El 1294 va ser escollit papa Bonifaci VIII. En 1296 va promulgar un anunci oficial o butlla anomenada clericis laicos, que amenaçava amb l’excomunicació automàtica a qualsevol que posés impostos al clergat sense permís del papa.
Les butlles pontifícies eren anomenades així perquè eren segellades amb una petita bola de plom o “bulla”. Les butlles pontifícies, sempre en llatí, s’anomenen segons les seves dues primeres paraules.
Si bé fins al moment els papes havien combatut amb èxit contra els monarques fent servir principis feudals, ara, d’acord amb el nou esperit nacionalista, era més difícil impulsar als senyors a revelar-se.
Felip IV va convocar una assemblea de membres representatius dels tres estats (la noblesa, el clergat i els burgesos) que es va anomenar Estats Generals.
Felip va entrar en una enemistat oberta amb el papa. Va començar prohibint totalment l’exportació d’or i plata del Regne. Això suprimia una part substancial de les rendes pontifícies. Però contra la seva voluntat, va veure’s obligat a tornar-se enrere.
En 1300, Bonifaci VIII va proclamar un jubileu o Any Sant per a celebrar el tretzè centenari del naixement de Jesús. Una multitud de peregrins va acudir a Roma i quantitats increïbles de diners van afluir al tresor pontifici per les ofrenes pietoses.
Al maig de 1303, Felip va fer que els seus advocats redactessin una llista d’acusacions detallades contra Bonifaci. Va convocar una conferència a París a la que van assistir eclesiàstics francesos i va acusar públicament al papa de delictes religiosos: heretgia, bruixeria, de col·locar imatges seves a les esglésies i fer-les adorar, d’haver obligat al seu antecessor a renunciar i d’haver-lo fet assassinar.
Bonifaci va preparar una butlla d’excomunicació, que incapacitaria al rei per governar i alliberaria a tots els seus vassalls de qualsevol jurament de lleialtat en vers ell. Però el dia que tenia que entrar en vigència la butlla, Felip va disposar a Roma un contingent preparat per entrar en acció. El papa, que estava a la seva residència d’estiu d’Anagni va ser capturat i maltractat i, tot i que va poder tornar a Roma alliberat, va morir a les poques setmanes.
Va ser succeït en el soli apostòlic per Benet XI, que va cedir davant Felip IV.
Quan Benet XI va morir, en 1304, va ser escollit papa Climent V, el candidat que havia proposat Felip IV. Per influència del rei de França, la seu pontifícia es va traslladar a Avinyó. Durant un període de seixanta-vuit anys, set papes consecutius van residir a la ciutat francesa.