2016年12月28日(水) 年末その2
今日こそ仕事納めの日.
まず取り組んだのが,中学校向け講義...で,何とか形になった.当初イメージしていたものとは随分変わったが,一般ウケは良くなった気がする.大学講義で使うには「物足りなさ」が残るが,一般向けにも使えそうなスライドがいくつもできた.そして,全体の統一感も.結果的には,「魚」はほとんど含まれていないが,それはそれでいいだろう.ちなみに,昨日も書いたが,主役は「恐竜」だ.そしてどうにか形になったので,Nさんに送付.年明け,現場でいろいろと活用していきたい.
続いて,,,と思ったら,年内の仕事は概ね完了していた(ことにした)ので,残り時間はひたすらタナゴ論文と向き合った.
論文自体は以前探していたので,今の研究に直結するところとして,タイバラ関連の論文を読んでいった.そして,今さらながら,「たくさんやられているな~」ということを再実感.ただ,最近の研究は少ない.おそらくみんな,「タイバラは既に調べられているから」という理由で,敬遠しているのだろう.あるいは単純に,「どこにでもいる外来種」ということで,魅力を感じないのかも.正直私も,イタセンや在来タナゴの研究をする機会がなければ,見向きもしなかったかも.特に,タイバラの中に研究テーマを見いだせなかったかも.
しかし,今さら書くまでもないが,いざ初めてみると,研究テーマは沢山眠っている.もちろん,「氷見では調べられていないから」とか,「外来種の影響を知るために」とか,「外来種だから在来種の身代わりに解剖ができる」とかいう謳い文句はあるのだが,それ以外にも結構ある.もっとも,ここから先を書いてしまうと,ネタバレになるし,テーマを先に盗られてしまっては困るので,今は内緒.それと同時に,最近の悩み?は,どのような形で発展,継続させていくか,だ.でもそれはそれとして,年末年始はタイバラ含め,タナゴ計画を練っていきたい.
ということで,自宅に持ち帰る論文をまとめて,本日の,今年の(大学での)お仕事は終了.でも,年末年始に,どれくらい論文読みができるだろうか.
2016年12月27日(火) 年末
今年,あと何回書き込みをするかわからないが,とりあえず「年末」というタイトルにしてみた.
さて,今週もしっかりお仕事中.例年だと,惰性で終わってしまうこの時期なので,できる限り形に残ることをやるように心がけている.
DNA実験の方は,昨日の段階で環境DNAが一息つき.これで年内は終了.年明けからは,「シカ」をやっていこう.
中学校向けの講義作りも,自宅残業も含めて,着実に進めている.当初は,日頃使っているスライドを組み替えるだけで,ほぼできると思っていたが,いざ作ってみると,やはり新しいスライドがほしくなる.最近は「恐竜」と格闘中.中学生向けに進化の話をする際に,やはり恐竜が馴染み?があるだろう.
これらと同時に事務仕事もしっかりとこなしている.今年担当している講義について,これまでの採点をまとめてみた.マークシートで試験を実施したものだが,,,これが実に大変.マークくらいしっかり書け!と言いたくなるが,1枚1枚,シートを再チェックする必要がある場合も...
そんなこんなで,どうにか今のところは無駄なく過ごせている.あと1日.明日も有効活用しよう.
2016年12月22日(木) 今年も終わり,,,?
年内締切の仕事も,そこそこ順調に進み,締切に追われる仕事がとりあえず片付いた.そのため自分の研究の時間を持てている.そのためか,なんだか今日で仕事納めの気分になってきた...でもまだクリスマスすら来ていない.もちろん来週もまだある.有効活用していきたい.
さてそんな「活用」として,今日はタナゴ類研究と向き合った.まずは大から小まで,研究計画を見直し,そして一部練り直した.これまで雑多に書き連ねていた研究計画を1つのファイルにまとめ,全体の整合性をとった.今,それらを行う一番の目的は,来るべき論文書きに備えること.ということで,文献探しも再開.それにしても,タナゴ論文は結構ある.ともすると,今我々がやっている研究と同じような研究は既にやられていたりする.そのため,論文にしていくには「らしさ」を出す必要がある.そしてそのためには,これまでの研究をしっかり理解し,我々の売りを見つけ出していくことが重要だ.そのような作業は,タナゴ研究を始めることにやるべきではあるのだが,いかんせん時間がなかった.ということで,ようやく今,田安吾研究としっかり向き合うことができるようになった,と言ってもいいだろう.何はともあれ,今日は,積みあがった論文の要点をまとめていった.もちろん,今日1日で終わるようなものではない.以前書いた通り,年末年始の仕事として,やっていこう.
これと同時に,環境DNA実験が,いよいよ大詰めを迎えている.と書くと聞こえがいいが,今年度の報告書用データとしての実験限定だ.まだまだ「弱さ」も残るが,これら今後の課題が顕在化したことも含めて,「成果」は出たであろう.予定ではあと数回PCRをすればいい.週明けにやってしまおう.
2016年12月19日(月) 年内最後?
今日は氷見の定期調査.予定では年内最後だ.幸いだったのは,暖かかったこと.ずいぶんと楽だった.そして,主要な調査地点では,まずまずの個体数が採れた.一方で残念だったのは,参加メンバーが少なく,その分,調査地&サンプルを減らさざるを得なかったこと.ま~,大きく見れば,自然を相手にしている以上,仕方が無いことだ.
そして,若者たちが計測をやっている間,私は一連の研究の論文化に向けてもろもろの調べ物,考え事をしていた.もちろん,今すぐ論文を書き始めるわけではないが,今後を考えると,データ採り以外にも,そろそろ具体的に動いておかなければならないことが多い.また,関連論文もたくさん出てきた.順次読み進めよう.
待ち時間には同時に,年末年始にかけてのお仕事もまとめてみた.年内はもろもろ「お仕事」もあるが,それ以外はとりあえず実験.環境DNAを仕上げるつもりでやっていきたい.あとはひみラボ紹介文の完成と投稿だ.そして中学校講義も.もろもろ,片付けるものは,片付けていこう.
2016年12月16日(金) 静寂
研究室が静かだ.
外は雪.部屋の中のすべての音を吸い取ってくれている,,,わけではない.310を止めた.これで実験室が静かになった.普段は聞こえない卓上遠心機の重低い回転音すら聞こえる.これを聞くと,なんとなく昔の研究室を思い出した.つまり,山崎研ができ,実験を始めたころは,まだ音を出すような機会が少なく,また配属生もいなかったので,自分の実験操作の音がよく聞こえた.なんとなく,懐かしい.
さて,実験の方だが,予定通り「やり直し」を行った.試したのは,新しいPCRキット.と言っても,以前1回使ってみて,筋肉から抽出したDNAだと増幅したが,「水」からは増幅しなかったものだ.今日,改めてマニュアルを熟読し,もっとも効率がよさそうな条件を決め,PCR.その結果,増えた!が,,,増えすぎた.ポジコンも含めて,目的以外のバンドが複数出てしまった.何とも極端な結果だ.ということで,今後は条件を「やや厳しく」していかないといけない.でもうまくいくことがわかったので,実験を重ねるにしても,ピペッターが軽く感じられる.
さてさて,明日はクリスマス会.大人もそうだが,子供も喜ぶメニューを増やそう.
2016年12月15日(木) やり直し.
環境DNAの実験が一巡した.いくつかの対象生物について,数サンプルずつPCRをやっていったのだ.
が,結果は燦燦たるもの.増えない...
思えば,イタセンパラでは実験条件を詰めていったが,他の生物では詰めが甘かった.さすがにこれでは,報告書が書けない.ということで,やり直しだ.明日(以降),改めて実験条件を詰めていこう.とりあえず,年内の実験は環境DNAに集中することにしている.来週はいろいろ予定があるが,それでも時間はある方だ.有効に使いたい.それでも,時間はキツキツだろう.でもそれくらいの方が,時間を無駄にせずにいいかもしれない.特に冬休みとかは,中途半端な時間の使い方になる場合が多いので,多少追われるくらいがちょうどいいだろう.
そういえば,先日送られてきた某学会誌を見てみたら,環境DNAの特集が載っていた.これまでの研究がレビューされており,役立つ.が,それ以上ではなかった.具体的な話は少なかったし,あっても知っている,あるいは当たり前のような内容が大半だった.そして全体的には,方法に走っている感が否めず,面白さはそこまで多くはなかった.今は物珍しさが先行しているが,結局は「手法」でしかない.それをどう活用していくかだ.
それ以外でやったことと言えば,ひみラボ紹介文直し,中学校向け講義づくり(少し),これからの計画練り.それと,餌資源の調べ方のチェックも行った.こちらは任せておいて大丈夫だろう.調査地の特徴や誰がやるか,誰ができるか,を考えてみると,今ためしでやっているところくらいだろうか.
それからもう1つ大きな仕事.土曜日のメニューを考えた.そして帰りがけに,日持ちする食材を買い出し.新規メニューを追加しておいた.もう少し,増やしたい.
