山崎研では、30by30（2030年までに査読有論文30報以上、あるいはインパクトファクター合計30以上）を目標に設定します！（2022年11月5日スタート。2025年6月17日時点の進捗状況：論文12報、IF合計31.657）
祝！30by30目標を達成しました！！
※下線は，現在あるいは当時の山崎研メンバー（ひみラボメンバーを含む）
1．原著論文（査読有）
1-82. Watanabe T, Satoh SS, Shiraishi T, Kubota S, Yamazaki Y. In press. Inter-island whole-genome comparison reveals micro-evolutionary dynamics of the red fox, stimulated through post-glacial sea-level alterations. Genome Biology and Evolution. 【IF: 3.2】
1-81. Watanabe T, Yamazaki Y. In press. Sex-specific behavioural patterns significantly affect the phylogeographic process of secondary contact in the red fox: male dispersibility and female philopatry. Journal of Zoology 【IF: 1.9】
1-80. Watanabe T, Tamaoki D, Karahara I, Yamazaki Y. 2025. Morphological characteristics and molecular phylogeny of “Tateyama-marimo” (Cladophorales) from Tateyama Town, Toyama Prefecture, Japan: a comparative study with related freshwater algae. Phycological Research, 73: 17-26【IF: 1.6】
1-79. Ota N, Hirose H, Yamazaki Y, Kato H, Ikeo K, Sekiguchi J, Matsubara S, Kawakami H, Shiojiri N. 2024. Comparative study on a unique architecture of the brook lamprey liver and that of the hagfish and banded houndshark liver. Cell and Tissue Research, 398: 93-110【IF: 3.2, 2024年9月6日雑誌サイト】
1-78. Watanabe T, Yamazaki Y. 2024. Complex geohistory of continental islands advanced allopatric evolution even for the highly dispersive generalist red fox (Vulpes vulpes): multiple phylogenetic groups in the Japanese Archipelago. Zoological Journal of the Linnean Society, 202: 1-16 (https://doi.org/10.1093/zoolinnean/zlae007) 【IF: 2.8, 2024年1月10日雑誌サイト】
1-77. Kameya M, Watanabe T, Nambu H, Yamazaki Y. 2024. Phylogeographic history of endangered Hokuriku salamander Hynobius takedai (Amphibia: Caudata). Zoological Science, 41: 177-184 (https://doi.org/10.2108/zs230101)【IF: 0.9, 2023年11月27日雑誌サイト】
1-76. Iitsuka Y, Ohta T, Sazawa K, Nishio M, Kawakami R, Yamazaki Y. 2023. Effect of water gates in rivers on intra stream dispersal of freshwater fish population: Evaluation using a surrogate indicator species. Environmental Biology of Fishes, 106: 1923-1931【IF: 1.4, 2023年9月13日雑誌サイト】
1-75. Kariyayama H, Gogoleva N, Harada K, Yokoyama H, Ono H, Suzuki DG, Yamazaki Y, Hiroshi Wada. H. 2023. Development of the vertebra and fin skeleton in the lamprey and its implications for the homology of vertebrate vertebrae. Developmental Dynamics, 2023: 1-13【IF: 2.5, 2023年8月22日雑誌サイト】
1-74. Iitsuka Y, Nishio M, Kawakami R, Yamazaki Y. 2024. Spatio-temporal genetic composition of rosy bitterling Rhodeus ocellatus subspecies in the Himi region, central Japan. Ichtyological Research, 71: 193-199 【IF: 1.2, 2023年7月5日雑誌サイト】
1-73. Sazawa, K., Komiyama, T., Tsuchida, T., Nakashima, F., Ohta, T., Nishio, M., Yamazaki, Y., Kuramitz, H. 2023. Effects of paddy irrigation-drainage system on water quality and productivity of small rivers in the Himi region of Toyama, Central Japan. Journal of Environmental Management, 342: 118305【IF: 8.91, 2023年5月29日雑誌サイト】
