De conformidad con lo establecido en el artículo 589 del COIP, el procedimiento ordinario en la legislación ecuatoriana se encuentra dividido en dos fases, la primera que comprende una fase pre procesal de investigación previa la cual de conformidad con los artículos 580 y siguientes del COIP se encuentra a cargo de la Fiscalía General del Estado y se constituye como su nombre lo indica en una fase de indagación anterior a la acusación y eventual llamamiento a juicio; y, una fase procesal que se desarrolla a su vez en tres etapas: 1. Instrucción, 2. Evaluación y preparatoria de juicio, y 3. Juicio. En lo que atañe propiamente a la investigación previa, a través de la actuación de la Fiscalía se reunirán los elementos de convicción, de cargo y de descargo, que permitan a la o al fiscal decidir si formula o no la imputación y de hacerlo, posibilitará al investigado preparar su defensa. Con lo dicho se tiene que ante un eventual escenario en el cual se decida formular cargos a una persona y está formalmente se convierta en procesada, se debe partir de la premisa que todas las actuaciones y diligencias recabadas durante la fase de investigación constituyen únicamente elementos de convicción que le han servido al titular del ejercicio de la acción pública para deducir la imputación, por lo que en el caso de que durante esta fase se haya recabado algún indicio con violación al trámite o al debido proceso, se debería solicitar la exclusión probatoria en la etapa de evaluación y preparatoria de juicio. 

En materia penal, el recurso de apelación es procedente solamente en los casos y en las formas determinadas en el COIP, por ende no resulta jurídicamente correcto aplicar las reglas que por sobre esta institución están contenidas en el COGEP.