Una década más tarde, arriban los dominicos Fray Antonio Pastor y Fray Mariano Amaro. Si Fray Mariano es el iniciador de los Libros de Bautismos, Matrimonios y Defunciones, a Fray Antonio le espera recibir al nuevo Obispo de Buenos Aires.
La visita de Monseñor Sebastián Malvar y Pinto es decisiva. El enérgico franciscano necesita tomar contacto personal con los pobladores de su diócesis. Proveniente de España, llega a Montevideo, recorre la Banda Oriental del Uruguay y desde Santo Domingo Soriano ingresa al Partido de Gualeguaychú. Advierte la austeridad, la pobreza y la soledad de los habitantes. Escucha sus reclamos: derecho a la propiedad de la tierra que ocupan y trabajan; protección ante las amenazas y los atropellos de los grandes terratenientes que intentan desalojarlos y asistencia religiosa permanente. Al terminar su visita pastoral en 1780, informa al Virrey Vértiz sobre el estado espiritual de las poblaciones. Solicita su aprobación para erigir parroquias. Y el Virrey contesta afirmativamente. En marzo de 1782 llega a la Capilla de Nuestra Señora del Rosario y de San José el primer párroco de Gualeguaychú, Presbítero Doctor Mateo Fortunato Gordillo y López.
Don Thomás de Rocamora ya está en la región. Al recorrerla, observa el nucleamiento alrededor de la Capilla. El Sargento Mayor de Dragones de Almanza considera que el lugar no es apropiado para plantificar un pueblo.
Es una zona anegadiza, pantanosa. La ciudad se establecería en terreno distante "poco más de una legua"... "en la caída muy suave de una cuchilla espaciosa..." El 18 de octubre de 1783 funda Gualeguaychú. Debe dar santos patronos, según las disposiciones vigentes. Pero al comunicar al Virrey, el día 20 escribe: "La Patrona de esta Capilla es la Virgen del Rosario, San José el Compatrón, la Virgen misma es Patrona también de Paraná, para donde podría reservarse y quedar San José de Gualeguaychú para dar nombre y tutela a su reciente Villa". Don Thomás no impone; tiene en cuenta la devoción popular, nutrida por la evangelización dominica y franciscana. El Virrey debe dar su aprobación.
Pero la confirmación virreynal no llega. Entonces cansados de esperarla, los cabildantes acuerdan el 13 de abril de 1801 en reunir un Cabildo abierto para tratar este asunto. Se confía al señor Alcalde, don José Elías Peñalva, la invitación "de los sujetos más calificados". Con el correr de los días, se fija el domingo 8 de Junio para celebrar esta sesión. Por Bando se comunica a todos los pobladores.
A casi dieciocho años de su fundación, Gualeguaychú aún no ha construido su edificio capitular. ¿Dónde se reunirán los vecinos en esta oportunidad?.
En el amplio espacio de la Plaza Mayor, más precisamente, junto al pozo de balde. Y allí con el Cabildo, Justicia y Regimiento junto al Pueblo, treinta y dos varones en forma individual, ordenada y unánime pronuncian públicamente a viva voz, su voto a San José para Patrono de la villa.
En nota de 22 de junio de 1801, el Párroco Gordillo y los cabildantes José Elías Peñalva, Juan Melgar Pérez, Tomás José de León, Pedro Ceballos y Eugenio Gómez, expresan al Virrey que "el Pueblo de Gualeguaychú" quiere la confirmación del Patronazgo. El Virrey Joaquín del Pino aprueba la elección el 5 de agosto de ese año. Esto se incorpora al expediente de la fundación de la Villa. Se remite al Rey para su Soberana aprobación.
Finalmente, para el segundo domingo de octubre de 1802 se invita a la solemne colocación del glorioso Patriarca San José, por Patrono de este pueblo.