Este jogo adota uma estratégia não linear para contar a história. O jogo é dividido em partes e em cada parte há várias missões para escolher em qualquer ordem. O jogador não pode pular partes e nem trocar a ordem de todas as missões, apenas a ordem das missões de uma mesma parte. O jogador também não é obrigado a completar todas, uma das missões em cada parte pode ser pulada. O problema desta abordagem é que o jogo perde profundidade na história. Como as missões são independentes e uma sempre é desnecessária para progredir. Os eventos de cada missão não fazem parte da história principal do jogo, são sempre secundários e de importância menor. O jogador sempre pode ignorar uma das missões em cada parte, mas pode ser qualquer uma, a que ficar por último. Com isso a história contada em cada missão não pode ser crucial no roteiro do jogo.

O jogo anterior, Jedi Outcast, por ser linear tem uma história mais marcante. Como o jogador sempre passa por todos os eventos e numa mesma ordem, cada evento na história tem uma importância no desenvolvimento do personagem. Isso se perde em Jedi Academy e não há nenhum evento mais impactante como no jogo anterior.