1-72. Yamazaki, Y., Shimizu, D., Watanabe, T. 2023. Landscape genetic analysis for the Japanese wild boar in the early expandin stage in the Hokuriku region of Japan. Zoological Science, 40: 189-196 【IF: 0.955, 2023年2月10日雑誌サイト】
1-71. Yamazaki, Y., Ikeya, K. 2023. Genetic dynamics of a 11-year ex situ managed Itasenpara bitterling population. Conservation Genetics, 24: 73-83 (https://doi.org/10.1007/s10592-022-01484-0) 【IF:3.092, 2021年】
【ここより後（上）が30by30対象論文】
1-70. 山崎裕治・西尾正輝・川上僚介. 2023. 富山県産ミナミアカヒレタビラの遺伝的特徴の解明. 魚類学雑誌, 70(1): 103-109. (DOI:10.1007/s10592-022-01484-0)
1-69. 伊藤 隼・佐藤 真・山崎裕治. 2022. 痕跡調査とカメラトラップ調査に基づく富山県における外来生物アライグマ（Procyon lotor）の生息状況. 哺乳類科学, 62 (2): 247-255 (DOI: 10.11238/mammalianscience.62.247)
1-68. Iwaoka, Y., Watanabe, T., Satoh, S.S., Nambu, H., Yamazaki, Y. 2021. Hybridization of two species of Japanese toads, Bufo torrenticola and Bufo japonicus formosus, in the central part of Japan. Zoological Science, 38(6): 506-512. (https://doi.org/10.2108/zs210023)
1-67. 清水大輔・山崎裕治. 2021. 立山連峰弥陀ヶ原におけるミヤマモンキチョウの生息地の選好性. 保全生態学研究,26(2): 277-288. ( https://doi.org/10.18960/hozen.2029 )
1-66. Yamazaki, Y., Kitamura, J., Ikeya, K., Mori, S. 2021. Fine-scale genetic structure of the endangered bitterling in the middle river basin of the Kiso River, Japan. Genetica, 149: 179-190. (DOI: 10.1007/s10709-021-00123-9)
1-65. 柏木健司・山崎裕治・高田隼人. 2021. 富山県東部の黒部峡谷鉄道沿いの冬季歩道内に確認されたニホンカモシカの糞. 哺乳類科学, 61: 249-260.
1-64. Satoh, S. S., Ikeda, S., Yamazaki, Y. 2020. Multiple introduction events and artificial long-distance dispersal of the exotic slug Ambigolimax valentianus in Japan. Molluscan Research, 40: 276-281.
1-63. Yamazaki, Y., Uehara, K., Ikeya, K., Nishio, M. 2020. Interpopulational and intrapopulational genetic diversity of the endangered Itasenpara bitterling (Acheilognathus longipinnis) with reference to its demographic history. Conservation Genetics, 21: 55-64.
1-62. Nishio, M., Edo, K., Kawakami, R., Kawamoto, T., Yamazaki, Y. 2020. Morphological changes and habitat shifts with growth of endangered floodplain fish: possible adaptations to fluctuating environments. Ecology of Freshwater Fish, 29: 197-209.
1-61. 山崎裕治・西尾正輝. 2019. 簡易的な環境DNA分析方法を用いた絶滅危惧種イタセンパラの検出. 魚類学雑誌, 66: 171-179.
1-60. Tamura, M., Ikeda, S., Nishio, M., Kawakami, R., Yamazaki, Y. 2019. Age-dependent changes in the growth and reproductive patterns of the southern red tabira bitterling, Acheilognathus tabira jordani. Ichthyological Research, 66: 385-392.
1-59. Eva, S., Yamazaki, Y. 2019. Population structure, admixture, and migration patterns of Japanese sika deer (Cervus nippon) inhabiting Toyama Prefecture in Japan. Zoological Science, 36: 128-135.
1-58. Eva, S., Yamazaki, Y. 2018. Hybridization between native and introduced individuals of sika deer in central part of Toyama Prefecture. Mammal Study, 43: 269-274.