2016年12月13日(火) ようやく返事が
長かった.その理由を勘ぐってしまくらい,時間がかかった.で,ようやく返事が返ってきた.ライチョウ論文の審査結果である.その結果は,「受理」.もっとも,これまで数回にわたり修正や微修正を続けてきたので,さすがにそろそろ大丈夫だろう,と思ってから,返事に時間がかかっていた.ここ数日,この対象生物が大変なことになっているが,それとは関係なく(?),この手の生き物はやくざな世界の中にある.私自身は,研究の中でのそのような世界にかかわりを持たないようにしてきたが,今回の原稿が,その中に巻き込まれたか,と思わないでもなかった.が,とりあえずは,影響はなかったようだ.何はともあれ,久々の1報!
さて,その連絡を受け取ったのは今日の夕方.それまでは,ひみラボへ調査に出かけてきた.山崎研総崩れの中,ひみラボのKさんの協力もあり,目的の調査は達成.ただ,採れた魚は少なかったが,それは仕方がないことだ.で,同時に餌資源の調査をやってみた.ここでも,Kさんの強力なバックアップのおかげで,どうにか形になった.そして今後の調査のイメージも湧いてきた.採れたものの内容物チェックに関しては,明日以降,Iさんに頑張ってもらおう.
その他でいうと,ひみラボ紹介文は,完成に近づいてきた.明日,読み直しと図(写真)の準備をしよう.そして次なるは,中学校向け講義.こちらは,先ほどまでの自宅残業で,話の流れを改めて組み上げることができた.大学講義レベルの正確性は無理として,わかりやすく,興味を持ってもらえるような内容にしていきたい.明日(以降),スライドを作っていこう.
ところで,週末のクリスマス会が近づいてきたが,現状では,山崎研の現役若者たちの参加は難しいだろう.若者たちには,またの機会に来てもらうことにして,それ以外は予定通り開催だ.OBOGの飛び入りに期待したい.
2016年12月12日(月) ようやく完成
週末も着実に書き続け,ようやくひみラボ紹介文が形になってきた.そして今朝,文献リストを追加して,初稿完成.共著者のNさんへ...と思ったら,夕方には返事が返ってきた.ちょっとだけ時間をおいて読み直し,同時に図(主に写真)を準備し,大きな問題がなければ,今週中の投稿を目指そう.
今日のそれ以外の仕事はというと,,,動物学会のお手伝い.会場下見が中心だった.
ということで,ややゆったりとした週明け.明日は地点限定のひみラボ調査.魚の方は若者に任せて,私は「餌」をやっていこう.
ところで,遅くなったが,今週末に迫ったクリスマス会のメニューを「催し関連」に掲載.なんとなく,いつもと同じになってしまったので,もうひとひねりしたいところだ.できるだけ,クリスマスっぽいものを作ろう.
2016年12月9日(金) 総崩れ?
季節の変わり目,というより,寒さが深まる今日この頃,寒さだけの理由かはわからないが,体調不良には注意したいところ.で,そんなこんなで,山崎研も総崩れ状態.今日はゼミの予定だが,午前中の段階で(他の理由もあったが)発表者の1名を含めて3名から欠席の連絡があった.これではゼミが成立しない,ということで,「延期」...と考えていたのだが,それだとせっかく準備をしてきた若者にとっては,ゼミ準備に拘束される時間が長引き,不利益になる.ということで,少人数ながらゼミを実施した.
今回のゼミは,研究の中間まとめなので,発表者自身のためのものだ.が同時に,そこでの質疑応答や指導は,他の参加者にとっても関係が深いことが多い.そのため,当然ながらゼミには参加した方がメリットは大きい.逆に言えば,参加しないことのデメリットは,当人の責任ということになる.
それはさておき,今日のゼミを通して,一つの次なる調査が具体化した.ということで,ゼミ後は改めて調査方法をいろいろと調べてみた.ただ結局のところ,やってみないとわからない.来週の調査では,とりあえずいろいろ試してみよう.
時間としては前後するが,ゼミ以外では今日もDNA実験.自分の実験とSさんの実験.どちらも順調に進んでいる,ということにしたい.自分の実験では,イタセンパラMSがとりあえず一区切り.あとは年内,環境DNAを深めよう.ただ,やることは沢山.今さらながら,二枚貝のDNA分析が進んできた.こちらもいろいろやっていきたい.
2016年12月8日(木) 追い込み
来週末が,310終了になる公算が高い.ということで,それまでにイタセンパラMSの新規プライマーをやってしまうことにした.そこで今日もひたすら実験.とりあえずの対象は,保護池の3集団だが,PCRまでは完了.310も概ね順調で,早ければ明日,完了する.残りの1週間で,できる限り,穴埋め実験をやっていこう.
それから今日は,新しい若者?にDNA実験を教えた.来年度から博士課程に入るSさんだ.抽出からPCR,そしてゲル泳動.結果はまずまず.明日,続きをやっていこう.
ところで,昨日今日と,時間があるときに,タナゴ類の研究について「大きいところ」を考えてみた.根底にあるのは,「形質変化が個体群動態に与える影響」なのだが,その過程として,形質変化がどのような意味を持っているのか,をつらつらと考えた.もちろん,漠然とした話ではなく,氷見等で行っている研究に絡めてみた.ただ,具体的に考えるには,やはりしっかりした結果が必要だ.この辺は現若者に頑張ってもらおう.もちろん,今考えているネタが,すぐに論文になるわけではないが,大きなことを考えながら研究を進めていくことは,重要なことだし,なんといっても「楽しい」.もちろん,単に好き勝手に考えるだけではなく,理論武装も必要なので,関連論文も読み進めよう.今後の予定としては,年末年始を使って,できれば一通りの論文に目を通してしまいたい.ということで,それまでにいくつかの「お仕事」をこなしてしまおう.とりあえずは2つ.ひみラボ紹介文書きと,中学生向け授業作り.これを年内の宿題にしよう.
それと昨日のことになるが,前日からの続きとして,助成金報告書用のタナゴ類PVAを行った.結果,「かなりいい結果」が出た.というか,いい解釈が可能な結果,と言うべきか.こちらも,論文化となると弱さが残るが,講義や講演会ネタとしては,なかなか.一言でいえば,「タイバラが悪い!」だ.
さて,明日はゼミ.そこまでに実験を終わらせよう.
2016年12月6日(火) 単純ミス
同時にやることが増えてきた.それが原因だろう,簡単,かつ大きなミスをしてしまった.
実験での出来事.昨日からの続きで,イタセンパラの新規MSプライマーを使ったPCRをしていた.マルチプレックス用のプライマーmixを作るために,プライマー原液を混合し,PCR.そして310へ.が,波形が出ない...PCRの失敗か,調合ミスが原因だろうと,改めてPCRをしようとして気が付いた.蛍光が入っていなかった.つまり,普通のプライマーではなく,310用に蛍光ラベルしたプライマーを使わなければならないのだが,それを忘れていた.これでは,310で検知できるはずがない.このような単純ミスはあまりしない方だが,やることが多すぎて,注意力が散漫になってしまったのが最たる原因だろう.
そのようなミスを引き起こした要因の1つが,その直前に行っていたデータ解析.これまた昨日からの続きで,イタセンや他のタナゴ類のMS解析をやっていた.そもそも,助成金絡みの仕事.時間があるときにやってしまおうと,MS解析だけではなく,そこから得られたデータを使って,PVAもやっていった.当初は,時間がかかるだろうから,少しだけでも進めば,と思っていたのだが,以前やったこともあり,予想以上にすんなり進んだ.そのため,それら解析に集中力が偏ってしまったのだろう.
で,その後の実験を失敗した.とはいえ,そこまで大きな失敗ではないし,研究が進んでいるからこその失敗だ,ということで,前向きに考えたい.
ところで,ひみラボ紹介文の方は,昨夜の自宅残業で,ようやく「草稿」が書けた.もちろん,共著者にみせるにはもっと文章を練る必要がある.今週中に「初稿」までもってけるように頑張ろう.
2016年12月5日(月) 解析
今日の実験は,イタセンパラMS.新規プライマーをマルチプレックスPCR.そして310RUN.途中経過を見る限り,まずまずか.5座中,4座の確認はできた.明朝,最後まで確認したあと,プライマーの分量を調整して,再度PCRをやろう.
これでMSも,環境DNAも,実験条件は概ね整った.これからはルーティンワークに入れそうだ.ということで,実験操作以外の時間を別のことに使える.そこで今日はデータ解析に取り掛かった.まずは,これまでに実験が終わったイタセンMSを対象に,データ入力から簡単な解析まで実施.結果は,まーまー納得できるもの.ただ,細かい設定ができていないので,明日も時間を作って続けよう.
実験以外では,研究計画練りも.以前見つけた本を読んでみた.生態と進化に関するものだ.現在のタナゴ類研究の「大きいところ」を考える上で有益だった.今後もこの辺をじっくり練っていこう.ただ,いつも思うが,今はいいとして,今後,今の研究を継続させていくことができるのだろうか.いい若者が来てくれるといいのだが.
2016年12月2日(金) 懸案事項が解決!
今日は,午後に会議があったが,それ以外は実験三昧,,,と言いたいところだが,実験は少しで,データ解読等が中心だった.
