Post date: Jan 16, 2020 6:45:9 AM
Tasks done:
- read one paper on Arabidopsis thaliana germline mutation rates and the potential existence of a hierarchical stem cell system in plants
- J'ai créé les fichiers vcf qui contiennnent uniquement les SNPs commun entre pando et pon, pando et friends. J'ai calculé la fréquence allélique mais je dois vérifier les graphs aujourd'hui.
Filter_vcf_from_dict reads in dict and corresponding vcf file and spits out filtered vcf file, without the header.
Call the function inside the script (open the script using vim to change the function calling)
get_allele_freq.py retient les valeurs AC et AN et les stocke dans un fichier txt à deux colonnes.
get_allele_freq.R calcule la freq allelique et fait les graphes.