パエリアとマフィンは聖フルータス学園に通う1年生。世界一美味しい料理を食べるというパエリアの夢のため、将来自分だけの食堂を持つ事を目指し勉強していた彼らは、ある日図書室で見つけた紫色の本でどんな病も怪我も治してしまう伝説の調味料「秘伝スパイス」の存在を知る。それを使った健康料理を看板メニューにする事を思いついた二人は、校外学習【宝探し】で秘伝スパイスを探す旅に出ることに。
しかし秘伝スパイスは代々ヌシと呼ばれる一族に守られているためどうしようかと悩んだパエリア達は、街で知り合った元エリアゼロ観測隊員にしてテラスタル技術の発案者である青年・リンドに用心棒兼保護者の役割を頼む。
道中の街で追われていた社長令嬢アラサルや生気を吸う体質の少女トルティ、そして秘伝スパイスを薬として扱う一族オルチャータも仲間に加えながら、ヌシ達を説得し、時に力を示し、秘伝スパイスを手に入れるべく冒険する。
アラサルとトルティは聖フルータス学園の1年生。
学業にバイトにと日々忙しく過ごしていた二人は、ある日仲の良い生徒シルバーがクラスメイトに絡まれている現場に遭遇。アラサルが聞き出したところ、ある人物に言われてクラスで彼をいじめていたという。
激怒したアラサルはトルティと同じく友人のトライド、ティンタゼルを巻き込んで黒幕探しを始めることに。
そんな彼等の前に「協力したい」と現れたのは、生徒会の一員である先輩レクトとオークスで…。
いつものように食堂を経営していたパエリアの元に、アゲートが「ラピスがエリアゼロに行ってしまった」と助けを求めに来る。
そんな中各地でテラスタル結晶の急激な侵食が開始。真相を探るためエリアゼロ最奥へ潜った彼らの前に立ち塞がったのはラピスと、かつてサングリアとアゲートが人として転生した時に切り離された【悪魔長】と【天使長】の神格の残骸だった。
タイムマシンを動かし地上を古代の時代へ巻き戻そうとするラピスだったが、暴走する二対の神格とタイムマシンのエネルギーにあてられて暴走したままテラスタルを発動。
彼らを止めて地上を守るため、天使も悪魔も手を取り合った戦いが始まる。
エリアゼロの戦いからしばらく後。新メニューで行き詰まっていたパエリアは、遠く離れたキタカミの里で開かれるという夏祭りの噂を聞き、インスピレーションと未知の食材を求めてマフィン、オルチャータと共にキタカミの里へ飛ぶ。
現地で出会ったエペタムやクラレントも巻き込んで祭りを回るパエリア達だったが、マフィンとオルチャータの行方が突如分からなくなってしまう。
取り乱すパエリアだったが、そんな中里で崇められる三英雄が復活。マフィンとオルチャータの魂を完全な蘇生のためのエネルギーとして狙った彼等は、パエリアの魂も手に入れるべく襲いかかってくる。
一方、謎の森へ囚われたマフィンとオルチャータは遥か昔から異界に囚われた鬼の少女アムリタと、異界に迷い込んだ中性的な少年【笛吹】に出会い…。
エリアゼロの事件から数ヶ月、ラピスは「天使でなくなった自分はどうすればいいのか」と思い悩んでいた。
そんなある日、目覚めると手がテラス結晶に覆われ始めていた。アゲートに相談した結果、「エリアゼロの管理者であり【記録の神】ラブクラフトにしか治療出来ない」と知り、彼の端末が学園長を務めるブルーベリー学園に交換留学という形で向かうことに。
が、いざ出会ったラブクラフトには「大事なことを忘れている」「それを思い出せたら治してやろう」と持ちかけられ、ラピスは欠けている前世の記憶を取り戻すべく奔走する。
同じクラスになったケイトと教師のククル、ケイトの友人リリオンと共に一週間過ごし、戻らない記憶に焦っていたラピスは、結晶化の影響で足が動かず階段から転落してしまう。
が、次目を覚ました時何故か時間が1日目の朝に巻き戻っており…？
