Il Peristeri BC Atene è stato fondato nel 1971 e ha sede a Peristeri, comune della prefettura di Atene.
Si tratta di una parte della polisportival GS Peristeri (nome completo del club è Gymnastikos Syllogos Peristeriou KAE).
Il club ha disputato le prime stagioni nelle categorie inferiori e solo nella stagione 1989-90 ha giocato per la prima volta nella massima serie.
Negli anni 90 ha sempre ottenuto discreti piazzamenti in campionato e partecipato alla Coppa Korac, forte dell'apporto di giocatori come Milan Gurovic, Marko Jaric e del compianto Alphonso Ford.
Proprio Ford, capocannoniere del campionato, porta il Peristeri fino alla semifinale, persa però contro il Panathinaikos.
Nel 2004, a causa di gravi problemi finanziari, viene retrocesso d'ufficio nella serie B e torna in A2, dopo anni economicamente problematici, solamente nel 2015 per la rinuncia alla promozione da parte del Panionios.
Si ripresenta sul massimo palcoscenico nazionale nella stagione 2018-19 e raggiunge subito la semifinale ma è sempre il Panathinaikos a sconfiggerlo.
Con questo piazzamento si garantisce il ritorno per la stagione successiva in Europa, nella Champions League, eliminata però agli ottavi dall'Hapoel Jerusalem.
Gioca le partite interne nella Peristeri Indoor Hall, con una capacità di 4.000 spettatori.