প্রথমদিকে ডাক্তার জাকির নায়েক তাঁর গর্হিত মতবাদগুলো গোপন রেখেছেন । তখন শুধুই বিধর্মীদের মুকাবিলায় ইসলামের সত্যতা প্রমাণে তৎপর ছিলেন এবং নিজের ভ্রান্ত মতবাদ প্রচার থেকে নীরব থাকেন । এমনকি কেউ দ্বীনের কোন ইখতিলাফী বিষয়ে প্রশ্ন করলে তিনি উত্তর দিতেন- এটা আমার আওতার বিষয় নয় । আমার আওতার মধ্যে প্রশ্ন করুন । তখন সবাই তাঁর এ ভূমিকাকে স্বাগত জানিয়েছেন ।
অবশ্য তখন তাঁর লেবাস-পোশাক বিধর্মীদের ন্যায় হওয়া, তাঁর কনফারেন্সে নারী-পুরুষের বেপর্দা সহাবস্থান, তাঁর টিভিভিত্তিক প্রচার কালচার প্রভৃতি বিষয়ে আলেমগণের আপত্তি ছিল, তবে ইসলামের পক্ষে বিধর্মীদের বিরুদ্ধে তাঁর প্রচার তৎপরতা সীমাবদ্ধ থাকার কারনে জোরালোভাবে কেউ তাঁর বিরুদ্ধাচারন করেননি ।
কিন্তু এভাবে জনপ্রিয়তা তুঙ্গে উঠার পর তিনি যখন তাঁর ভ্রান্ত মতবাদ প্রচারের গোপন মিশন শুরু করেন, তখন সহীহ দ্বীন ও ঈমান রক্ষার তাগিদে চতুর্দিক থেকে দ্বীনের ধারক-বাহক উলামা-মাশায়িখ ও ইসলামী স্কলারগণ তাঁর সম্পর্কে প্রতিবাদ করেন এবং মুসলিম জনসাধারণকে তাঁর ভ্রষ্টতার সম্পর্কে হুশিয়ার করেন । সেই সাথে তারা তাঁর ভ্রান্ত-মতবাদের বিপক্ষে দ্বীনের সহীহ মাস’আলা দলীল প্রমাণসহ জনগণের সামনে উপস্থাপন করেন । এ অবস্থায় সর্বস্তরের সুন্নি উলামায়ে কিরাম এমনকি তাঁর নিজের সম্প্রদায় তথা আহলে হাদীসের কিছু সংখ্যক মৌলভী পর্যন্ত জাকির নায়েকের বিরুদ্ধে ফাতোয়া দিয়ে জনগণকে সতর্কে করেছেন ।
তেমনিভাবে মুসলিম জনগনকে ডাক্তার জাকির নায়েকের গোমরাহি সম্পর্কে সতর্ক করে ইলমে দ্বীনের প্রাণকেন্দ্র মাদ্রাসাগুলো থেকে ফাতোয়া প্রকাশ করা হয় ।