Charles Quint est né le 25 février 1500 à Gand. Il est le fils de Philippe de Habsbourg souverain des Pays-Bas et de Jeanne de Castille. Sa langue maternelle est le français mais il parle aussi couramment l'allemand, l'anglais, le flamand et l'espagnol.

Le 15 juin 1515, il succède officiellement à son père. Le 14 mars 1516, suite à la mort de Ferdinand d'Aragon, il est proclamé roi d'Espagne à Bruxelles et le 23 octobre 1520, il est sacré empereur du Saint Empire à Aix-la-Chapelle. Lors de cette élection, il bat le roi de France François Ier ce qui sera à l'origine des conflits qui opposeront la France, l'Espagne et l'Autriche. Ce conflit aura une grande influence sur le tracé futur des frontières de l'état belge.

A partir de ce moment, Charles ne réside plus dans les Pays-Bas et confie la gestion des territoires à des gouverneurs en l'occurrence à sa tante Marguerite d'Autriche puis à sa sœur Marie De Hongrie. L'utilisation de gouverneurs sera la grande caractéristique du gouvernement des Pays-Bas pendant toute la domination des Habsbourg. Jusqu'en 1543, Charles va acquérir d'autres territoires dans le nord des Pays-Bas et dans le sud. Il va ainsi réunir ce qu'il appellera les XVII provinces.

Comme on peut le voir ci-contre, elles représentent l'entièreté du territoire actuel de trois pays : le royaume de Hollande, le royaume de Belgique et le Grand Duché de Luxembourg ainsi qu'une partie du nord de la France. Une principauté dépendant du Saint Empire est incluse dans ce territoire. Il s'agit de la principauté épiscopale de Liège qui restera indépendante jusqu'en 1795.

Pendant le règne de Charles, le protestantisme va s'implanter rapidement dans les XVII provinces.

A son abdication, son fils Philippe II devient roi d'Espagne et souverain des Pays-Bas. En 1559, il obtient de Rome la création de nouveaux évêchés dont celui de Namur avec le droit de nommer les évêques ce qui ne va guère plaire à la haute noblesse qui perd ainsi une possibilité de placer les cadets de famille dans des fonctions particulièrement lucratives. Les protestants rêvent d'obtenir la liberté religieuse et la réforme devient vite majoritaire dans certaines régions du nord en particulier en Hollande et en Zélande. Philippe, fervent catholique, veut reprendre les choses en mains et les heurts entre le pouvoir, les nobles et les protestants vont se multiplier. Durant la période de 1559 à 1577, les troubles s'amplifient et des conflits armés se multiplient dans le territoire. Ils se termineront par la scission des XVII provinces. Les sept provinces du nord vont devenir en janvier 1579, les Provinces-Unies dont l'indépendance ne sera reconnue officiellement par l'Espagne qu'en 1648. Les dix provinces du sud seront reprises en mains par les espagnols et le protestantisme pratiquement éradiqué.

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Après la perte des Provinces-Unies, les Pays-Bas espagnols vont de nouveau voir leur territoire diminué par l'expansion de la France vers le nord. Ils perdent ainsi la Flandre française, l'Artois, le Hainaut français et une partie de la Lorraine.

Entre 1621 et 1713, les Pays-Bas créés par Charles Quint seront amputés d'un tiers de leur territoire.