Un organisme judicial anomenat “Inquisició” va ser creat al 1233. Examinava les sospites d’heretgia, investigava la qüestió (fent servir la tortura si era necessari, cosa que era comú en els procediments judicials de l’època) i després, si la sospita es confirmava, s’entregava l’heretge a l’autoritat secular per a què li donés mort.
La Inquisició va servir per suprimir les dissidències de tota mena, i en els llocs on va ser més activa, va tenir un efecte mortal sobre l’activitat intel·lectual i el desenvolupament cultural.