1-57. Yamazaki, Y. 2018. Genetic population structure of sika deer, Cervus nippon, derived from multiple origins, around Toyama Prefecture of Japan. Zoological Science, 35(3): 215-221
1-56. Nishio, M., Edo, K., Yamazaki, Y. 2017. Paddy management for potential conservation of endangered Itasenpara bitterling via zooplankton abundance. Agriculture, Ecosystems & Environment, 247: 166-171.
1-55. 豊岡由希子・松田勉・山崎裕治. 2017. 立山のライチョウにおける糞を用いた遺伝的多様性の評価. 保全生態学研究, 22: 219-228.
1-54. 西尾正輝・川本朋慶・川上僚介・秦康之・江戸謙顕・山崎裕治. 2017. 富山県氷見市万尾川に生息する絶滅危惧種イタセンパラAcheilognathus longipinnisの繁殖期における微生息場所利用. 魚類学雑誌, 64: 25-30.
1-53. Nishio, M., Tanaka, H., Tanaka, D., Kawakami, R., Edo, K., Yamazaki, Y. 2016. Managing water levels in rice paddies to conserve the Itasenpara host mussel Unio douglasiae nipponensis. Journal of Shelfish Research, 35: 857-863.
1-52. Yamazaki, Y., Ikeya, K., Goto, T., Chimura, Y. 2017. Population viability analysis predicts decreasing genetic diversity in ex-situ populations of the Itasenpara bitterling Acheilognathus longipinnis from the Kiso River, Japan. Ichthyological Research, 64: 54-63.
1-51. Suzuki, DG, Fukumoto, Y., Yoshimura, M., Yamazaki, Y., Kosaka, J., Kuratani, S., Wada, H. 2016. Comparative morphology and development of extra-ocular muscles in the lamprey and gnathostomes reveal the ancestral state and developmental patterns of the vertebrate head. Zoological Letters, 2: 10.
1-50．馬場幸大・西尾正輝・山崎裕治. 2016. 小規模水槽におけるイタセンパラの成長および生残に影響を及ぼす環境要因. 保全生態学研究, 21: 61-66.
1-49. 山崎裕治・安達文成・萩原麻美・山田貴大. 2015. 富山県および周辺地域に生息するニホンイノシシにおけるミトコンドリアDNAハプロタイプ組成の経年変化. 保全生態学研究, 20: 203-211.
1-48. Yamazaki, Y., Adachi, F., Sawamura, A. 2016. Multiple origins and admixture of recently expanding Japanese wild boar (Sus scrofa leucomystax) populations in Toyama Prefecture of Japan. Zoological Science、33: 38-43.
1-47. Nishio, M., Kawamoto, T., Kawakami, R., Edo, K., Yamazaki, Y. 2015. Life history and reproductive ecology of the endangered Itasenpara bitterling Acheilognathus longipinnis (Cyprinidae) in the Himi region, central Japan. Journal of Fish Biology, 87: 616-633.
1-46. Suzuki, D. G., Murakami, Y., Yamazaki, Y., Wada, H. 2015. Expression patterns of Eph genes in the "dual visual development" of the lamprey and their significance in the evolution of vision in vertebrates. Evolution & Development, 17: 139-147.
1-45. 山崎裕治・高木竜太郎・馬場幸大・西尾正輝. 2014. 富山県氷見市を流れる小規模河川における淡水魚類の生息場所決定要因. 日本生物地理学会会報, 69: 1-10.
1-44. Yamazaki, Y., Nakamura, T., Sasaki, M., Nakano, S., Nishio, M. 2014. Decreasing genetic diversity in wild and captive populations of endangered Itasenpara bittering (Acheilognathus longipinnis) in the Himi region, central Japan, and recommendations for conservation. Conservation Genetics, 15: 921-932.
1-43. Yamazaki, Y., Nagai, T. 2013. Directional selection against different life histories in the Arctic lamprey (Lethenteron camtschaticum): identification by microsatellite analysis. Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences, 70: 825-829.