まずは,昨夜の310RUNの結果チェック.イタセンMSだ.が,ここ最近,悪戦苦闘していた.というか,サイズマーカーが検出されない,という事態が続いていた.マーカーが古いのが原因か.とにかく,ピークがやたらと低い.特に,ピークが低すぎると,解析ソフトが認識してくれず,せっかく目的にアリルが出ていても,解読してくれない(検量線を引いてくれない)ので,RUNが無駄になってしまう...で,昨日の結果もまさにそれ.20本が無駄に,,,
でも今日は,原因を探るべく,解析ソフトを相手にジタバタしてみた.泳動時のインジェクションタイムを長くしてのRUNもやってみた(でもそれ自体はあまり影響なし).で,そうこうするうちに,ピーク読み取り設定を変更できることに気が付いた.でで,それをいじって,再解析すると,,,成功!しっかり(強引に)読めた.これで,昨夜のデータも無駄にはならず,最近の懸案事項も無事に解決.ということで,ようやく,イタセンMS解析の第一陣が終了.昨年の「放流」個体のうち,各集団30個体ずつを読み終えた.今日はここまでだが,来週データまとめをしていこう.そして次のステップとしては,座数を増やすことと,未解読の個体を読むこと(全個体解読が当初からの目標!)を推し進めていきたい.
これで環境DNAに続き,イタセンMSも軌道に乗ってきた.あとは黙々とやるだけ.来週は,なんだかんだとやることが多いので,空き時間にPCRして,310RUNしていこう.310にとっては最後?の酷使.頑張ってもらいたい.
それ以外はというと,,,
ひみラボ紹介文書き,,,頑張ります...
若者の解析結果,,,なかなか面白い結果もでてきた.頑張るように...
2016年12月1日(木) 今日も実験
まさに,実験の一日.
まずはいつもの環境DNA.抽出から泳動まで,それぞれの段階を行い,データ蓄積.同時に,先日かった新しいPCRキットを試してみた.その結果,ポジコンとして筋肉から得たDNAをテンプレートにすると,ばっちり増幅.が,水からのテンプレートはイマイチ,というか失敗.これでは使い物にならない.細かい条件詰めをしていくのも手だが,もろもろ時間の制約があるので,とりあえず保留にして,これまでの方法で新規「水」の増幅確認.明日あたりで,イタセンパラのチェックは終わりそうだ.その後はタナゴ類各種を調べていこう.
次に取り組んだのが,イタセンパラMS.久々だ.まずは,以前310でRUNしていたデータからのアリル拾い.すると,読めていなかったサンプルが出てきた.そこで再度PCR.そして冷蔵庫で眠っていたサンプルを310RUN.ここで,RUN自体は問題なさそうなのだが,最近はレーザー出力の低下が原因なのか,サイズマーカーがうまく検出されない.その結果として,再実験になることもある.古いのが原因なのかも.惜しみなく,マーカー増量で対応するしかなさそうだ.そして,今の実験が終わったら,新規プライマーを分析していこう.そして,別のところから頼まれたサンプルも.ただ,例年よりも量が多いため,ある程度考えてやっていかないとだめだろう.
ということで,今週は実験三昧なのだが,実験自体は楽しい.ただ,ここまで楽しいこと(仕事だが)ばかりでいいのだろうか,と時々不安になる.もちろん,事務仕事などなども適宜対応しているので,善しとしよう.と同時に,ちょっとした時間に,専門書を読んでいると,結構面白いことが書いてある.特に,若者たちがやっている生態研究に直結し,かつそれらの発展に関連する内容とかがあり,こちらはこちらで,じっくりと時間をかけて勉強していきたいところだ.ただ,ここ数日は,自宅残業でひみラボ紹介文書きが多いため,タナゴ論文自体も読めていない.ま~,やりたいこと(楽しいこと)がたくさんあるのは悪いことではない.無理にあせらず,気長にやっていこう.
2016年11月30日(水) チップ詰め
今日は,推薦入試.ということで,そのお手伝いが中心の1日だった.
そして合間に,DNA実験の続き.ただ,最近,黙々と実験をやっていると,消耗品の減りも早い.特に,チップとチューブは自分でオートクレーブをしないといけない.そこで今日は,チップ詰め.黙々と.でも,これ自体は嫌いではない.無心になれる.と言いたいところだが,いろいろ考えることができる.もちろん,それも有効活用.
ところで,環境DNAの方はというと,,,相変わらず条件詰めが続いている.そしてわかったことは,,,「種特異的プライマー」は難しい,ということ.やはり,ミトコンで近縁種を見分けるのは大変だ.この辺も,昨日書いた「弱さ」の一端だろう.やはり,この手法は割り来て使った方がいいだろう.もっとも,割り切った先として,使い道のアイディアは,いくつも思い描いている.いずれも,「研究」というよりも「普及啓発」の側面が強い.それはそれで,有効活用していこう.
さて,明日から師走.例年だと,「師匠も走る,,,」的なことを書いている気がするのだが,今年は全体にまったり...もちろん,だらだらやっているわけではないが,年度初めの忙しさと比べると,随分と自分の時間を持てている.特に最近は実験ばかりやっていられるので,「まったり」感があるのだろう.でも,実験と言っても,やることはいくらでもある.時間を無駄にせずに,しっかりとやっていこう.
そういえば,先にも書いた通り,17日は恒例の山崎宅クリスマスパーティー.これを読んでいるOBOGは,お互いに連絡を取り合ってもらいたい.そして,大挙押し寄せてくれることを待っている.
さてさて,今日もこの後は,ひみラボ紹介文を書こう.昨日も,少しずつではあるが,着実に書き進めることができた.一歩一歩が大切だ.
2016年11月29日(火) 悪あがき
簡単に諦めるわけにはいかない.というか,失敗自体の理由が,別にある気がしていた.
310の話だ.先日の実験で,SQを「失敗」したので,ついつい,レーザーが弱ったことが原因だと思っていた.が,よくよく考えると,波形自体がいまいちパッとしていなかった.これまでの経験だと,レーザーが弱いと,波形が極端に小さくなることはあったが,乱れることは,また別の問題が生じている可能性が高かった.特に,PCRか,その後のダイタミか.PCRはゲル泳動で確認しているので,おそらくダイタミだろう.ということで,昨日からダイタミをやり直し,今日改めて310をセットして,RUN.そして,晴れて成功!悪あがきも悪くない.310には,もう少し頑張ってもらおう.ただ,来月中旬に建物の停電がある.それを機に,永眠するような気がする...とにかく,それまでにやるべきことをやってしまいたい.
ということで,今日も実験三昧だった.環境DNAでは,イタセンパラが早くも本番に入っている.現時点で考えうる「最適」な条件でPCR.その際,同じ条件のものを10本準備している.すると成功率は,必ずしも100%にはならない.この辺は,「もっともらしい」結果ではあるのだが,同時に,現在の方法の「弱さ」でもあるだろう.
何はともあれ,実験を繰り返し,気が付けば外は真っ暗.結局これで終わってしまった.もちろん,目の前の「お仕事」はいくつかこなしたのだが,ひみラボ紹介文は,またも手つかず...自宅残業で頑張ろう.
2016年11月28日(月) なかなか書けない
日中のお仕事は,野外調査であったり,実験であったり.こちらはそこそこ順調だ.調査は学生主体でやってもらうとして,実験の方は,条件詰めのための実験を繰り返しながら,確実に進歩している.
一方で,自宅残業を中心にやっていくはずだった,ひみラボの紹介文がなかなか進まない.これは,魚類学会誌の会員通信向けの原稿になる予定だ.まだ締切が先なこともあり,なかなか身が入らない.それでも,時間を作って書いてみるのだが,,,案外難しい.いくらでも書けそうなのだが,その反面,言いたいことを,的確な文章にまとめようとするのが,プレッシャーになってしまっているようだ.でも,この手の文章は,「その時」が来れば,「降りてくる」ものだ.適度に時間を費やしながら,書き進めていきたい.
ところで,実験といえば,次から次へと,やること,頼まれたことが増えている.そもそも,最近やっているのは,環境DNAと,イタセンMS.これらは,順調であるがゆえに,サンプルが多量に存在する.そしてこれに加えて,次なる依頼も舞い込んできている.もちろん,当初から予定されているのもではあるのだが,できる限り早めに進めていきたいところだ.
ただ,いいニュース?としては,これらの実験が,どれも論文に近づいている,ということ.今しっかりやっておけば,しっかりとした論文になるだろう.着実にやっていこう.
2016年11月24日(木) ヤツメ採り
今日は静岡大学の大学院生さんとヤツメ採りへ.場所は,いつもヤツメをとっている場所だ.
なんと言っても,寒かった!
東京では雪が降ったとか.幸い,富山の平野部では雪にはならなかったが,風が強く,久々,極寒(というと大げさだが)の中の調査となった.
でも,いざ川に入り,ヤツメを採り始めたら、寒さは気にならない,,,ことはないが,幸いにして順調にヤツメも採れたので,無事に終了.むしろ,早く採れすぎ,拍子抜けしたくらい.
