恒例行事
魚類学会が無事終了。ポスター発表の聴衆は、そこまで多くなかったが、ま~そんなものだろう、といったところ。その他の発表も興味深く聞かせてもらった。このような場合、純粋に発表内容を「楽しむ」のと同時に、今後の研究に活用できる情報を常に探している。だが、今回はイマイチ新規情報が乏しかった。ただこれは、私自身、魚に関する研究から最近は遠ざかっていることが原因ともいえる。いろいろ言いたいことはあるが、先週の学会の方が、ネタ的には豊富だったかもしれない。ただ、今回の学会で明確に感じたのが、環境DNAを使っている学生への物足りなさ。もっと魚(生き物)に興味を持てばいいのにな~。。。
そんな学会参加の中で、都会を実感。まずはいつものことながら、電車の時刻表が必要ない。すぐに次の電車が来てくれる。その一方で、電車はよく遅れる。今回、実に3回も「遅れ」に遭遇。結果的には、どれも大きな影響はなかった。でも、帰りの新幹線が遅れたのは、少し参った。乗車予定の列車だけではなく、「北」方面の新幹線がすべて遅れる(ダイヤが乱れる)というのは、結構大変だ。
で、今日は一日まったりと、旅の疲れを癒した、、、と言いたいところだが、我が家の駐車場には、薪の山が。これを薪小屋(棚)に並べた。と言っても、もう慣れたもの。2トン分の薪と運ぶのに、休憩入れても2時間かからなかった。今後後半の2トン分が来る。こちらも運べば、冬の準備が概ね整う。
でも、やっぱり体には筋肉疲労を中心に疲れが。明日の山調査は、無理せず、頑張ろう。まずは目を光らせ、観るものをみて、観ないものを見ないようにしたい。
2018年10月4日(木) 科研&感謝祭
今日はこれに尽きる。昨日も書いた通り、まずは科研費申請書類書き。朝から読み直したが、やはりわかりづらい表現が多い。それらを含めて、全体的な直しを行った。同時に、2つ目の申請書に関しても、仮の形に仕上げた。分担者の先生が他からも文章直しの返事をいただいたので、一応の形にはなった。明日は東京に行く前に、アドバイザーの先生に確認依頼を出そう。そしてもちろん、今回の出張においても、「お供」であることには違いない。違った状況の中で(今回も新幹線の中)、読み直すと意外な発見があるもの。また、客観的な見方ができることが多いので、重要なステップだ。兎に角、時間の許す限り、直しを続けよう。
そしてもう一つは、言わずもがなのひみラボ感謝祭。こちらも着実に進めていった。で、やはりまだまだ。明日も時間の限り、少しでもいいので確実に進めていこう。また、大学経由で報道機関へのニュースリリースも予定している。リリース自体は連休明けになるだろうが、今日はその原稿を書いておいた。せっかくやるのだから、できる限りアピールし、盛り上げたい。
ところで、朝練は続けている。最近は、上下ジャージを着ていても「寒い」と感じるようになった。お陰で走るのが楽だ。その甲斐あってか、体重も低空飛行を続けているし、大学への往復を早足で歩いても、息切れや辛さが無くなった。このペースを維持して、秋の高山調査に挑みたい。
が、このペースを確実に乱すであろうことが、明日からの魚類学会。朝練はそもそも想定していないが(明日の朝は走る予定だが)、それ以上に不摂生になる。特に、私の場合、一人の外食というと、ほとんどの場合はラーメンを選択する。もちろん、ご飯ものも一緒に。で、宿泊地の実家がある駅で、美味しいラーメン屋を見つけてしまった。明日も食べてしまうのだろうか。それも飲み会が終わった後の夜食として。。。
ということで、次回のブログ更新は、魚類学会から戻ってきてからの予定。でも考えてみれば、学会前日と言うのに、その準備はほとんどやらなかった。先週、ポスターを印刷させた段階で、なんか終わった感じだ。明日から、しっかりと楽しんでこよう。
2018年10月3日(水) 煮詰まった
今日から授業再開.私が担当する唯一の後期授業が,今朝の1限に早速.と言っても今日はガイダンス中心.
その後,今日はひみラボ感謝祭の準備を進めていった.まずは,改めて現状(どこまで準備が進んでいるか)を確認し,今後のやることをリストアップし,その上で,やるべきことを片っ端から進めていった.
結局この作業は夕方まで続き,さすがに今日ですべてが終わることはなかったが,それでもかなりの部分が具体化された.特に,掲示するパネルの原図とかを作成.だが,繰り返すがまだ残っている.特に体験実習と研究紹介用のポスターだ.ただ,ポスター印刷は,来週中旬以降になるので,まずは体験実習から手掛けるべきだろう.さらに,明日から個別に始まる学生向け説明会のための資料も作った.
