Si insedia un nuovo regime. Il 9 febbraio il Che diventa naturalizzato cubano e tra giugno e settembre dirige una delegazione economica cubana all'estero. Al suo ritorno, in novembre, fu nominato capo della Banca Nazionale di Cuba. Tra il 1959 e il 1961, la leadership della rivoluzione cubana si converte al marxismo, sotto l'influenza del processo rivoluzionario, la pressione delle masse lavoratrici e l'influenza di Guevara. Nel 1962, il Che divenne membro della Direzione delle Organizzazioni Rivoluzionarie Integrate, il nucleo del futuro Partito Comunista Cubano. Cercò inoltre di organizzare la transizione da un'economia capitalista a una socialista nel modo più efficace possibile. Il 23 febbraio 1961 venne nominato ministro dell'Industria. Il suo obiettivo è duplice: trasformare la fatica in un lavoro che arricchisca le persone e sviluppare un'economia socialista cubana libera dalla dipendenza dall'estero. Per contrastare il sottosviluppo, il Che ha sostenuto una grande industrializzazione, che significava affidarsi principalmente ai lavoratori. Per quanto riguarda i contadini, il Che promosse la riforma agraria e l'agricoltura mista, che aumentò il loro tenore di vita. Ma da quel momento in poi, per Guevara, solo la classe operaia poteva far uscire il paese dal sottosviluppo e dalla dipendenza e garantire una sufficiente accumulazione economica. Per questo lanciò un vasto piano di industrializzazione, basato sulla creazione di nuove industrie e sull'uso di tecniche industriali moderne. Nel 1963 e nel 1964, il Che avvia un grande dibattito nazionale e internazionale sulla via economica al socialismo. Si oppone ai meccanismi di mercato e all'uso esclusivo di incentivi materiali individuali per incoraggiare i lavoratori a produrre di più, preferendo incentivi morali e incentivi materiali collettivi. Durante questo dibattito invitò a Cuba l'economista trotzkista Ernest Mandel, dimostrando il suo approccio non dogmatico al marxismo (dato che all'epoca gli stalinisti chiamavano i trotzkisti "controrivoluzionari"). Allo stesso tempo, il Che approfondisce la sua conoscenza del marxismo e rilegge Il Capitale di Karl Marx.

Il Che vedeva nell'internazionalismo proletario un baluardo contro la degenerazione della rivoluzione. Ma per lui l'internazionalismo era anche una necessità “esterna”. Guevara era convinto che il successo della rivoluzione cubana contro le burocrazie sovietica e cinese fosse legato al destino della rivoluzione latinoamericana. Il suo internazionalismo si basava anche sulla comprensione dello stretto legame tra i processi rivoluzionari su scala globale: l'imperialismo come sistema mondiale poteva essere sconfitto solo in un grande confronto globale. Il Che ha compreso l'unità organica del capitalismo mondiale e la necessità di una strategia rivoluzionaria unitaria su scala internazionale. Le lotte proletarie di ogni paese sono parte di un tutto, che si estende al confronto generale tra borghesia e proletariato. La lotta di classe è diventata internazionale, come la circolazione dei capitali e la fluttuazione dei prezzi.

Subito dopo la vittoria della rivoluzione, il Che fece molti viaggi all'estero, non solo per scopi diplomatici. Visitò l'India, il Giappone e l'Indonesia, si entusiasmò per la rivoluzione algerina e per i primi fermenti della resistenza palestinese e si recò in Jugoslavia. All'inizio, l'affermazione della natura unitaria del processo rivoluzionario andava di pari passo con una fiducia un po' ingenua nel ruolo dell'URSS. Ma dal 1962 in poi l'accento fu posto sul legame diretto tra le lotte rivoluzionarie, mentre cresceva la disillusione del Che nei confronti del "socialismo reale".