その後はひみラボへ.院生さんはヤツメ処理をやっていたので,我々は晩飯の買い出しへ.その後,山崎研の若者たちは「運動」をしていたが,私はデスクワーク.おかげで書類書きが1つ終わった.続いて,このHPの更新.「研究トピックス」に「環境DNA」のページを追加した.現段階では,論文化もしていないし,いろいろなアイディアを抱えているので,詳しく書けない部分が多いが,それでも当たり障りのないことを書いておいた.ぼちぼち,山崎研も,環境DNAを売っていこう.一番の売りは,現在の主流派とは,『一線を画している』ところだろうか.
2016年11月21日(月) 亡国
ついに、この時を迎えようとしている。これまで、なんとか延命をしてきたが、ここが限界だろうか。。。
と言っても、日本の政治家が云々、、、という話ではないし、どこぞの超大国の大統領の話でもない。もちろん、お隣の話でもない。
山崎研の「310帝国」(?)の話だ。
ついに、レーザが切れる時を迎えた。もちろん、これまでもなんども交換してきたが、今回は交換するお金がない。ということで、延命(交換)措置はとらずに、眠りについてもらうことになるだろ。もちろん、今後予算がつけば復活するが、このご時世、なかなか期待はできない。
と、いうことで、今後のシーケンスも、マイクロサテライトも、学科共通機器を使うことになる予定。個別の性能はいいのだが、共通利用だと、どうしても自由が効かなくなるが、仕方がない。ただ、本気で使い始めると、膨大な数になり、機器をかなりの時間専有することになるので、その辺は当たり障りなく、やっていこう。
それと同時に、シーケンサーを使わないDNA実験も多用する予定。現在の最たるは、やはり環境DNAだろう。今日も実験の続きをやって、毎回いうようだが、「確立」した。今日はメダカ。水の中からも検出できた。そして、実験条件としては、最も基本的な方法(試薬)が、一番いい事も再確認。考えてみれば、意外と夾雑物は少ないのかもしれない。つまり、最初から、純粋なDNAが多くとれているのかも。もっとも、量が少ないので、そこを上手く対応することが必要なのだろう。
でもこれで、タナゴ類に続いてメダカでもできたことで、活用の幅は広がった。特に普及啓発の分野がいい感じ。と、同時に、今年度いくつかもらっている助成金の、最低限の成果が出たことになる。あとはどれだけ、上積みできるかだ。一方で、環境DNAの論文書きとなると、イマイチイメージがわかない。どこまでやれば、論文になるのか、というところだ。もちろん、雑誌を選べば(選ばなければ)、論文にすることはできるのだが、妥協はしたくない。その一方で、今時よく見る、環境DNAの論文も面白くない。やはり、もう少しアイディアを練って、少なくとも自分が納得のいく、論文を書きたいものだ。
さて、今夜もこのあとは、自宅残業だ。
2016年11月20日(日) 意外なことが判明
最近は、自宅残業で論文読みをしている。締め切り間際の文章書きが片付いたこともあり、いよいよタナゴ論文書きの布石、ということにしよう。
今読んでいる論文は、アカヒレの生態論文なのだが、その中で予想だにしなかったことが判明。
この論文の中で、個体識別のために、エラストマーを使っているのだが、このエラストマーの有効性について、文献を引用している。何気なく、その二人の著者を見てみると、その片方がYamazaki。もちろん、私ではない。が、よくよく文献リストをみると、何と出身研究室の大ボスだ。ちなみに、私の直属のボスはG先生なのだが、当時在籍していた研究室全体のボスがYamazaki先生。そして、その論文の共著者ももちろん覚えている。韓国からの留学生だ。
そう言われてみれば、当時そのような研究をやっていたような。。。何にしても、意外な繋がりがあるものだ。
さてさて、論文の中身に関しては、とても勉強になる。特に、生態論文での統計解析など、学ぶべきものが多く、その大半は、自分の論文で使うべきものだ。ということで、勉強していかなければならないのだが、このような場合、実際に自分の(学生の)データを使って、統計をやってみるのが一番だ。
ということで、できる限り早期に、解析をやってみたい、、、と思ってはみたものの、それ以外にもやるべきことは多い。論文書きの順位は低いものの、今やっているDNA絡みの仕事も、しっかりと時間を書けることが必要だ。何にしても、しばらくは自分の時間を持てる方なので、有効に使っていこう。
2016年11月18日(金) 言ってはいけない。。。
眠かったとか、良く眠れたとか、何がいいたいかわからなかったとか、つまらなかったとか、、、言ってはいけない。(個人的意見です)
それでもやっぱり、パネルディスカッションには釈然としないものもあった。その根底にあるのは、グループディスカッションの位置づけだろう。そこで出た意見やアイディアを、結局活かすことは考えていないようだ。この辺は、主催者も「今後の課題」と、はっきり言っていた。
もっとも、もろもろのイベントで行われるグループディスカッションの大半は、こんなものだろう。話し合うこと自体が目的になってしまっている。意見を出させ、吸い上げるまではいいが、その先の責任の所在が不明瞭だ。今回の場合も、様々なアイディアを、行政なりがしっかりと吸い上げ、施策に活用することを前提としていればいいのだが。それがない状態だと、せいぜい「貴重なご意見をありがとうございました」という、お役所の常套句で終わってしまう。もちろん、それ以降、アイディアが活用されることはない。
こういうのを見たとき、改めて我が身を振り返るべきだろう。ひみラボカフェなんかは、まさにそれだ。ただ、これも何回もいっているが、ひみラボカフェでは、ホスト役の発表者がいて、みんなから出た意見は、その発表者に渡されることになる。だから、その意見をどう扱うかの責任は、当然発表者(ホスト)にあるので、みんなの意見が無駄になることはない。もちろん、発表者がその意見をどう扱うかは、その人の自由だし、その結果の責任も同じく発表者が負うことになる。
と、この手のことになると、ついつい結果とか、利益とか、効果とか、求めてしまう。これはこれで、理系的な考えかたなのだろうか。今日のシンポでは、すぐには結果を求めない、とか、いつか役に立てばいい、的なニュアンスの発言もあった。もちろん、理系(我々)の研究の中にも、すぐには成果を求めない、というものもあるが、それとこれとは、ちょっと意味が違うと思うのだが。。。
それと、前半の講演の中で、生物多様性の重要性を指摘されている演者がいたが、全くと言っていいほど、他の演者には伝わっていなかった、影響を与えていなかったのが、印象的だった。自然の中での暮らし、的な話もあったが、これは生物多様性云々の文脈とは全く別の話だ。ま~、この辺は、私も方方で講演をしているので、よく理解している。表面的な受け答えはしてもらえるが、真意はなかなか、伝わらないものだ。
さて、それはそうと、夕方、何名かの若者には、これからの研究まとめに関する指示出しを行った。この指示出しは、人それぞれで、個別に対応している。おそらく現状だと、ほぼまとめゼミに向けて、各自まとめをするだろうが、これまでの(例えば学会発表)の域は出ないだろう、ということが見て取れる。それでは「もったいない」と感じるところを補うために、時間はあまりないが、その中でもう一歩踏み出してもらうことを期待したい。
ところで、毎年恒例の山崎宅でのクリスマスパーティーを12月17日(土)に開催!今年は日取りがよく、クリスマスの「本番」は連休になっている。ただ、その期間はそれぞれのご家庭でのイベント等もあるだろうから、その前週に開催とした。いつものように、OBOG含め、お誘いあわせのうえ、お越し下さい。メニューは近日中に掲載予定。
2016年11月17日(木) 結局のところ、、、
今日も朝から環境DNA。昨日の続きで、「水」を分析。そいてついに、一連の実験結果を受け、「確立」した。つまり、今日の「水」から、しっかりとイタセンパラが検出さできたことが確認された。ちなみに、保護池の水と、生息が確認されている川の水。もちろん、「当たり前」の結果ではあるが、その当たり前こそが、最初のステップとしては必要なことだ。ついでに言うと、川の水からは、アカヒレとヤリも確認できた。でも、タイバラが出なかったのだが、この辺は繰り返し実験で確かめていく必要があるだろう。もちろん、「出た」ものについても、同様の実験は必要だ。
ということで、まずはタナゴ類は「確立」と言えるのだが、その方法で紆余曲折?。というのも、水からのDNA検出なので、精度の高いPCRキットを用いていた。が、これがイマイチの結果だったので、試しにノーマルPCRで使う試薬を使ったところ、上手くいった。ということで、結局は、使い慣れたキットが一番良い、ということなのだろうか。だがもちろん、増幅が弱いバンドもあったので、精度の高い(値段も高い)キットの活用は、今後も必要だろう。
ところで、今日はこれ以外にも、論文紹介ゼミも行った。現メンバー全員が出席していたので、内容は言わなくてもわかるだろう。担当者によって、こうも違うものか、ということが、よくわかるゼミだった。その時も言ったが、どちらを目指すかは、本人次第。そして、すべては本人に返ってくる。
今回のゼミのように、こちらの対応も人それぞれになる。ただ少なくとも、手抜きを見過ごすことは、今後もしないだろう。本人のためでもあるが、同時に、一生懸命頑張っている他の学生にとって、あるいは貴重な時間を使ってゼミに参加している他の学生にとって、手抜きは失礼なこととなる。私が、それを黙認することは有り得ない。とは言え、それで学生がどう変わるか、対応するか、それも本人次第だろう。そういう時に、私がどう対応するかも、これまで何度も言ってきたことなので、わかる人にはわかるはずだ。注意すべきは、それが他の学生に悪影響にならないこと。他人のことは気にせず、自分のやるべきことをやる。何はともあれ、それを忘れないでもらいたい。
2016年11月16日(水) 確立!(?)
