O Cemitério Portal das Cruzes foi aberto para enterramentos em 1893. Até o advento da República, em 1889, católicos e presbiterianos mantinham seus próprios cemitérios. Com a separação entre Igreja e Estado, fato advindo após a proclamação, o primeiro governo republicano, estimulou os municípios no sentido de que as necrópoles espelhassem a nova realidade.
Antigo cemitério
Em Botucatu, o antigo cemitério católico localizava-se na confluência da Marechal Deodoro e General Telles, ocupando todo o espaço onde era o Fórum da Comarca, nos fundos da antiga Matriz.
O cemitério presbiteriano, por sua vez, estava estabelecido na Boa Vista.
Essas duas necrópoles viram encerrar suas atividades, aos poucos, a partir do momento em que o Portal das Cruzes foi entregue, isto em 1893. Porém, ambos, foram desativados somente anos depois.
O cemitério Católico extinguiu-se-se quando funcionários da municipalidade, em 1899, promoveram o translado dos despojos que restaram após o prazo dado pelo intendente Ferraz de Sampaio.
O presbiteriano, por sua vez, foi desativado em 1906, quando a Mesa Synodal anunciou que passaria a usar o Portal das Cruzes.