1-42. Yamazaki, Y., Yokoyama, R., Nagai, T., Goto, A. 2014. Population structure and gene flow among anadromous arctic lamprey (Lethenteron camtschaticum) populations deduced from polymorphic microsatellite loci. Environmental Biology of Fishes, 97: 43-52.
1-41. Soliman, T., Yamazaki, Y., Niiyama, H., Tsunoda, K. 2013. Spontaneous captive breeding and larval development in the green and red variatns of the Japanese sea cucumber Apostichopus japonicus (Selenka 1867). Aquaculture Research, 44(5): 738-746.
1-40. 西尾正輝・タハ ソリマン・山崎裕治. 2012. 富山県氷見市万尾川に生息するイタセンパラの出現パタンと産卵場所. 魚類学雑誌, 59(2): 147-153
1-39. Taha Soliman, Manami Kanno, Akihiro Kijima, Yuji Yamazaki. 2012. Population Genetic Structure and Gene Flow in the Japanese Sea Cucumber Apostichopus japonicus Across Toyama Bay, Japan. Fisheries Science, 78(4): 775-783
1-38. Taha Soliman, Francisco A. Solís-Marín, Yuji Yamazaki. 2012. Redescription of the ossicles of the deep-sea cucumber Bathyplotes tizardi (Théel, 1882) from the East China Sea, Nagasaki, Japan. Biogeography, 14: 25-29
1-37. Hirohiko Takeshima, Akimasa Hatanaka, Syo-ichi Yamada, Yuji Yamazaki, Ikuo Kimura, Mutsumi Nishida. 2011. Low genetic differentiation between two geographically separated populations of demersal gadiform fishes in the Southern Hemishere. Genes & Genetic Systems, 86(5): 339-349.
1-36. Yamazaki, Y., R. Yokoyama, T. Nagai, A. Goto. 2011. Formation of a fluvial-nonparasitic population as the first step in petromyzontid speciation. Journal of Fish Biology, 79: 2043-2059.
1-35. Sakai, H., Yamazaki, Y., Bazarkin, M.V., Sideleva, V.G., Chmilevsky, D.A., Iguchi, K., Goto, A. 2011. Morphological and mtDNA sequence studies searching for the roots of silver crusian carp Carassius gibelio (Cyprinidae) from ponds of Sergievka park, Saint Petersburg, Russia. Proceedings of the Zoological Institute RAS, 315(3): 352-364.
1-34. Yamazaki, Y., Yamano A., Oura, K. 2011. Recent microscale disturbance of gene flow in threatened fluvial lamprey, Lethenteron sp. N, living in a paddy water system. Conservation genetics, 12: 1373-1377.
1-33．Okada, K., Yamazaki, Y., Yokobori, S., Wada, H. 2010. Repetitive sequences in the lamprey mitochondrial DNA control region and speciation of Lethenteron. Gene, 465: 45–52.
1-32. 山崎裕治・中村友美・西尾正輝・上原一彦. 2010. 富山県および大阪府に生息するイタセンパラ集団の遺伝的構造. 魚類学雑誌, 57: 143-148.
1-31. Matsumoto, S., Kon, T., Yamaguchi, M., Takeshima, H., Yamazaki, Y., Mukai, T., Kuriiwa, K., Kohda, M., Nishida, M. 2010. Cryptic diversification of the swamp eel Monopterus albus in East and Southeast Asia, with special reference to the Ryukyuan populations. Ichthyological Research, 57: 71–77.
1-30. Sakai, H., Iguchi, K., Yamazaki, Y., Sideleva, V.G., Goto, A. 2009. Morphological and mtDNA sequence studies on three crucian carps (Carassius: Cyprinidae) including a new stock from the Ob River basin, Kazakhstan. Journal of Fish Biology, 74: 1756-1773.
1-29. Yokoyama, R., Yamano, A., Takeshima, H., Nishida, M., Yamazaki, Y. 2009. Disturbance of the indigenous gene pool of the threatened brook lamprey Lethenteron sp. S by intraspecific introgression and habitat fragmentation. Conservation Genetics, 10: 29-43.
