L'anno 1274 partecipai al Concilio di Lione, nel corso del quale san Bonaventura morì, forse a causa di un avvelenamento (stando almeno a quanto affermò in seguito il suo segretario, Pellegrino da Bologna). Il Papa insieme con cinquecento vescovi e circa un mila dei prelati e teologi parteciparono al suo funerale. (Ebbe, dunque, un funerale da re). Lo stesso papa, Gregorio X, prese la parola e enunciò un elogio nei suoi confronti.
Pierre de Tarentasie, futuro papa Innocenzo V, presiedette le sue esequie e poi venne inumato nella chiesa francescana di Lione.
I cronisti dicono che quel giorno tanti malati riacquistarono la salute.
Nel 1434 la sua salma venne traslata in una nuova chiesa, dedicata a San Francesco d'Assisi; la tomba venne aperta e la sua testa venne trovata in perfetto stato di conservazione: questo fatto facilitò la sua canonizzazione, che avvenne ad opera del papa francescano Sisto IV il 14 aprile 1482.
Un altro francescano, papa Sisto V, compì la sua nomina a dottore della Chiesa, il 14 maggio 1588.
Così ebbe inizio il suo culto.
Liturgia della festa di san Bonaventura
La messa dedicata per la festa di san Bonaventura nel Graduale romano-serafico (1924)
Liturgia delle ore per la festa di san Bonaventura (in polacco)
Le reliquie di san Bonaventura
Le feste patronali di san Bonaventura
I testi di san Bonaventura nel Breviario
Litania (pl)
Novena (esp)
Preghiere per la intercessione d san Bonaventura
Inni e Canti in onore di san Bonaventura:
Le chiese dedicate al culto di san Bonaventura:
Le presenze francescane a dedicate a san Bonaventura (Provincie, missioni, conventi...)
Istituzioni scolastiche a dedicate a san Bonaventura:
Collegi e scuole
Le memorie di san Bonaventura:
nel santuario della Verna (video)
Bonaventura da Bagnoregio è venerato come santo della Chiesa cattolica, che celebra la sua memoria il 15 luglio.