そして,これらの目途がついた(集中力が途絶えた)ので,気分を変えて,科研費申請書と向き合う...が,まったく頭に入ってこない.加えて,明らかに変な文章を自分の担当箇所で書いていることは,理解できた.ただ,改訂案が浮かばない.完全に煮詰まってしまったようだ.
ということで,以降は頭を使わない作業をいくつかやってから,帰宅.自宅残業の時までに,頭がすっきりしているといいのだが.できれば今夜中に,2つ目の草稿を書き上げてしまいたい.
2018年10月2日(火) 科研費と格闘
正確には、科研費申請書類と格闘。
今日も朝から取り組んだ。そして、明らかな不備を発見。ただ、幸いにしてまだ時間はある。その不備を改善すべく、今日もひたすら頭を使い、そして煮詰まった。着実にやっていこう。
一方で、もう1つの科研費申請書類の方は、今日も自宅残業。こちらは、あえて気楽?に取り組んでる。そして自由な発想、作文を生み出すために、リラックスした状態で。要するに、お酒を飲みながら、書き進めている。もちろん、ある程度形になったら、しっかりと読み直す予定。
これ以外にも、今日は大きな仕事をこなした。頼まれ仕事だ。詳細は書けないが、案外、手枷、足枷になっていた。特に、締め切りが来週中ごろだったので、タイミングが悪いと科研費やひみラボ感謝祭準備と被る。が、幸い、なんとか仕上げることができた。こう書く以上に、安堵感がある。
ということで、以上に加えて、夕方はひみラボ感謝祭の準備もしたが、今日もあっという間に終わった。繰り返すが、来週は空き時間が無い。科研費は曲りなりにも先が見えてきたので、今週中に感謝祭の準備を粗方終わらせたい。
ということで、まずまず順調に進んでいるので、久しぶりに「あの」ネタ。
先週のひみラボでの合同調査があった日のこと。と言っても、「ひみラボ」限定ではない。そもそも午前中に、大学で会議があった。が、その途中で、何の前触れもなく『耳鳴り』が。ただ、かつて経験したことの無いような、なんというか、はっきりとした耳鳴り、というか、混線のような状態。その中では、何か話声のようなものも聞こえてきた。当初は、てっきり館内放送の混線かと思うくらい、はっきりしたもの。だが、どうもそうではないようだ。
そして、その日の夜。ひみラボで他大学の先生や学生さん達と「交流」をしているときも、まったく同じことが起こった。ただその時は、実は関連ネタを話していたのだが、この耳鳴りに関しては、あまりにタイムリーかつ、「出木過ぎ」ていたので、特に話さなかった。ちなみに、状況は会議中と同じ。おそらく、体の疲れから来ているのだろうが、その後は同じ状態にはなっていない。なんだったんだろうか。。。
2018年10月1日(月) ノルマ達成!?
今日の午前中、アカヒレ論文の最終直しを行い、投稿した。何はともあれ、1つ仕事が片付き、ほっと一息。
ところで、このアカヒレ論文に関しては、いくつかの時間的なノルマ(努力目標)を課してきた。まずは、8月中の初稿完成。これは達成。そしてもう1つが、9月中、つまり、後期が始まる前の投稿だ。で、これも「達成」した。。。と言っても、今日は10月。期限過ぎているでは、、、と、私自身も思っていたのだが、いざ投稿作業をしてみると、投稿日が9月30日。そう、その時、投稿先(欧米)は、まだ9月だった。。。ということで、ノルマ達成!!!
そんなこんなで、午前中は過ぎたが、午後も無駄なく時間を過ごした。そもそも、当初の予定通り、朝から環境DNA学会で仕入れてきたネタまとめと、今後の計画練りに着手。が、アカヒレも含めて、目先の仕事が多く、いつでもできるネタまとめなどは後回しに。その勢いは午後になっても衰えず、今度は、科研費申請書類の直し。こちらも、かなり集中して進めることができた。他の先生からのコメントもいただきながら、帰宅時間までに改訂版を仕上げることができた。
さらに、久しぶり?に、自宅残業。科研費のもう1つの申請書類書きだ。で、こちらも予想以上に書けた。こちらは自分一人なので、気分的にも楽なのだが、『やっぱり、この研究は無理だろう~』という思いと、『どうせやるなら当てに行きたい』という思いが、常に錯綜している。ま~、書いてなんぼだ。
ということで、明日も基本同じ流れ。科研費と、論文に代わってひみラボ感謝祭準備。進めていこう。もろもろ予定をみると、今週中が勝負だ。