1-28. Yamazaki, Y., Kouketsu, S., Fukuda, T., Araki, Y., Nambu, H. 2009. Natural hybridization and directional introgression of two species of Japanese toads Bufo japonicus formosus and B. torrenticola (Anura: Bufonidae) resulting from changes in their spawning habitat. Journal of Herpetology, 42: 427-436.
1-27. 山崎裕治・谷祐介・原木. 2008. 日本列島沿岸域に生息するニホンクモヒトデの遺伝的集団構造. 日本生物地理学会会報. 63: 189-198.
1-26. Lin, B., Zhang, Z., Wang, Y., Currens, K.P., Spidle, A., Yamazaki, Y., Close D. A. 2008. AFLP assessment of genetic diversity of Pacific lamprey. North American Journal of Fisheries Management, 28: 1182-1193.
1-25. Haramoto S, E. Komtasu, Y. Yamazaki. 2007. Patterns of asexual reproduction in the fissiparous seastar Coscinasterias acutispina (Asteriodea: Echinofermata) in Japan. Zoological Science, 24: 1075-1081.
1-24. Yamazaki, Y. 2007. Microhabitat use by the larvae of two cryptic lamprey species in Lethenteron reissneri in a sympatric area. Ichthyological Research, 54: 24-31.
1-23. Yamazaki, Y., R. Yokoyama, M. Nishida, A. Goto. 2006. Taxonomy and molecular phylogeny of Lethenteron lampreys in eastern Eurasia. Journal of Fish Biology, 68 (Supplement B), 251-269.
1-22. Yamazaki, Y., S. Haramoto, T. Fukasawa. 2006. Habitat uses of freshwater fishes on the scale of reach system provided in small streams. Environmental Biology of Fishes, 75: 335-342.
1-21. Haramoto, S., E. Komatsu, Y. Yamazaki. 2006. Population genetic structures of the fissiparous seastar Coscinasterias acutispina in the Sea of Japan. Marine Biology, 149: 813-820.
1-20. Ueno, Y., H. Oba, Y. Yamazaki, F. Tokunaga, K. Narita, T. Hariyama. 2005. Seasonal Variation of Chromophore Composition in the Eye of the Japanese Dace, Tribolodon hakonensis. Journal of Comparative Physiology-A, 191: 1137-1142.
1-19. Takeshima, H., R. Yokoyama, M. Nishida, Y. Yamazaki. 2005. Isolation and characterization of microsatellite loci in the threatened brook lamprey Lethenteron sp. N. Molecular Ecology Notes, 5: 812-814.
1-18. Yamazaki, Y., N. Fukutomi, N. Oda, K. Shibukawa, Y. Niimura and A. Iwata. 2005. Occurrence of larval Pacific lamprey Entosphenus tridentatus from Japan, detected by random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. Ichthyological Research, 52: 297-301.
1-17. Yamazaki, Y., N. Shimada and Y. Tago. 2005. Detection of hybrids between masu salmon (Oncorhynchus masou masou) and amago salmon (O. m. ishikawae) occurred in the Jinzu River using a random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique. Fisheries Science, 71: 320-326.
1-16. Yamazaki, Y., N. Fukutomi, K. Takeda and A. Iwata. 2003. Embryonic development of the Pacific lamprey, Entosphenus tridentatus. Zoological Science, 20: 1095-1098.
1-15. Yamazaki, Y., A. Goto and M. Nishida. 2003. Mitochondrial DNA sequence divergence between two cryptic species of Lethenteron, with reference to an improved identification technique. Journal of Fish Biology, 62: 591-609.
1-14. Yamazaki, Y. 2002. Molecular phylogeny of Lethenteron species from the Far East, with their taxonomic problems. Fisheries Science, 68 (Supplement I): 67-70.