ついに(ようやく)、環境DNAで使う種特異的PCRが確立した。対象はタナゴ類。氷見に住む4種の判別ができるようになった。ただ意外だったのが、普通の試薬だと増幅が確認されるのだが、高性能の試薬を使うと、全く増幅しない。増幅産物のサイズがわかっているので、そのバンドの有無を頼りに、対象種の存否を確認することはできる、とも言えるが、できれば同じ条件で増えてもらいたい。今後、さらに条件を詰めていこう。
何はともあれ、この方法を使って、今度は「水」を解析していこう。といっても、次の採水はいつになるか。。。
2016年11月15日(火) 研究目標・計画
山崎研としてのタナゴ類研究の大きな目標を、今日のゼミで若者たちに話した。各自の研究の位置づけをしっかりと認識してもらいたい。そして、今の研究が、全体からみると出発点であることもわかっただろう。その時にも話したが、次のステップは、おそらく今の修論・卒論の範囲を超えるであろう。「誰か」が続ける事になるだろう。もっとも、自分で続けたい、という若者がいれば、もちろんさらなる進学をしてもらえば、いくらでも継続できる。だが、忘れてはいけないのは、上に行けば行くほど、自分の研究に対する責任が増してくる、ということ。その責任を果たすためには、今よりも遥かに真剣に、研究に取り組む必要があるし、こちらをそれを当たり前のこととして求めていくことになる。
ちなみに、「大きな目標」については、もちろんここでは書かない。まさに研究室にとっての「秘密事項」と言える。なぜなら、研究目標やそれを実行するための計画というものは、他にバレたり、先を越されたりすると、我々がやる意義が極端に減ってしまう。様々なアイディアも含まれている。ということで、若者たちも今日の資料や話の内容を決して他に漏らすことがないように。意外なところから、話が流出してしまうこともある。いつも言っていることだが、研究内容のことは、研究室外では他言無用。
ちなみに、山崎研での大きな研究目標は、なにもタナゴだけではない。ライチョウにしても、シカ・イノシシにしても、そしてもちろんヤツメも、それぞれ、タナゴと同じくらいの目標や計画はある。その時になったら、その時の若者に、話していこう。
一方で、実験の方も概ね順調。1つ1つ、確実に実験を積み重ねている段階だ。あいかわらず、やることが多くて、時間がもっと欲しい。最近の自宅残業でも、新規論文書きに向けた準備をしたいところだが、ここ数日は助成金書類書きに勤しんでいる。何はともあれ、地道かつ着実にやっていこう。
2016年11月14日(月) 平常運転再開
先週末はもろもろあったが、今日からはいつも通りの日常(研究生活)が再開した。
といっても、金曜日のゼミが延期になていたので、それは明日実施。同時に、私が担当するプレゼンも明日の予定。木曜日の段階で、一通りのスライドはできていたのだが、時間ができたので週末もスライド直し。結果的に、言いたいことをかなり盛り込めただろう。若者たちの当面、そして今後の研究に直結するものなので、しっかりと聞いてもらいたい。
そして、このスライドを作りながら、今後の研究の方向性についても考えている。というのも、今の研究室は比較的うまく動いているだろう。特に、研究の内容や方向性に統一感を持たせたのが、功を奏している。ただ、これがいつまでも続くわけではないだろう。中でも、毎週(最近は隔週)の野外調査に、来年、再来年の若者がついていけるか、というかそもそも若者が来るか、は大きな課題だ。あまり興味を持たない学生を、無理やり連れて行くようなものではない。そう考えると、今の若者が研究室を出て行った後は、また別の進め方をしなければならない。もちろんそれは研究テーマや方針そのものの変更でもある。もっとも、変更なのか、元に戻すのか。ただいずれにしても、研究室全体の方針は変わりない(はず)。もちろん、ひみラボでの活動も継続だ。
その「変更後」にやるかもしれない研究の下準備とも言えることを、今は続けている。DNA実験だ。ようやく発注していたタナゴ類の種判別プライマーが届いた。これが上手く使えるかを確認するためのPCRを今日スタート。これを確立できれば、できることが格段に増える。
それともう1つは、イタセンMS。これまでのサンプルのうち、新規保護池の代表サンプルの実験が終わった。サクッと、結果をまとめ、これまでと比較していきたい。それと同時に、新規プライマーチェックも概ね終わった。で、結果的に、5つもの多型座が見つかった!はっきり言って、これは大きい。感度が格段に高まったと言えるだろう。もろもろの評価も信頼性が増す。まずは、新保護池のサンプルで試し、次は新旧サンプルで新規&追加実験を行っていこう。
ということで、今週もこんな感じで進みそうだ。だが同時に、助成金申請とか、近い将来の論文書き準備とかも進めていきたい。何といっても、動ける時に、動いておくべきだろう。
2016年11月11日(金) 今日のゼミは,,,延期!
昨夜の段階で,連絡がつく学生には連絡(携帯メール)したが,ちび介3号が急病のため,その看病で自宅残業(?).どうしても出席しなければならない会議にはでるが,ゼミは延期.
ということで,今日やるよていだったゼミは,11月15日(火)13時から,C204室で実施.若者たちは準備をしておくように.
2016年11月10日(木) 明日のゼミの後,,,
明日は論文紹介ゼミ第二弾.二人が担当予定.そして,それが終わった後,以前書いたと思うが,「山崎研におけるタナゴ類研究」を,私の方から話したい.
内容は,現在若者たちが行っているタナゴ類(タモロコ含む)の生態研究が,どのような大きな目的をもって行われているのか,をまとめたい.特に,若者たちは,個別には,自分の研究のことは,考えているだろう.目的であったり,その背景であったり.ただ,研究室全体で考えたとき,若者が想定しているよりも,もっと大きな背景や目的が存在する.つまり,個々の修論・卒論は,大きな研究の中のひとかけら.この大きな目標があるからこそ,単に「タナゴ」や「氷見」で終わるのではなく,もっと大きな研究に発展あるいは貢献することができる(はず).
今回話す内容については,研究開始当初から,「各自考えておくように」と言ってはあったが,それの答え合わせのようなもの.時間に余裕があれば,最初に各自の認識・考えを聞いてみたいので,「自分の研究」について,改めてしっかり考えておくこと.
今の時期にこれをやるのは,近々,修論・卒論の(中間)まとめ,がある.その際に全体像をしっかり考える上でも重要なはず.
ゼミ自体の開催は,予定通り13時から.
2016年11月8日(火) 予定変更
急遽(?)、今日は一日、大学で過ごすことに。そのため、時間ができた。まずは、手早く実験をセットした上で、もろもろのデスクワークに取り組んだ。
その際たるが、助成金申請書類書き。朝から集中して文章直しを行い、まずまずできたところで、申請。これで先週末に舞い込んだひと仕事が終わった。もちろん、いつものことではあるが、当たるも八卦、、、
その後は、まさに「お仕事」を片付けていった。なんだかんだで山積みになっていた仕事を、1つ1つ片付け、、、どうにか、当面のお仕事をやる遂げることができた。が、これが終わって、次なる実験をセットした時点で、本日終了。ま~、やることはやったので、善しとしよう。
そして最後に、一応は先を見越した仕事も。特に、若者たちの研究を改めて俯瞰し、いくつか方針を考えた。その一方で、自分自身の研究がイマイチ盛り上がらない。もちろん、上記の実験はやることが沢山なのだが。やはり、論文書きというゴールが見えていないと、やる気がわかないのかも。もちろん、今の実験も、「やがては」論文にするつもりだが、具体化はしていな。そして同時に、追い詰められ感、が希薄だ。やはり、ある程度は追いかけられないと、やる気もなにも湧いてこないようだ。だから、できるかぎり、今後の論文書きの計画を、具体化していきたい。
2016年11月5日(土) 盛り上がった!?
