PARTE III
Al cumplirse el primer Siglo de iniciada la conquista, la civilización y evangelización de la población indígena de América, aún no había dado sus frutos.
Hernandarias, frente a este problema, buscó soluciones y solicitó permiso al Rey para incorporar las Comunidades Misioneras en las tareas de evangelización.
En las primeras gestiones, logró la presencia de setenta y dos misioneros jesuitas alemanes que, además de ser sacerdotes, debían ejercer algún oficio como ser: albañil, carpintero, herrero, escultor, orfebre, etc.
Con ellos inició la fundación de poblaciones de indígenas guaraníes en la zona de Guayrá (hoy Paraguay) y sobre los ríos Paraná e Iguazú, organización que llamaron Misiones de los Jesuitas.
Las primeras se fundaron en las postrimerías del Siglo XVI, y mayoría a comienzos del Siglo XVII. Llegaron a ser más de treinta pueblos de indígenas guaraníes que poblaban la zona y que se manifestaron claramente en actitud amistosa y con espíritu de asociarse con los "blancos".
El 16 de diciembre de 1617, el Rey Felipe III estableció la división de la Provincia del Río de la Plata y Paraguay. La Gobernación del Río de la Plata comprendía a Trinidad de Santa María de Buenos Aires, Santa Fe, San Juan de Vera de las Corrientes y Concepción del Río Bermejo.
La otra Gobernación, que se instituyó del Guayrá: a Asunción, como cabeza de su gobierno, y a Guayrá de Villa Rica del Espíritu Santo y a Santiago de Jerez.
El Rey nombró Gobernador de la del Río de la Plata a Diego de Góngora y Hernandarias fue al Paraguay donde ejerció el cargo hasta el 12 de octubre de 1618.
A partir de la destrucción de las Misiones de Guayrá por las bandeirantes paulistas, en 1631, su gobierno se llamó Provincia del Paraguay.
Cuando refiere a la designación de Hernandarias como Gobernador de Asunción, el padre jesuita José Guevara -historiador del Siglo XVIII- expresa: "Floreció un insigne Caballero conocido por sus proezas en las guerras contra infieles, insigne protector de indios, enemigo declarado de bullicios y disturbios; prudente celoso del bien común y defensa de los reales derechos: Hernando Arias de Saavedra, natural de la Asunción del Paraguay, que se gloria de haber dado cuna a uno de los mejores sujetos del nuevo mundo, esclarecido en las artes de la paz y de la guerra, de prendas tan sobresalientes, que su retrato colocaron los ministros de la Casa de la Contratación de Sevilla en una de sus salas, entre los héroes eminentes que han producido las indias."
Después de veintiséis años ejercer como Gobernador, en carta al Rey, año 1624, decía: "En los 60 años de mi edad, los 45 muy dicho sanamente empleados en servicios de Vuestra Majestad... Lo que significa que hay veinte años en que sirvió al Rey en tareas ajenas a sus funciones como Gobernador.
Para lograr un ordenamiento en las misiones, Hernandarias organizó un Sínodo al que se convocaron las ciudades para lograr la paz y concordia entre los prelados y los gobernadores, a fin de ordenar todo lo que conviniese al Servicio de Dios y del bien público.
Uno de los resultados de aquel Sínodo fue el dictado de las ordenanzas de los indios.