1-13. Yamazaki, Y., T. Nagai, A. Iwata and A. Goto. 2001. Histological comparisons of intestines in parasitic and nonparasitic lampreys, with reference to the speciation hypothesis. Zoological Science, 18: 1129-1135.
1-12. Goto, A., R. Yokoyama, Y. Yamazaki and H. Sakai. 2001. Geographical distribution pattern of the fluvial sculpin, Cottus nozawae (Pisces: Cottidae), supporting its position as endemic to the Japanese Archipelago. Biogeography, 3: 69-76.
1-11. Yamazaki, Y., S. Konnno and A. Goto. 2001. Interspecific differences in egg size and fecundity among Japanese lampreys. Fisheries Science, 67: 375-377.
1-10. Sakai, H., K. Ikoma, S. V. Frolov, Y. Yamazaki, H. Takahashi and H. Ida. 2000. Morphological features of a Russian freshwater goby, Rhinogobius lindbergi (Pisces: Gobiidae), and its genetic relationships to Japanese species. Biogeography, 2: 51-61.
1-9. Yamazaki, Y. and A. Goto. 2000. Breeding season and nesting assemblages in two forms of Lethenteron reissneri, with reference to reproductive isolating mechanisms. Ichthyological Research, 47: 271-276.
1-8. 山崎裕治・後藤晃. 2000. ヤツメウナギ類における系統分類と種分化研究の現状と課題. 魚類学雑誌，47: 1-28.
1-7. Frolov, S., H. Sakai, H. Ida, Y. Yamazaki and H. Takahashi. 1999. Karyotype of siberian taimen Hucho taimen from Amur River basin. Chromosome Science, 3: 33-35.
1-6. Yamazaki, Y., A. Goto, H. K. Byeon and S. R. Jeon. 1999. Geographical distribution patterns of the two genetically divergent groups of Lethenteron reissneri (Petromyzonidae). Biogeography, 1: 49-56.
1-5. Yamazaki, Y., H. Sugiyama and A. Goto. 1998. Mature dwarf females and males of the arctic lamprey, Lethenteron japonicum. Ichthyological Research, 45: 404-408.
1-4. Yamazaki, Y. and A. Goto. 1998. Genetic structure and differentiation of four Lethenteron taxa from the Far East, deduced from allozyme analysis. Environmental Biology of Fishes, 52: 149-161.
1-3. 山崎裕治・岩田明久. 1997. シベリアヤツメの本州における初記録. 魚類学雑誌, 44: 51-55.
1-2. Yamazaki, Y. and A. Goto. 1997. Morphometric and meristic characterisitcs of two groups of Lethenteron reissneri. Ichthyological Research, 44: 15-25.
1-1. Yamazaki, Y. and A. Goto. 1996. Genetic differentiation of Lethenteron reissneri popultions, with referenece to the existence of discrete taxonomic entities. Ichthyological Research, 43: 283-299.
2．原著論文（査読なし）・雑文
2-23. 岩岡優真・山崎裕治. 2023. ナガレヒキガエルBufo torrenticolaの生息状況と出現に影響を及ぼす環境要因の予測. 日本奥山学会誌, 10 : 8-23.
2-22. 山崎裕治・伊藤隼. 2022. 富山県における特定外来生物アライグマの出現予測. 富山の生物, 61: 95-100.
2-21. 池谷幸樹・山崎裕治・大原健一・久保禎子. 2021. 木曽川イタセンパラ生息域外保全の実践とこれから. 野生復帰, 9:23-38.
2-20. 山崎裕治. 2020. 都市公園におけるナメクジ類の出現パタン. 富山の生物, 59:55-61.
2-19. 飯塚優実・岸本玲子・近藤聡実・岩岡優真・渡辺拓実・山崎裕治. 2020. 呉羽丘陵の登坂道における出現動物と環境要因. 富山の生物,59:61-67.
