Jatkosodan alkaessa koulurakennus otettiin muuhun käyttöön. Kemiin tulleet saksalaiset ottivat sen sittemmin omaksi esikunnakseen. Ruokasali toimi sotasairaalana.
Suurin osa luokista toimi ammattikoulun rakennuksessa, jossa oli kolme luokkaa ja piirustussali. Kemin työväentalossa oli neljä luokkaa ravintolasalissa ja ns. painivintillä. Omassa rakennuksessa oli yksi luokkatila. Ylin luokka työskenteli maistraatin istuntosalissa.
Vuoden 1943 lopulla kaikki luokat siirrettiin vasta valmistuneen Kemin Pirtin tiloihin. Näin kaikki luokat toimivat taas samoissa tiloissa.
Lapin sodan alettua ja saksalaisten lähdettyä Kemistä syksyllä 1944 koulurakennus varsin nopeasti otettiin taas oman koulun käyttöön.