Nel 1967, quando il Che propose lo slogan “Uno, due, tre, molti Vietnam”, espresse per la prima volta un orientamento rivoluzionario mondiale che non sposava la causa di uno stato in particolare, ma quella del proletariato internazionale nel suo complesso. Per mettere in pratica questa convinzione cercò di aprire un nuovo fronte in America Latina, di rompere l'isolamento di Cuba e di venire in aiuto del Vietnam. Nel Messaggio alla Tricontinentale (qui in inglese), le critiche del Che sono ancora più esplicite: egli paragona l'appoggio del "mondo progressista" alla causa vietnamita all'incoraggiamento della plebe romana ai gladiatori che combattono nel circo. Non si trattava di "augurare il successo alla vittima dell'aggressione, ma di condividere il suo destino di morte o di vittoria".

Al Che si può certamente rimproverare di aver dato troppa priorità al Terzo Mondo nella sua concezione della lotta di classe planetaria e di non aver avvertito la necessità di una rivoluzione anti-burocratica in URSS e nei paesi dell'Europa orientale. Resta il fatto che, dopo Trotsky, nessun militante rivoluzionario aveva posto l'internazionalismo al centro della sua teoria e della sua pratica militante.

Per gli stalinisti, la rivoluzione in America Latina poteva essere solo “borghese-democratica”, limitata alle città e con un'alleanza con l'esercito o parte di esso. Per Guevara, al contrario, il carattere socialista della rivoluzione implicava la distruzione dell'apparato militare-burocratico dello stato borghese. E per distruggere l'esercito, era necessario opporgli un esercito rivoluzionario. La guerriglia era quindi la continuazione armata della politica rivoluzionaria, soprattutto nei paesi in cui la dittatura rendeva impossibile la lotta legale ed elettorale. Il Che ha definito gli assi tattici e strategici della guerriglia in America Latina.

La sua premessa fondamentale era che la lotta armata doveva essere condotta nelle campagne, perché:

• la popolazione rurale è la maggioranza in America Latina;

• i contadini poveri e il proletariato agricolo sono sovrasfruttati e miserabili, e quindi hanno un grande potenziale rivoluzionario;

• le insurrezioni urbane limitate alla città sono destinate a fallire;

• la campagna offre maggiore sicurezza (più terreno d'azione, più nascondigli, ecc.).

In realtà, il Che sottovalutava le possibilità di lotta nelle città. Nei suoi scritti non ha mai analizzato i grandi movimenti sindacali (la CUT in Cile, la COB in Bolivia, i sindacati argentini, ecc.), e nemmeno i movimenti contadini come le Leghe contadine in Brasile. Negli anni '70, la guerriglia urbana dei Tupamaros in Uruguay ha dimostrato che la lotta urbana è possibile, soprattutto, ovviamente, nei paesi con grandi popolazioni urbane. Inoltre, la coscienza rivoluzionaria delle masse non è sistematicamente legata al loro stato di miseria. Infine, la campagna non è un “santuario” per la lotta rivoluzionaria - la stessa cattura del Che lo dimostra.

Il secondo postulato di Guevara è che non è necessario aspettare che tutte le condizioni siano soddisfatte per fare una rivoluzione: il foco insurrezionale può realizzarle. Il foco deve fungere da catalizzatore, esacerbando le contraddizioni di classe quando si scontra con le autorità e mostrando alle masse che è possibile lottare e vincere. Contro l'atteggiamento attendista dei PC tradizionali, tuttavia, Guevara non sviluppò nemmeno un volontarismo cieco: riconobbe che la creazione del primo centro guerrigliero richiedeva un insieme di condizioni favorevoli. Una posizione dialettica di questo tipo va oltre il meccanicismo e l'idealismo: la pratica dell'avanguardia è il prodotto di condizioni date, ma può essere a sua volta creatrice di nuove condizioni. Così, un nucleo di poche decine di uomini può creare le condizioni per la sua crescita e portare le masse a sostenerla. La guerriglia non è quindi affare di una minoranza.

