Dès 1936, le gouvernement et le roi Léopold III ont tenté d'améliorer les capacités de l'armée belge mais lorsque la guerre éclate, cette modernisation est insuffisante notamment au niveau des chars et de l'aviation.

Le 10 mai 1940, les Allemands envahissent la Belgique et la Hollande. Le 14 mai, cette dernière capitule. Les troupes allemandes percent le front français du côté de Sedan et les troupes anglaises se replient. Dès lors, l'armée belge est seule et pratiquement encerclée. Le 28 mai, le roi signe la reddition et prend une décision lourde de conséquences. En tant que commandant en chef, il décide de rester prisonnier de guerre avec ses soldats. Il sera détenu en Belgique puis transféré en Allemagne. Le gouvernement belge après s'être replié en France, gagne Londres.

Pendant l'occupation, la production industrielle et agricole est réorientée pour alimenter l'Allemagne et 190000 travailleurs forcés y seront envoyés. Les deux partis extrémistes de droite vont collaborer avec les Allemands et certains de leurs membres s'engageront même dans la Waffen-SS pour combattre sur le front de l'est.

Des réseaux de résistance s'organisent rapidement et se spécialisent dans le renseignement, le passage de volontaires pour former une armée en Angleterre, l'exfiltration des pilotes alliés abattus, le sabotage et l'élimination des collaborateurs.

Dans le cadre d'une Flamenpolitik entre 1940 et 1941, l'Allemagne libère 106.000 prisonniers de guerre flamands. Les 65000 francophones resteront emprisonnés jusqu'en 1945.

La question royale

Le rôle de Léopold III a été très critiqué à la fin de la campagne des 18 jours en 1940 ainsi que son attitude pendant son emprisonnement. Son retour en Belgique n'est pas souhaité par une partie de la population. Après un référendum, 58 % des électeurs acceptent son retour mais il y a une véritable cassure entre le nord (favorable) et le sud (défavorable) du pays. Il abdiquera en 1950 au profit de son fils Baudouin Ier.