昨日はゼミ。ゼミ自体の盛り上がりは、、、。それに続いて、予告通り、オオカミ談義を行った。まずは、生物多様性保全の基本的な理念に基づく見方は、共有できたのではないだろうか。今後も、何かの話題で、意見交換をしていきたい。
さて、この週末は、時間があるので、ひみラボの紹介文でも書こう、、、と思っていたのだが、週末に急遽仕事が1つ入った。助成金申請書類書きだ。締め切り自体は、来週末なのだが、大学の判子をもらうために、週明けには事務に出さないといけない。ということで、急遽、申請書類書きをしている。といっても、一から話を作り上げるのではなく、これまでのネタ(というより文章)を活用。もちろん、採択されたネタではなく、ボツになったが、後一歩だったネタだ。とりあえず今は、一通りの形を作り、事務提出を目指している。その後、締め切り間際まで読み直し・書き直しをしていこう。というのも、今回は久々大きな額を申請できる。特に、ポスドク雇用も含まれている。当たる可能性は高くはないだろうが、申請しなければ始まらない。
来週も調査からスタート。ひみラボでは、空き時間に環境DNAを進めよう。タナゴ類の種特異的プライマーを発注したので、うまくいけば、大きな仕事が1つ出来上がる。それに、特にイタセンパラは今が一番現存量が多い時期だろう。できるかぎり、いろいろなところから採水をしておきたい。来週、それ以外は会議が多いので、空き時間をうまく活用していこう。
2016年11月1日(火) HPづくり
今年もあと2ヶ月、、、といっても、あまり気にならないかも。むしろ、クリスマス・パーティーのメニューと、おせちづくりがそろそろ気になってきた。今年は何を作ろうか。
さて今日は、朝から実験、、、が、結果がイマイチ。特に、イタセンMSを310でRUNしたのだが、サイズマーカーが弱っていて、検出されず、肝心のデータもなかったことに。。。明日、改めてやろう。こんな出だしだったので、やる気がガタ落ち。その後の実験も、イマイチ乗ってこなかった。
実験以外はというと、案外やることが乏しい。最近、時間があるため、細々したことをやる時間が採れ、な~んとなく、間延びしてしまう。久々にこの感覚を味わった。といっても、ダラダラばかりではいけないので、HPのリニューアルを仕上げた。といっても、ひみラボのHP。日本語版は、あまり代わり映えはしないかもしれないが、英語版がなかなかナイスになった気がする。英語と写真。これでも最低限のことは伝わるだろう。とりあえず、これで「完成」ということにしたい。
実は、ひみラボHPを急いだのには、別の理由もある。ついに?明日、先に撮影してもらった山崎研の紹介?がTV放送される。もちろん、ひみラボでの活動が中心になるので、それを観て、ひみラボに来てくれる人が増えるかも。そして同時に、HPを見る人も。ということで、完成を急いだ。幸い、あさっては祝日なので、ひみラボのお客さんが増えることを期待しよう。
で、私は、明日も明後日も、ひみラボには行けないかも。採水に行きたいところだが、若者のゼミ(要旨)が、、、
2016年10月31日(月)夜 タナゴ三昧
まず、今日の午前中に、今度のゼミに関して書いておいたので、下の書き込みをしっかり読み、対応してもらいたい。
さて、これ以外にやったことを考えると、あの手この手でタナゴと向き合った一日だった。
まずは調査。庄川の定期調査だ。小型個体の捕獲に悪戦苦闘しながらも、まずまずの個体数をGET。といっても、私の役割はこれだけ。次回は、もう少しやることを探そう。
調査の前後には、DNA実験。こちらもタナゴ。イタセンパラ用の新規MSプライマーのチェックだ。調査前にPCRをセットし、調査から戻ってから、それを310。明日の結果が楽しみだ。増幅自体は確認できているので、多型がでることを祈ろう。沢山の多型が出て、実験が増えて困る!、、、ってな、嬉しい悲鳴を発したいものだ。いずれにしても、この辺のネタで、来年の魚類学会は発表したい。
そして自宅残業は論文読み。といっても、若者のゼミ論を読んでいる。タナゴの貝選びの論文なのだが、多分に進化絡みの論文。斜め読みすると難し内容だが、背景を調べて、理解してから読むと、結構いい論文だ。ただ、両者間は一方的な関係であることを前提としているので、自分の研究では、この辺をもっと広げて、考えていきたいところだ。
ところで、先週後半あたりから、今の研究の大きな流れを考える機会を持てている。つまり、タナゴ(等)の生態調査を何のためにやっているのか?ということだ。もちろん、基礎情報の収集や保全のため、には違いないのだが、決してそれで終わるものではない。もちろん、この大きな目標自体は、当初から考えながらやっていた。そして学生には、「まずは自分で考えろ」的な姿勢で挑んできた。ただ、その後はその場その場に流されて、明確な答え合わせをする機会がなかったような気がする。ということで、近いうちに全体方針を改めて示す機会を設けたい。「改めて」とは、一応、年度の初めに、口頭では説明していたはず。といっても、それを理解するだけの準備が若者自身にないと、話を聞いても、理解ができなかっただろう。だから、今聴けば、少しは理解ができるはず。卒論まとめ、あるいは修論の途中段階の今、これを機会に、しっかりと自分の研究と向き合ってもらいたい。
さて明日は、ひみラボに行って、環境DNA用の水汲みをしようと思ったのだが、天気が悪そうだ。雨が降ると川の水も随分と変わるだろうから、採水いは適さない。ということで、明日も大学で「お勉強」をして過ごそう。
2016年10月31日(月) 『オオカミ』を考えよう!
今週末に,後期の山崎研ゼミが始まる.まずは,論文紹介だ.そして,来年度から博士課程で山崎研に所属することになるSさんも,ゼミに参加してくれる.そこで,せっかくの機会なので,単に(と言っても重要だが)論文紹介だけで終わるのではなく,毎回テーマを決めて,みんなで議論をする場にもしていきたい.
まず,11月4日のテーマだが,ずばり『オオカミ』.
昨今,シカやイノシシなどが増え,田畑を荒らす,などの話を聞くことが多い.一部の地域では,その対策の1つとして,昔は山に住んでいて,今は絶滅した「オオカミ」を,再び山に放そう,という取り組みが検討されている.この是非を考えてみたい.
もちろん,計画段階だし,実際に放した後にどうなるかはわからないので,『たら』,『れば』,の話にはなるが,それでも科学的・学術的(民族的等でも可)な知見と思考に基づいた議論をしていきたい.
形式としては,通常のゼミが終了後(概ね17時頃)から始め,1時間くらいを予定.まず私が,概要と最近の動き,そしてオオカミ放逐に向け「精力的に」動いている団体の動向を紹介.そして,いくつかの課題を順番に提示し,それについてみんなで話し合ってもらう.その際,できる限りみんなの意見が出やすいように,私は(できる限り)傍観していたい.そして最後に,私の考えを披露し,まとめていきたい(結論を出す,とは限らない).
そこで参加者には,事前の学習もしておいてもらいたい.「オオカミ 放す」とかで検索するとか,放逐を積極的に行っている団体(「オオカミ 協会」で検索)のHPを観るとか.特に,後者について議論の中心にしたいので,そのページのWWF絡みの「やりとり」を一読しておいてもらえると,話が早い.
何はともあれ,今回の議論は,試行的な意味合いが強いので,どこまで盛り上がるかはわからないが,山崎研の活動(特に保全とか,生態とか,遺伝とか)を行っていく上では,関連が深いので,勉強の機会にしてもらいたい.
2016年10月28日(金) HPリニューアル!