2-18. 山﨑裕治・川上僚介・西尾正輝. 2017. ひみラボ（富山大学理学部・氷見市連携研究室）. 魚類学雑誌, 64: 87-92.（会員通信）
2-18. 不破光大・稲村修・斎藤真理・山崎裕治・池田沙穂・田村萌. 2016. 下条川の魚類. 富山の生物, 55: 31-40.
2-17. 山崎裕治・南部久男. 2015. ミトコンドリアDNA分析に基づくクロサンショウウオの系統地理解析. 両生類誌, 28: 12-18.
2-16. 山崎裕治・小杉潤・亀谷三志・沢村慧・五十嵐麻湖・泉澤美希・松田絵美・豊岡由希子・山田貴大. 2014. 富山市ファミリーパークの六泉池における淡水魚類の生息状況. 富山の生物, 53: 101-107.
2-15. 坂井恵一・山崎裕治. 2011. ミトコンドリアDNA分析に基づく能登半島におけるスナヤツメ北方種と南方種の分布. のと海洋ふれあいセンター研究報告. 17: 1-6.
2-14. 片野修・佐久間徹・岩埼順・喜多明・尾崎真澄・坂本浩・山﨑裕治・阿部夏丸・新見克也・上垣雅史.2010. 日本におけるチャネルキャットフィッシュの現状. 保全生態学研究，15：147-152.（保全情報）
2-13. 福田保・美馬純一・山崎裕治・伊藤千陽・波佐谷紘子・安達文成・堺康浩・南部久男. 2010. 栃津川の淡水魚. 富山の生物，49:29-32.
2-12. 金井聡志・山崎裕治. 2010.富山県西部の小河川におけるスナヤツメ南方種の摂餌生態. 富山の生物，49:41-46.
2-11. 山崎裕治・中村友美・西尾正輝. 2009. ブラックバスに捕食されたイタセンパラ．魚類学雑誌, 56: 76–77.（会員通信）
2-10. 山崎裕治・山野歩美・伊藤千陽・中村友美. 2009. 富山県氷見地方を流れる余川川の淡水魚類相および河川改修の影響. 富山の生物, 48: 37-43.
2-9. 山崎裕治. 2007. ヤツメウナギ類の生態学的研究における有効な調査方法. 富山の生物, 46: 9-14.
2-8. 山崎裕治・野村正竜. 2007. 富山県西部の小河川におけるスナヤツメ南方種の生息場所決定要因. 富山の生物, 46: 1-8.
2-7. 酒井治己・倉田麻衣子・高橋洋・山崎裕治・後藤晃. 2006. 北部極東域におけるコイ科ヤチウグイRhynchocypris perenurus sachalinensisとダルマハヤR. p. mantchuricusの遺伝的多様性と分化. 水産大学校研究報告, 54: 143-152.
2-6. 山崎裕治. 2005. ヤツメウナギの系統と種分化. 月刊海洋・号外, 41: 184-190.
2-5. 山崎裕治・稲葉修. 2004. 只見川上流のカワヤツメ．魚類学雑誌, 51: 187-188．（会員通信）
2-4. 山崎裕治・原木・深澤剛・宇津早苗・嶋田名利子・松本潤慶・吉田清香. 2003. 富山県神通川における魚類群集の季節変化. 富山の生物, 42: 47-55.
2-3. 山崎裕治・中山貴幸・深澤剛・福田敦・普照美鈴・村重誠吾. 2002. 富山県西部の小河川に生息するカワヨシノボリの個体群特性. 富山の生物, 41: 1-8.
2-2. 山崎裕治. 2001. スナヤツメに秘められた謎. 富山の生物, 40: 15-20.
2-1. 桑原禎知・山崎裕治. 1996. 網走地方の平野部の淡水魚について. 美幌博物館研究報告, 4: 19-28.
3．著書・翻訳
3-6. Yamazaki, Y., Goto, A. 2016. Molecular phylogeny and speciation of east Asian lampreys (genus Lethenteron) with reference to their life-history diversification. in Jawless Fishes of the World, Volume 1. (Orlov, A., Beamish, R. eds.) Chapter two, 17-57 pp. Cambridge Scholars Publishing.
