Происхождение гидронима "Москва" до конца не выяснено, но некоторые версии убедительны или, по крайней мере, интересны. Евгений Михайлович Поспелов привёл последние данные по этому вопросу в серии своих книг (1999, 2000, 2000а, б). Этот же вопрос анализируется в недавно опубликованном коллективном топонимическом словаре "Улицы Москвы" (2003). Рассмотрим некоторые гипотезы:
1. В 18 в. в основе гидронима видели русское слово "мостки". Эти представления давно отвергнуты: "мостки" могли превратиться в Мостковую, Мостовую, Мостовню, но только не в Москву. Слово это для русских понятное, и поэтому по законам топонимики, науки о географических названиях, смысл его утратиться не мог. Забавно, что именно эту версию периодически воскрешают журналисты или краеведы-любители, выдавая её за новую и свою.
2. Позднее обратили внимание на сходство со славянским народным географическим термином "моква" - сырость, влажность, болото, мокрота. Но название реки пришло из далёких времён, когда славяне ещё не заселили будущее Подмосковье. До славян, в первом тысячелетии до нашей эры и в первом тысячелетии нашей эры, здесь жили различные финно-угорские народы (такие, например, как меря, мурома, мещера). А ещё раньше, в третьем и втором тысячелетиях до нашей эры, здесь господствовали балты - родственники современных латышей и литовцев.
3. А.П.Афанасьев в недавнее время попытался вывести гидроним "Москва" из древнепермских географических терминов "моск" (ключ, родник) и "ва" (река). На первый взгляд это очень убедительно, но тоже не признаётся большинством специалистов, так как соответствующие народы здесь не жили.
4. Делалась очень интересная попытка связать название реки с гипотетическим мерянским словом "моск" (конопля). В качестве одного из обоснований указывалось, что исток р.Москвы до сих пор называется Конопелькой, или Коноплянкой. Мы не знаем мерянского языка, но в родственном мордовском языке конопля - "мошко". Правда, не вполне понятно, какую связь имеет конопля с данной рекой, почему именно данную реку называли "конопляной". На основе финно-угорских языков гидроним трактовался также как "коровья река" ("река-кормилица"), "медвежья река", "приток-река", но эти попытки не были достаточно хорошо обоснованы в языковом или историческом плане.
5. В.Н.Топоров произвёл название главной реки Подмосковья от древних балтийских форм вроде "маск-ва" или "маск-ава" ("жидкое", "мокрое", то есть по сути "болото"). Этой гипотезе не противоречит объяснение гидронима сходством со славянским словом "москы" (влага), так как оно родственно некоторым балтийским словам. Таким образом, Москва - это топкая река, болотистая река. Известно, что балты жили на этой территории, причём длительное время. И болот близ реки Москвы было много. Поэтому данная гипотеза сейчас считается наиболее вероятной. Соответствия гидрониму "Москва" имеются и в других землях, где раньше жили балты (Московица в Белоруссии, Московец на Украине, Мозгава и Москава в Польше и Германии). Тем не менее, на современных балтийских территориях таких названий нет. Замечу также, что болот у реки Москвы хотя и много, но не больше, чем у других рек, прорезающих Смоленско-Московскую возвышенность, а в соседней Мещерской низменности реки в среднем более болотистые...
6. Тот же В.Н.Топоров указал и на сходство с литовским, т.е. тоже балтийским, словом "мазгас" (узел), связывая его с петлянием реки Москвы, с её "узловатостью". "Маск" на языке некоторых северных народов - это "изгиб", "поворот". Посмотрите на карту города и увидите, какие огромные петли описывает река. Между двумя точками, где она входит в город и выходит из него, всего 34 километра, а она течёт по городу на протяжении 80 километров!
Река петляет, так как прорезает легко оползающие глины юрского периода мезозоя. Глины эти выходят на поверхность около реки именно здесь, в городе и вблизи него. Оползневой материал перегораживает русло реки и заставляет воду искать обходные пути. Реки, "пропиливающие" известняки, текут прямее. Прямее течёт и сама р.Москва в верховьях и в низовьях, где имеются известняки. Значит, река Москва в полном смысле этого слова является рекой Москвой, извилистой рекой, именно там, где в её честь назван город! Получается, что у гипотезы есть не только лингвистическое, но и геолого-географическое обоснование. Тем не менее, эта версия пока чуть менее популярна у специалистов.