といっても、このサイトではなく、ひみラボのHP。研究、教育、普及啓発のテーマごとに区分してみた。といっても、これまでのページを入れ替えただけで、今日は。今後、それぞれのページを充実していきたい。特に、ひみラボ水族館を「今風」にアレンジしたい。さらに、大きな売りの1つが、英語ページの作成。そもそも、今回のリニューアルも、とある助成金への対応として行っている。その中の一番の目的が、英語ページだ。ということで、昨日までの自宅残業で、英語化が終わったので、今日英文校閲に出した。戻ってくるのは来週月曜日なので、それ以降に続きをやろう。
もっとも、このHP作りは、実験の待ち時間を使っておこなったこと。今日もメインのお仕事は実験。現在は、環境DNAでイタセンを検出する実験系を作り上げている。PCRレベルでは、イタセンと同じ(とみえる)バンドを確認することはできるようになった。そこで今は、そのバンドが本当にイタセンかを確認するために、ゲル切り出しとSQ。が、ここ数回、失敗の連続。高性能のPCR試薬が、SQにはイマイチ良くないのかも。ということで、ノーマルのPCRをやったら、無事に増幅確認。これで、ゲル切り出し自体は問題ないことが判明。来週、この続きをやろう。加えて来週は、「水」を集めたい。予定の無い日にひみラボに行って、採水・濾過をやりたい。それと同時に、発注していたイタセンMSの新規蛍光プライマーが届いたので、こちらも進めていきたい。ゲル上でPCR増幅を確認した時点でh、13プライマーも使えそうだったので、このうち、いくつかは多型であることを期待している。
ということで、予定が少ないこともあり、もろもろの仕事が進んだ。他には、中学生向けの講義をつくり始めた。話の流れはすでにできているので、スライドを作っていくだけだ。
ところで、最近、研究室に若者がいない(少ない)。ゼミの準備だろうか、他の部屋で勉強しているようだ。どこで仕事をしようが、それは個人の自由だ。ただし、研究室活動は、研究室で行うことを前提としている。研究室にいないということは、それだけで得られる利益を自ら捨てていることになる。それと同時に、周りに迷惑をかけていることも忘れないように。
2016年10月26日(水) 流れが変わった。。。
ここ数日、私の中で、いくつかの「変化」があった。
まず第一に、一昨日で「朝練」を終了した。それまでは、ほぼ連日、続けていたのだが、寒くなったこともあり、また次に書く理由で睡眠時間を確保するためもあり、終了。そもそも、朝練の大きな目的は、山登り対策と、お腹対策。山登りの方は、やるとしても来春からなので、暖かくなったら朝練を再開させることで対応したい。お腹の方は、これもやはり次に書くように、食事「等」の制限で対応したい。
で、第二の変化でもあり、自分の中では「大事件」とも言えるのが、「節酒」。先の健康診断で引っかかった。それもかなりヤバイ値が。。。確かに、最近は肝臓の機能低下(要するに、二日酔いがひどい)を実感していた。普段の生活の中では、肝臓に異変を感じることはないが、そもそも肝臓は「静かな臓器」。異変を感じるようではマズイ。ということで、何はともあれ、お酒を控えることにした。といっても、いきなりの禁酒や断酒だと、ストレスの発散ができない。ということもあり、帰ってからのビール一杯は、続けている。が、それ以降は飲んでいない。
この節酒がもたらす波及効果は、思いのほか大きそうだ。まず、お腹を含め、健康にはいいのだろう。そして、酒&つまみを買うことが極端に減ったので、お財布にもやさしい。そして、夜やることが減ったので、就寝時間も早くなった。とは言え、あまり気難しく考えると、それはそれでストレスになるので、無理なく、節酒をしていこう。
さて、これもある意味「変化」だが、仕事の方では「スケジュール」がガラガラになってきた。おかげで今日も丸一日実験。久々のチップ詰め&オートクレーブも含めて、「贅沢」に時間を使った気がする。もちろん、目先の事務仕事等、やるべきこともやっている。今週は、明日の午前中に、市民大学での講義があるが、それ以外は時間がある。やるべき実験をしっかりやっていこう。
で、実験と言えば、もっぱら環境DNA。結構、いい感じで進んでる。特に、イタセンパラの検出が、かなり高感度でできている気がする。そこで今日は、「気」が本当かを確かめるために、増幅産物の切り出しと確認SQの準備を行った。明日も続きをやっていこう。これがうまくいけば、この実験の大きな方向が定まることになりそうだ。
2016年10月23日(日) 今週は、、、
今週(明日からの週)は、それほどスケジュール上の予定が多くはない。時間を有効に使いたい。
学生指導に関しては、耳石を進めて(進めさせて)いこう。摘出と観察、計測はもちろんだが、研磨も試していきたい。そしてタイバラだけではなく、他のも。この手のことは、出来る時に、どんどん進めて行ったほうだいい。特に、これからはゼミが本格化するかもしれないが、それは空き時間にやってもらうとして、常に手を動かすことを考えて(かつ行動に移して)もらたい。
自分の仕事としては、まずはDNA実験。環境DNAも、先週末にサンプルを沢山持ち帰ってきたので、しっかりと抽出から、進めていきたい。そしてなんといっても、PCRをやって、プライマーの確認。できれば、SQも確認して、種特異的プライマーの作成、くらいはやっていきたいところだ。こちらも、動ける時に、どんどん進めていこう。これと同時に、イタセンMS。先週末に新規プライマーを試したら、ほぼ全てで増幅が確認できた。そこで、蛍光プライマーを発注したので、これが届いたら、そちらも試したい。多型座が増えることを期待しよう。
実験以外でも、その場しのぎ(講演プレゼン作りとか)ではなく、形の残る仕事を進めたい。当面は、ひみラボHPの英文化と、中学生向けの講義づくり。いずれも今年の助成金関連でもある。今後のためにもなるし。。。
ということで、明日は、、、予定なし!しっかりやっていこう。
2016年10月19日(水) 今日は一日フリー、、、のはずが。。。
今日の予定は、午後のタイバラ祭りのみ、と思っていたのだが、次から次へと、予定が入ってきた。というか、一部忘れていたものも。
まず午前中は、メールもろもろ対応の後、DNA実験。環境DNAを一休みして、イタセンの新規MSプライマーチェックを行った。といっても、今日はかつて発注していたプライマーの調整と、PCRのみ。結果は明日確認しよう。少しでもいいので、多型座が増えることを期待したい。
そして午後は、予定通りタイバラ祭り。耳石を探した。かなり昔のことだが、ヤツメの耳石を調べたことがある。その経験が、それなりに活きたようだ。結果から言えば、意外とすんなり耳石(おそらく平衡石)を発見。予想以上に大きかった。それに慣れると、取ること自体は問題なさそうだ。一番のポイントは、これで年齢(等)がわかるか。ぱっと見では輪紋が見えなかったので、研磨が必要かも。年輪はもちろんだが、欲を言えば、日輪を見たい。これがわかると、かなりナイスな研究に展開するだろう。もっとも、当初から考えていたタイバラ研究の一部ではあるが。
何はともあれ、今後しっかりと輪紋確認等をしていこう。そのためには、多くの個体もさることながら、いろいろなサイズの個体を見て、耳石自体の成長パタンを知ることが重要だ。そして近い将来は、他のタナゴ類で応用していきたい。
ところで、全然アカデミックな話ではないが、晩飯後にプリンを作った。子供用だ。プリン自体はこれまでも作っているのだが、今日はカラメル作りに挑戦。まずはレシピ通りに、グラニュー糖と水を鍋にかけ、中火で煮詰めて、、、いったら、水が飛んで、再び「砂糖」が出来上がった!もちろん、真っ白。
リベンジで、今度は上白糖と水で煮詰めていくと、、、いつまでたっても透明の液体のまま。今回も失敗か、と思っていたら、水分がなくなったころに色が褐色に!鍋からおろし、少量のお湯を加え、混ぜて完成!初めてうまくいった。
このカラメルを容器にいれ、そこへプリン液を注ぎ、スチームオーブンへ。上出来だ。私は食べないが。
2016年10月17日(月) 雨
今日も5時起き。だが、雨が降っていたので、自宅残業。といっても、締め切り仕事はないので、最近の研究状況まとめと、当面の計画を練った。
やることは、相変わらず盛りだくさん。決して、やることが無くなるってことはないだろう。もちろん、それでいい。やりたいことはいくらでも湧いてくる。
今朝は具体的なことを考えてみた。特に、今改めて考える必要があるのが、若者たちの研究。秋から冬に向け、時間的な余裕がある程度できる。そこを有効に活用してもらいたい。ゼミも大切だが、それだけで1日を終わるのはもったいない。何はともあれ、日頃の野外調査が比較的緩やかになるので、その時間を有効活用する術を考えてもらいたい。もちろん、私も考えよう。
ということで、これからしばらく、「指示」が出ることが多いかも。その第一弾が、水曜日の「タイバラ祭り」。タイバラは「実験動物」としては優れている。ということで、貴重な命の犠牲を無駄にせず、いろいろ研究を発展させていこう。まずは、耳石。タナゴで明確な年齢形質がわかると、様々な研究が大いに進むはずだ。それと余裕があれば、卵も見たい。
タイバラ以外では、形態をしっかりとやってもらいたい。特に、変形トラスなどを使って、一通りの解析ができるようになることは今やるべきだろう。ちなみに、「変形トラス」とは、私が「今」適当につけた名称。これが何かは、魚類学会でいくつかあった発表を聞いていればわかるだろう。計測から解析まで、まさに今やるべき方法が紹介されていた。と言っても、特段目新しい方法ではない。考えてみれば、なるほど、と思える測り方。ま~、とにかく、計測もやってもらおう。
それ以外もいろいろやることはあるだろう。今、やっておくべきこともあるだろう。何をやるべきかは、各自考えること。私は私で、考えておこう。
それから、ゼミももっと盛り上げたい。発表者が内容や、その背景をしっかり理解している(そのために関連論文を読んでいる)ことは大前提となるわけだが、それと同時に、聞いている側にも、いろいろと求めていきたい。論文紹介もさることながら、特に研究(中間)発表。幸いにして、若者たちのテーマは似ている。そこで、我が事として、隣人の研究を考えてもらいたい。解析方法などももちろんだが、それ以上に、結果の解釈。そしてそこから、何がわかるか、この辺も理論武装(やはり関連論文を読む必要がある)をしておいてもらいたい。
さて明日は、、、明日も、調査。ひみラボだ。同時に、(明日も)取材が入る予定。でもあまり気にせずに、しっかりと各自の調査を進めてもらいたい。
2016年10月16日(日) 体力勝負
今日は薪運び2日目。残り2トンと格闘した。といっても、午前中は、ちびすけ達の発表会が小学校であり、それに出かけた。そこから戻ってきて、昼飯後に格闘再開。
ただ、この段階で、体力は結構消耗していた。そもそも、今日はしっかりと「朝練」を実施。そして、ちびすけ達を学校に送り出さなければならなかったので、二度寝ができず。。。そのため、昼過ぎの段階で、かなりの体力消耗状態。
それでも、雨が降る前に薪運びを終えなければならない。ということで、黙々と再開。。。と、いっても、実は慣れたもの。昨日とほぼ同じく、2トン2時間で、やり遂げた。が、やっぱり疲れた。足の疲労感、半端ない感じ。
さて明日は、朝一で講義。その後は庄川調査だ。
2016年10月15日(土) 筋トレ?
