I miracoli, più belli e più numerosi, attribuiti all'intercessione di san Bonaventura, sono compiuti in favore della sua città adottiva, Lione, che custodiva la sua tomba. Notiamo tra l'altro, quello del 1628. In quell’anno scoppiò una peste che toccò i quartieri più popolosi. Così, la gente, spaventata, ricorse a san Bonaventura, loro patrono. Subito i fedeli portarono le sue reliquie in processione, e ben presto il flagello scomparve, come se fosse spinto da un braccio invisibile.