L'influenza di Mao Zedong sul Che è evidente. Come il leader cinese, Guevara credeva che la guerriglia progredisse non solo con metodi militari, ma anche con metodi politici, sia con la propaganda che, soprattutto, con i fatti (attuando la riforma agraria nel territorio che controllavano). La guerriglia deve essere portata a costituire un potere alternativo a quello a cui si oppone. Tuttavia, come sottolinea Michael Löwy, le idee del Che tendevano “a ridurre la rivoluzione alla lotta armata, la lotta armata alla guerriglia e la guerriglia al piccolo nucleo del foco”. La lotta armata non si limita alla guerriglia, ma può anche assumere la forma dell'insurrezione popolare al termine di un periodo di lotte sempre più radicali, o essere il risultato di uno sciopero generale insurrezionale. Inoltre, il Che trascurava il fatto che alcuni paesi latinoamericani con grandi popolazioni urbane, come l'Argentina e l'Uruguay, non si adattavano bene al modello cubano. Il Che adottò anche i “tre momenti della guerriglia” teorizzati da Mao:

• il momento della “difesa strategica”, quando la guerriglia si difende portando a termine i piccoli e limitati attacchi che sono alla sua portata;

• il “punto di equilibrio”, quando si stabiliscono le possibilità di azione del nemico e della guerriglia;

• il momento finale, quando il nemico viene sopraffatto.

Tuttavia, Guevara si discostava dalle concezioni maoiste su almeno due punti:

• per lui non era necessario che il nucleo iniziale della guerriglia comprendesse elementi urbani;

• contro le concezioni gradualiste dei maoisti e degli stalinisti, sosteneva che la rivoluzione assumeva immediatamente un carattere socialista.

Inoltre, l'atteggiamento della guerriglia nei confronti dei nemici era molto diverso. I guerriglieri guidati dal Che non hanno mai giustiziato i soldati e gli ufficiali nemici fatti prigionieri.

Per il Che, la realizzazione del comunismo doveva collegare “socialismo economico” e “morale comunista”. Guevara ha spiegato in diverse occasioni che un autentico rivoluzionario deve essere guidato dall'amore e cercare di vedere le ingiustizie commesse nel mondo come ingiustizie personali. Per il Che, l'autentico marxismo incorpora l'umanesimo come parte necessaria della propria visione del mondo. Come umanista, apprezza la rivoluzione cubana come sistema che ha messo “l'uomo al centro”. Ma allo stesso tempo prende le distanze da un umanesimo “al di sopra delle classi”, in ultima analisi borghese. L'umanesimo del Che è infatti un umanesimo rivoluzionario, espresso nella sua concezione del ruolo dell'uomo nella rivoluzione, nella sua etica comunista e nella sua visione dell'uomo nuovo. Per Guevara, l'umanesimo marxista è un antidoto al fanatismo e non è estraneo all'antidogmatismo:

Bisogna avere una grande dose di umanità, una grande dose di senso della giustizia e della verità per evitare di cadere negli estremi dogmatici, nel freddo scolasticismo, nell'isolamento dalle masse. Dobbiamo lottare ogni giorno affinché questo amore per la vita umana si trasformi in fatti concreti, in atti che servano da esempio, da mobilitazione.

Il marxismo del Che è antidogmatico, creativo e vivo. Il marxismo deve essere in “creazione continua”, sviluppandosi con le trasformazioni della realtà stessa. Il metodo marxista è soprattutto una guida all'azione.

L'umanesimo del Che lo porta ad assegnare al socialismo il ruolo di creare un "uomo nuovo", impregnato appunto di etica socialista. È questa visione, in particolare, che spiega le posizioni relativamente antisovietiche assunte durante il dibattito economico del 1963-1964, perché, come spiegò nel 1965:

Perseguendo la chimera di realizzare il socialismo con le armi marce lasciate in eredità dal capitalismo (la merce presa come unità economica, la redditività, l'interesse materiale individuale come stimolo, ecc.), rischiamo di arrivare a un vicolo cieco. [...] Per costruire il comunismo, dobbiamo cambiare le persone nello stesso momento in cui cambiamo la base economica. (da L'uomo e il socialismo a Cuba)

