Nguồn động vật hoang dã tự nhiên của 2019‐nCoV và vật chủ trung gian truyền 2019-nCoV sang người vẫn chưa được xác nhận. Tuy nhiên, rất có thể nguồn nguyên thủy của virus này là dơi. 33 trong số 585 mẫu động vật thu được từ chợ chỉ ra chứng cứ của 2019-nCoV.
Các nghiên cứu về phát sinh chủng loại của 2019-nCoV kiểm tra lịch sử tiến hóa của virus này và các mối quan hệ của nó với các loài sinh vật khác. Một báo cáo vào ngày 22 tháng 1 năm 2020 từ Đại học Bắc Kinh, Đại học Y học cổ truyền Trung Hoa Quảng Tây, Đại học Ninh Ba và Học viện Công nghệ Sinh học Vũ Hán so sánh khuynh hướng sử dụng codon của 2019-nCoV với người, dơi, gà, nhím, tê tê và 2 loài rắn, và họ kết luận rằng "rắn là nguồn động vật hoang dã có thể nhất của 2019‐nCoV" để sau dó truyền sang con người. Tuyên bố này gây tranh cãi rộng khắp: một số người cho rằng nguồn phải là dơi và vật chủ trung gian, chim hay thú, không phải rắn (do rắn là động vật biến nhiệt, không giống như người là động vật hằng nhiệt), trong khi những người khác sử dụng dữ liệu tái tổ hợp và khuynh hướng sử dụng codon SARS/MERS đã bác bỏ lý luận này. Sự kiện tái tổ hợp có lẽ đã xảy ra trong dơi.
Một bài báo trước công bố được cập nhật phát hành ngày 23 tháng 1 năm 2020 trên bioRxiv từ các thành viên của Viện Virus học Vũ Hán, Bệnh viện Kim Ngân Đàm Vũ Hán, Đại học Viện Hàn lâm Khoa học Trung Quốc và Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa dịch bệnh tỉnh Hồ Bắc gợi ý rằng 2019-nCoV có lẽ có nguồn gốc từ dơi, do phân tích của họ chỉ ra rằng ở mức bộ gen tổng thể thì 2019-nCoV là 96% đồng nhất với coronavirus dơi nhận dạng năm 2013