Le microbiote est l'ensemble des microorganismes vivant dans un environnement spécifique(a), notamment sur un organisme supérieur, typiquement l'homme tel que considéré ci après. Autrefois appelé flore intestinale (qu'on pourra distinguer...), parfois qualifié (avec les intestins) de '2eme cerveau', il est de plus en plus étudié, car on lui découvre une importance de plus en plus forte à moult niveaux.
Le microbiote humain est prépondérant au niveau de l'intestin+colon, mais il est aussi présent sur toutes les muqueuses (vagin, bouche, yeux,...) et mème la peau. Il comprend majoritairement des bactéries (s.l.: dont des archées), et des levures/champignons (les protistes, vers,... en sont exclus, considérés comme temporaires/pathogènes).
Chez un homme type (70kg) il pèse 1 à 5 kg, compte 15-30 000 espèces, env.4.10^13 bactéries (1 à 10 par cellule humaine). Ces chiffres sont à prendre comme un ordre de grandeur, car le microbiote varie selon l'age, la santé, la région, l'organe,... Ainsi des chiffres inférieurs et supérieurs ont été avancés et popularisés, sur des considérations plus retreintes ou larges, et d'autres plus précises et compilées le seront (pour les différents microbiotes, populations,...).
Il reste que le microbiote est très important tant par sa quantité massique (dans l'intestin notamment) que sa diversité (d'espèces, de gènes, de roles).
Ainsi: l'etude MetaHit compte 3.3Mio de gènes et (seulement) 500espèces (160/individu) sur 124 individus [/inserm].
(a)Le microbiote environnement spécifique (appelé microbiome) chez un hôte (animal : zoobiote ; végétal : phytobiote ; aérien : aérobiote) ou une matière (d'origine animale ou végétale).
Exemples de bactéries microbiotiques:
Candida albicans est l'un des nombreux champignons qui peut naturellement se développer dans l'intestin, contribuant à la digestion, mais pathogène s'il se sur-développe ou colonise d'autres organes. Toute croissance anormale de cet organisme (Clostridium difficile) est nuisible, voire fatale pour l'hôte.
Le microbiote s'avère impliqué dans de nombreux fonctions biologiques normales, notamment digestive, métabolique, immunitaire et neurologique. Il joue un rôle particulier à certaines étapes de la vie, et en cas de dysfonctionnements qu'ils peuvent abonder ou contrer. La dysbiose, c'est-à-dire l'altération qualitative et fonctionnelle de la flore intestinale, est une piste sérieuse pour comprendre l'origine de certaines maladies, notamment celles sous-tendues par des mécanismes auto-immuns ou inflammatoires.
* Fonctions physiologiques
-immunité:
-digestion et métabolique:
-neurologie:
* Fonctions / dynamique particulières:
-bébé/primo-microbiotes: le microbiote s'installe dans les mois qui suivent la naissance: le bébé alors stérile dans le ventre de sa mère est exposé aux germes aériens et ceux de sa mère et cohabitants (notamment les microorganismes du sein, des mains, lors des calins; puis des premiers aliments). Il apparait que ces primo-infections sont essentielles pour la santé de l'enfant et même durant toute sa vie. La vie moderne expose à moins de germes du fait de l'hygiène de vie (nettoyage du corps; alimentation plus standardisée et/ou traitée) et aussi à plus d'agents polluants ou toxiques.
-période de maladie: le microbiote évolue à l'occasion de la plupart des maladies, qui affectent les conditions physiologiques globales ou locales (fièvre; paramètres sanguins modifiés qui vont agir sur les muqueuses;...). Avec parfois des conséquences bénéfiques (défense contre un infection) ou néfastes (déséquilibre qui permet à une espèce microbiote de devenir pathogène, ou faire la place à un agent pathogène
* Au final, le microbiote apparait donc au delà d'un commensalisme, effectuer des tâches utiles (digestion des sucres complexes; protection envers des pathogènes), voire essentielles à la survie de l'individu hôte. Les microorganismes du microbiote sont majoritairement commensaux (ils bénéficient de l'environnement sans nuire à l’hôte) mais aussi symbiotes (l'hôte bénéficie de leurs effets collectifs), alors que certains sont occasionnellement pathogènes mais aussi au global antagonistes envers nombreux autres pathogènes (microorganismes, vers, ...).
L'étude de plantes et animaux élevés en conditions stériles montre qu'il devient difficile de considérer le microbiote comme purement commensal et qu'il est risqué de vouloir considérer l’hôte sans microbiote. Dans certains cas, l'hôte ne peut vivre sans certains µorga de leur microbiote. Et inversement, la plupart des µorga du µbiote dependent de l'hote (ex homme) ou meme de plusieurs (ils passent aussi leur vie sur les végétaux et autres animaux, meme le sol, l'eau ou l'air). On pourrait même renverser la notion d'hote/commensal ou symbiote: l'homme (ou l'animal, ou la plante,...) dépend au final de facon quasi obligée des microorganismes du microbiote (et assurément des autres: dans le sol, ...). C'est autant lui qui habite aux dépens et autour des µorganismes, que les µorga n'habitent et dépendent du µenvironnement dans et sur l'homme (et autour). L'interdépendance, qu'elle soit directe et évidente, ou indirecte (lointaine, répartie, lâche,...), conduit à penser l'homme comme un chimère de cellules humaines et µorganismes que son microbiote (on pourra y rajouter les mitochondries, des exogènes,... - cf §- comme des composants d'un ordre de vie (et au final de la biosphère, de l'univers). Il est un tout chimèrique (
Au delà de l'importance de la dynamique du microbiote au niveau d'un individu au cours de sa vie (selon son age, sa santé, au cours d'infections ou accidents), on comprend que le microbiote varie et joue un rôle important aussi au niveau d'une communauté, qui se le partage en équilibre avec l'environnement (le microbiote est lié à l'alimentation, les modes de vie/hygiène, accouchement,...).
Sur le long terme, La théorie hologénomique de l'évolution (en) postule que les forces évolutives agissent sur l'holobionte (animal ou plante associé à leurs microbiotes) et que le devenir évolutif des symbiotes est lié à celui de l'hôte.