昨日はテレビ取材の対応。皆様お疲れ様でした。
DNA実験もみせたのだが、そのための準備にそれなりに時間を取られた。ただ、今現在やっている実験の一貫なので、善しとしよう。それと、一番気にしていたのが、最後の電気泳動の結果がうまく出るか?ということ。直前の予備実験では、イマイチうまくいっていなかった。という心配をしていたのだが、幸いにしてキレイに出た。
ということで、昨日の取材は無事(?)に終了。来週は野外調査の取材もあるので、もう少し頑張りましょう。
ところで、朝練は続いている、、、と言いたかったのだが、今朝は寝坊してしまった。週末だし、たまにはゆっくりしてもいいだろう、と思うのだが、実はそうも甘くはない。毎年恒例の「薪運び」が待っていた。届いた薪は、全部で4トン。これを薪棚に運び込む作業をやらなければならない。幸いにして、今日は天気が良かったが、雨が降ると、せっかく乾燥している薪が台無しだ。ということで、今日は朝?から薪運び。ほぼ筋トレ状態だ。
だが、午後から家族でお出かけの予定もあったので、今日は半分の2トンだけ運んだ。実働は2時間くらいだろうか。なんとか、明日やりきってしまおう。
ところで、月曜日の1限目に、講義を担当することが急に決まった。地球生命環境理学だ。担当予定の先生が急用で講義をできなくなってしまったため、その代役として私が担当。もちろん、当初から担当する日程が決まっていたので、それが早まった、というところだ。何はともあれ、ひたすら講義スライド作り。ようやく先ほど終わった。
ということで、明日は薪運び。そしてできるかぎり、体を休めよう。
2016年10月12日(水) 環境DNA
今日、会議以外のお仕事と言えば、これが中心。
直近では、週末の取材のための準備でもあるのだが、もともと実験を進める必要があったので、ちょうどいい機会だ。
今日は久しぶりにフィルターからのDNA抽出を行った。実験ノートを見ると、前回の抽出が今から1年前。マニュアルはあるのだが、やはりこれだけ時間が空くと、1回目の実験では、ミスが多かった。それでも改善点をまとめながら、2回目の抽出は、まずまず成功した(ことを期待したい)。その前後でPCRも行ったのだが、さすがに時間がなく、産物確認の電気泳動はできなかった。
ただ、明日の午後の会議は行かなきことになったので、その分時間ができた。明日も実験を進めたい。といっても、科研費申請書の提出締め切りも近づいてきたし、講義の取りまとめや、もこもこ鳥の論文直しも。やはり、やることは盛り沢山だ。
2016年10月11日(火) 晴耕雨読
早起きを続けている。学会後、出張中も含めて、5時起きだ。やることは「朝練」。天気のいい日は、近くの公園へ行き、重めのウォーキングと軽いランニング。少しずつ、体ができてきた。一方、雨の日は、これまでだとカッパを着てウォーキングだったのだが、最近は「自宅残業」をしている。特に、目先の仕事として、科研費申請書類書きがある。出張中に書き進めたものに、手を加える作業だ。といっても、学会後、朝に雨だったのは1日だけ。朝早く起きるため、夜眠くなるのも早い。結果的に、酒量も減るし、いい事尽くめ、ということにしよう。
さて、連休明けの今日は、ひみラボへ定期調査。もろもろあったが、取材(その1)に来てくれた。それはともかく、ミナミアカヒレタビラが大漁!何はともあれ、ちゃんと生息していてくれたことに一安心だ。「池」では見慣れてしまったが、「川」はまた格別。
さてさて、明日は会議に時間を取られる。その合間を有効に活用して、環境DNA実験をやっていこう。それからもちろん、科研費書類書きも。それともこもこ鳥の論文が帰ってきた。あと少しの直しを要求されたので、これも早めに仕上げてしまいたい。
さてさてさて、最近はちび助sが早く寝てくれるので、本家「自宅残業」もできる。今夜もしっかりやっていこう。
2016年10月7日(金) 有効活用
出張から戻ってきた。岐阜、名古屋と高校訪問。なかなかに疲れた。
今回の出張で、特に気を使ったのが、移動時間の使い方。行きも帰りも高山線をひたすら走る「特急」に乗車。ただ時間がかかる。学会の時も同じルートだったのだが、「暇」だった。ということで、今回は「お仕事」をすることに。特に、締切が近づいてきた科研費の申請書類を書いた。模擬授業のためにパソコンを持参したのが大きかった。列車(電車ではない)のなかで、ひたすらパソコンと向き合った。1つ良かった点を上げるとするならば、時間がかかるという理由は、列車がゆっくり走るから。山道なので、スピードを出せないのだ。そのため、揺れが少なく、パソコンと向かい合っていても、酔ったりすることはなかった。もっとも、目先の仕事が大きすぎて、のんびりする余裕が無かった、というのが正直なところだろうか。加えて、ホテルでも「残業?」を行った。最近は朝練のために、5時起きなのだが、今日もそれを守った。といっても、名古屋の街中を走る気はないので、早起きして、「残業?」に費やした。もろもろ頑張った甲斐あって、科研費申請書のかなりの部分を書き上げることができた。
ところで、今日の高校訪問は、昼からだったので、ホテルを出たあとは、名古屋城へ向かった。目的は「外来魚」を見るため。お堀の中に1mを超える大物がいるとのこと。で、いざ行ってみると、水草に覆われた一帯もあり、確かになにかいそうな雰囲気。すると、水面に影が!出たか、と思ったら、鯉だった。よく見ると、いたるところに鯉がいる。ただ、でかいのもいた。結構年をとっているのだろう。それと「ドイツ鯉」も。これはこれで、立派だった。
ということで、まずまず楽しめた出張であった。明日からの連休は、骨休めをしよう。
2016年10月5日(水) 明日から出張
高校での模擬講義と大学説明会のため、岐阜と名古屋をはしごする。留守中、若者たちは良い子にしているように。ま~、そのあとは連休だし、体休め、骨休めでもいいだろう。
ところで、連休明けは忙しい。11日にはひみラボでの定期調査。テレビ取材が入ることになった。若者にもマイクとカメラが向くかもしれないので、しっかり対応してもらいたい。そして、12日の合同調査は、私は行けないので、しっかり頑張ってくること。
私自身はといえば、空いた時間はもっぱら環境DNAの準備等々。でも、なかなか「空いた時間」がない。同時に、学会を機に一念発起(?)した、タナゴの再勉強の時間もなかなかとれない。そこで、明日からの出張を有効活用したい。特に、移動時間。ひたすら列車での移動になるのだが、行き先の都合上、富山から高山線の特急で、ひたすら南下することになる。つまり、学会と同じルートだ。で、この特急が遅い。。。でも、それは同時に、揺れが少ないことでもある。というわけで、車内で諸々の内職ができそうだ。そこで今日は、車内で読むためのタナゴ論文を印刷。しっかり勉強しよう。そして気分転換として、締切が迫ってきた科研費申請書も書いていきたい。こちらはパソコン持参のため、車内だけではなく、ホテルでも「残業」ができるはず。
でもその前に、気がかりなことが1つ。台風だ。今、ちょうど荒れている。明日の移動に支障がでないことを祈ろう。
2016年10月3日(月) 16年目突入
10月1日で、山崎研も16年目に突入した。タイトルページの画像を修正しなければならない。この16年間、研究室運営でもなんだかんだとあったが、まずまず、やってこれたのではないだろうか。そこで、16年目の抱負、、、といきたいところだが、今のところなし。目先の「楽しい」ことが沢山あるので、それをしっかりやっていこう。
さて今日は、大学の後期授業が始まった。そして朝一の講義で、地球生命環境理学のガイダンスを担当。今年はコーディネータなるものになっている。250名以上の学生さんを相手に話をしたのだが、はっきり言って、ここまで多くなると、人数の多寡がわからなくなる。緊張感で言えば、250人相手も、30人相手も同じだ。でも、学生さんたちは、思ったよりも真面目に聞いてくれていた。今後もこれが続くことを期待しよう。
さてその後は、庄川調査。私はもっぱらサポート役。個体は沢山採れるので、いいデータを積み重ねていってもらいたい。
調査から戻ったら、ちょっと息抜きをした後、実験。そもそも、夕方の時間を何に使うかを、のんびり考えようかと思ったのだが、えてして、そうやていると時間がだらだらと過ぎていく。ということで、やることが明確な実験をやっていった。対象はイタセンパラMS。今はひたすらPCRと310を続けるのみ。だが、最近、結構やっているため、第一目標であった「各池30個体」がそろそろ達成できる。そろそろ、次のサンプルの抽出をやっていったほうがいい。でも、今後の予定をみると、なかなかまとまった時間が採れない。結局のところ、やれるときに、やれることを、しっかりやっておく、に限る。
ところで、今日の調査は、比較的早く終わった。若者たちが片付けをしている間、私はぼ~っと池面をみていると、アメンボが。最初はあまり意識していなかったのだが、よく見ると、目の前にいるやや大きめの個体が、他の個体を追い出している。どうやら「縄張り」をまもっているようだ。一方で、特定の個体が近づいて来ると、追い払うことはなく、ちょっかいを出しては、戻る、という行動を示した。おそらく、相手はメスなのだろう。こうみると、アメンボの行動も結構面白い。そして、ググってみると、アメンボ研究は決して多くは内容だ。ということで、来年度の卒論テーマは、アメンボの繁殖縄張り!、、、嘘です。