3-5. 山崎裕治（分担執筆）. 2010. ヤツメウナギ目. 612-615pp. 野生動物保護の辞典. 野生生物保護学会（編）. 朝倉書店.
3-4. 横畑泰志・山崎裕治・小松美英子（分担執筆）.第5章：北東アジアの動物地理． 81-101pp., 第13章．生物多様性と外来生物．242-264pp．自然と経済から見つめる北東アジアの環境．311pp．和田直也・今村弘子（編著）．富山大学出版会（2009）
3-3. Frankham, R., Ballou, J.D., Briscoe, D.A.著（西田睦監訳，高橋洋・山崎裕治・渡辺勝敏訳）．保全遺伝学入門(Introduction to Conservation Genetics)．2007. 751pp．文一総合出版．
3-2. 山崎裕治（分担執筆）. 2005. スナヤツメ－湧水にひそむ生きた化石－. 希少淡水魚の現在と未来－積極的保全のシナリオ－. 片野修・森誠一. 信山社. 35-48.
3-1. 山崎裕治（分担執筆）. 2003. スナヤツメ・シベリアヤツメ・ミツバヤツメ. 改訂・日本の絶滅のおそれのある野生生物−レッドデータブック−4. 汽水・淡水魚類. 自然環境研究センター. 146-147, 182, 188.
4．受賞
4-2． 山崎裕治. 2016. エスペック環境研究奨励賞（公益信託エスペック地球環境研究・技術基金）：環境DNA技術を用いた希少種保護のための生物相評価手法の開発．
4-1． 山崎裕治. 2007. 日本魚類学会奨励賞（日本魚類学会）：ヤツメウナギ類における系統進化と種分化プロセス．
5．学会発表（主に2022年以降のものを抜粋）
5‐10．山崎裕治. 2024. 景観遺伝学的手法に基づくスナヤツメ南方種の河川内分散パタンの推定. 日本動物学会第95回長崎大会（長崎：2024年9月14日ほか）
5-9．清水大輔・山崎裕治. 2024. 高山蝶ミヤマモンキチョウの景観学的視点による分布域形成と寄主植物の影響. 日本昆虫学会第84回大会・第68回日本応用動物昆虫学会大会合同大会（仙台：2024年3月28日‐31日）
5-8. 清水大輔・山崎裕治. 2023. 立山連峰のモンキチョウ類は、どこからきたのか？.日本生態学会第70回大会（オンライン・仙台、3月17日）【最優秀ポスター賞受賞】
5-7. 山崎裕治. 2023. 立山連峰のニホンライチョウにおける血縁関係. 日本生態学会第70回大会（オンライン・仙台、3月18日）
5-6．渡辺拓実・山崎裕治. 2022. 日本固有亜種ホンドギツネの系統進化プロセスおよび分布域動態. 2022年日本生態学会中部地区会（富山大学：12月3日）【優秀発表賞受賞】
5-5．清水大輔・山崎裕治. 2022. 立山連峰弥陀ヶ原へのモンキチョウの移入と定着. 2022年日本生態学会中部地区会（富山大学：12月3日）
5-4．清水大輔・山崎裕治. 2022. 立山連峰弥陀ヶ原におけるチョウ類の群集構造 . 第69回日本生態学会大会（福岡・オンライン：3月15日ほか）
5-3．山崎裕治・清水大輔・渡辺拓実. 2022. 景観遺伝学的解析に基づくニホンイノシシの分散パタン . 第69回日本生態学会大会（福岡・オンライン：3月15日ほか）
5-2．飯塚優実・山崎裕治. 2022. 富山県氷見地方におけるバラタナゴ類の交雑状況 . 第69回日本生態学会大会（福岡・オンライン：3月14日ほか）
5-1．渡辺拓実・山崎裕治. 2022. 日本列島におけるアカギツネ（Vulpes vulpes）の分布形成機構および集団動態史 . 第69回日本生態学会大会（福岡・オンライン：3月14日ほか）