Maurín studiò insegnamento a Huesca e Lérida. Lavorò lì e si impegnò immediatamente nel movimento repubblicano. In seguito si unì alla CNT, il sindacato anarco-sindacalista, e fu nominato direttore del suo giornale, La Lucha Social. Nel 1920 fu segretario della CNT a Lérida e l'anno successivo fece parte della delegazione confederale che si recò a Mosca dove partecipò al Terzo Congresso del Comintern e al congresso fondativo dell'Internazionale Sindacale Rossa. Al suo ritorno, partecipò alla formazione dei Comitati Sindacalisti Rivoluzionari. Come Andreu Nin, era stato affascinato dalla rivoluzione bolscevica, il che non gli impedì di diventare segretario generale della CNT. Fu allora che fondò il settimanale marxista La Batalla.

Da quel momento in poi, la sua carriera militante fu una ricerca quasi compulsiva di autenticità rivoluzionaria. Maurin fu imprigionato per la prima volta nel 1923 per le sue attività politiche. Nel 1924, aderì al PCE (Partito Comunista Spagnolo) con il gruppo La Batalla e organizzò la FCCB (Federazione Comunista della Catalogna e delle Baleari). Trascorse altri due anni in prigione durante la dittatura di Primo de Rivera. Andò in esilio a Parigi. Ritornò nel 1930 e riprese a pubblicare La Batalla. Si oppose alle direttive staliniste e lasciò il PCE, trascinando con sé la FCCB. Nel 1931, la FCCB si fuse con il Partito Comunista di Catalogna per formare il BOC (Bloc Obrer i Camperol), di cui fu eletto segretario generale. Fu arrestato e imprigionato dopo lo sciopero rivoluzionario del 1934. Una volta libero, nel settembre del 1935 il suo BOC si fuse con la Izquierda Comunista trotskista di Andreu Nín, dando vita al Partito Operaio di Unificazione Marxista, il POUM. Alle elezioni del febbraio 1936, Maurín fu l'unico membro del partito a ottenere un seggio al parlamento delle Cortes.

Al di là dell'epica storia del POUM, raccontata anche in Omaggio alla Catalogna, che George Orwell, il partito non riuscì mai a uscira dal suo ruolo minoritario. Maurín fu eletto al parlamento nel 1936 con la lista del Fronte Popolare. Allo scoppio della guerra, Maurín non era in Catalogna. Il colpo di Stato del 18-19 luglio 1936 lo colse durante una riunione in Galizia, quindi nel territorio controllato dall'esercito golpista,.Maurin si nascose. Sebbene portasse con sé documenti falsi, fu arrestato mentre cercava di entrare nella zona repubblicana nel settembre 1937. Fu arrestato ai piedi dei Pirenei e trascorse dieci anni in prigione. 

A differenza di molti leader del movimento repubblicano, la vita di Maurin fu risparmiata grazie all'intervento di un parente di alto rango. Dopo aver trascorso nove anni in prigione, Maurin fu rilasciato nell'ottobre del 1946, quando riuscì ad andare in esilio con la moglie francese, Jeanne Souvarine, e finì a New York. Là fondò un'agenzia di stampa per distribuire articoli di attualità, politica internazionale e cultura, in particolare letteratura, in America Latina, la American Literary Agency (ALA), per la quale scrissero Salvador de Madariaga, Luis Araquistáin, Pablo Neruda, Alejandro Casona, Miguel Ángel Asturias, Arturo Uslar Pietri e molti altri.

Joaquín Maurín è morto a New York all'età di 77 anni. Durante la sua vita, non fece mai ritorno in Spagna. Tuttavia, la sua figura rappresenta il paradigma perfetto di una generazione di attivisti e combattenti che cercarono di trasformare la Spagna, che sognarono un mondo nuovo e che, dopo la sconfitta, dedicarono la propria vita in altro modo alla causa della libertà e della conoscenza.