All'epoca del Che, i partiti stalinisti stavano sviluppando una linea politica riformista, nutrita di illusioni nei confronti delle istituzioni esistenti e delle borghesie nazionali. Guevara denunciò giustamente l'elettoralismo degli stalinisti, mettendo in guardia da una violenta reazione delle classi reazionarie e dell'esercito in caso di vittoria elettorale di un movimento popolare. Il colpo di stato di Pinochet nel 1973 gli ha dato ragione. Questo è l'ABC del marxismo, ma il cinismo e l'opportunismo dei leader stalinisti avevano portato, in America Latina, a forme particolarmente rivoltanti di collaborazione di classe. Nella stessa Cuba, il Partito Comunista, allora chiamato Unión Revolucionaria Comunista e poi Partido Socialista Popular, sostenne Batista durante la Seconda guerra mondiale (in nome dell'alleanza antinazista) e inviò persino due dei suoi membri al governo, in nome della lotta contro il fascismo!

Ancora all'epoca, le borghesie nazionali erano interlocutori privilegiati dei partiti comunisti, che li adornavano di virtù antimperialiste. Il Che riconosceva che in certi contesti alcuni settori della borghesia potevano impegnarsi nella rivoluzione, in virtù di una logica del male minore, come era accaduto a Cuba. Allo stesso tempo, però, sottolineava che la borghesia "democratica" dell'America Latina ha imparato la lezione dell'esperienza cubana e che in altri paesi probabilmente le cose non sarebbero andate come a Cuba. In questo senso si espresse molto chiaramente nel suo Messaggio alla Tricontinentale (1967):

Le borghesie nazionali non sono più in grado di opporsi all'imperialismo - se mai lo sono state - e ora ne costituiscono il cortile di casa. Non ci sono più cambiamenti da fare: o la rivoluzione socialista o una caricatura della rivoluzione.

Il pensiero del Che su questa questione si basa in particolare sull'analisi di due esperienze storiche: il fallimento dell'esperimento riformista del presidente guatemalteco Jacobo Arbenz nel 1954 e l'impotenza del presidente venezuelano (dal 1945 al 1948 e poi dal 1959 al 1964) Rómulo Betancourt, prigioniero del suo esercito e della sua polizia.

Alcune correnti trotskiste hanno adottato il Che in modo acritico e altre lo hanno rifiutato per settarismo e dogmatismo. Il Che aveva fortemente criticato il PORT, il partito trotskista cubano dei primi anni Sessanta, che di fatto aveva una linea ultra-settaria; ma il Che protestò contro la soppressione del giornale del PORT nel 1962. A differenza degli stalinisti, non considerava i trotskisti come agenti dell'imperialismo. Nel 1963 rese omaggio al leader trotskista Hugo Blanco e nel 1964 invitò Ernest Mandel, leader della Quarta Internazionale, a partecipare al grande dibattito economico di Cuba (nella foto a fianco Ernest Mandel e Ernesto Che Guevara). Accusato di trotskismo dai suoi compagni del ministero degli Interni, rispose come segue:

A questo proposito, credo che: o abbiamo la capacità di distruggere un'opinione contraria con argomenti, o dobbiamo permettere che venga espressa [...]. Non è possibile distruggere un'opinione con la forza, perché ciò blocca il libero sviluppo dell'intelligenza. Possiamo anche imparare diverse cose dal pensiero di Trotsky, tra cui se, come credo, si sia sbagliato nei suoi concetti fondamentali e se le sue azioni successive siano state sbagliate.

Infine, nel 1965, prima di lasciare Cuba, fece rilasciare il leader trotskista cubano Roberto Acosta Hecheverria, al quale dichiarò: "Acosta, le idee non si combattono con i bastoni".

Nei suoi appunti, cita anche la lettura della Storia della rivoluzione russa di Trotsky. Infine, è chiaro che il pensiero di Trotsky (come quello di Mao sotto altri aspetti) influenzò quello del Che - in particolare, quest'ultimo arrivò a sviluppare concezioni vicine alla teoria della rivoluzione permanente.