La zona republicana Centro-Levante-Sur era mucho más extensa que Cataluña y contaba con importantes fuerzas militares que sumaban más de 500.000 hombres. Pero estratégicamente resultaba muy vulnerable a un ataque combinado y realizado desde tres direcciones distintas. Moralmente, en febrero de 1939 la República había perdido ya la guerra. Físicamente, se perdió un mes después tras la caída prácticamente sin oposición de dicha zona.
La pérdida de Cataluña supuso para la República el aislamiento total de la frontera francesa y la pérdida de las industrias, materias primas y alimentos que aportaba al esfuerzo bélico republicano. En la zona aún controlada faltaba de todo y la inferioridad bélica era cada vez más clara. En Madrid el general Miaja, el brillante defensor de la ciudad durante 1936, había caído ya en el derrotismo y la desesperación.
defensor de la ciudad durante 1936, había caído ya en el derrotismo y la desesperación. Entre los componentes de la Junta que presidía Miaja se encontraba el coronel Segismundo Casado, comandante en jefe del Ejército del Centro. Tras la caída de Cataluña Casado empezó a ver claro que la guerra ya estaba perdida y creía que el único impedimento para un tratado de paz honroso con los nacionales eran Negrín y sus principales valedores, los comunistas. Negrín ya había intentado a escondidas de los comunistas llegar a un acuerdo de paz con Franco pero éste siempre se había negado a una paz con condiciones. Casado no podía saber que Negrín buscaba la paz, pensaba que era un títere de las disposiciones de los comunistas y se dispuso a hacer algo para acabar con su poder.
Pronto encontró aliados a su búsqueda de una paz negociada. Por una parte de Julián Besteiro, el socialista con la línea más moderada del partido, hostil a los comunistas y al terror revolucionario. Por otra llegó a contactar con representantes del ejército como el anarquista Cipriano Mera, jefe del 4º Cuerpo de Ejército. A principios de febrero Casado ya había establecido contactos con agentes secretos nacionales en vistas a una posible negociación que sólo existía en su mente, aún no sabía que Franco sólo aceptaría la rendición incondicional. En el Madrid de febrero de 1939 la situación era cercana a la confusión. Los jefes militares parecían querer rendirse y sólo el PCE proseguía en sus consignas de resistencia a ultranza. El día 12 Negrín se entrevistó con Casado que le formuló toda una serie de peticiones que debían llevar a la negociación del fin de la guerra. Negrín le respondió que habrían contactos y que no dudaría en eliminar al PCE si fuera necesario, al mismo tiempo le anunció que sería ascendido a general.
Los comunistas de Madrid empezaron a preparse ante los rumores de una posible traición de los comandantes del Ejército Popular. Negrín trató de calmarles y les espetó a que resistieran cuanto pudieran argumentando que el estallido de la guerra mundial estaba cerca y que una vez iniciada ésta, las democracias acudirían en ayuda de la República. Pero sus palabras resultaban ambiguas sobre todo después de que decidiera trasladar la sede de su gobierno a la alicantina ciudad de Elda que ofrecía la posibilidad de un rápido abandono del país. También el PCE instaló su cuartel general en Elche, población cercana a la costa de Alicante. La situación en Madrid era realmente terrible lo que aumentaba los deseos de Casado de poner fin a una resistencia inútil. Pero seguía ciego a las posiciones de Franco que el 13 de febrero promulgó un decreto que condenaba a cárcel a cualquiera que hubiera resistido al Ejército desde el 1 de octubre de 1934 hasta el 18 de julio de 1936, y desde entonces al glorioso Movimiento nacional. Ello suponía otorgar penas incluso a aquellos que hubieran participado simplemente en el levantamiento asturiano de 1934. Los republicanos temían las represalias de sus enemigos, tal vez por ello se alargó la guerra ante la falta de garantías de seguridad personal. El 18 de febrero Franco declaró ante sus partidarios que no aceptaría una paz condicionada, ni siquiera si esta venía a propuesta de Francia o Gran Bretaña.
Finalmente el 26 de febrero se produjo el triunfo de Franco en la esfera internacional. Franceses y británicos se avinieron a reconocer al gobierno nacional. Fue el último golpe que pudo soportar la República porque esto significaba que el gobierno de Juan Negrín había perdido todo su poder. El reconocimiento oficial de Francia y Gran Bretaña se produjo al día siguiente y dio pie a fuertes protestas en Francia y a acusaciones muy graves en el Parlamento británico a la labor del gobierno conservador de su primer ministro Neville Chamberlain. El diputado laborista Clement Atlee le condenó: "Vemos en esta acción una grave traición a la democracia, la consumación de dos años y medio de hipócritas ostentaciones de no intervención acompañadas de una connivencia constante con la agresión. Y este es sólo un paso más en el camino descendente del gobierno de Su Majestad que en cada nueva ocasión ya no vende, sino que regala los intereses permanentes de su país. No hace nada por conseguir la paz o por detener la guerra, sino que se limita a declarar al mundo entero que todo aquel que se decida a emplear la fuerza tendrá un amigo en el primer ministro británico". Pero ahora la mayor parte de los países restantes, excepto la URSS y México, siguieron los pasos de Gran Bretaña y Francia.
El 28 de febrero el presidente de la República Manuel Azaña dimitió. Diego Martínez Barrio en Francia le sucedió pero ya no tenía previsto regresar a España. El 2 de marzo en Elda Negrín trató de sobreponerse a toda esta sucesión de hechos pero en Madrid Casado seguía conspirando. El 5 de marzo culminaron los últimos preparativos para la conspiración. Los primeros acontecimientos sucedieron en la base naval de Cartagena. El reciente nombramiento del comunista Francisco Galán como jefe de la base fue el detonante de la revuelta. Muchos se oponían a este nombramiento y salieron a la calle a protestar. Entonces una 5ª columna de falangistas escondidos en la ciudad salieron a la calle y trataron de dominar la base. Para evitar la captura de la flota republicana en el puerto todos los buques salieron a alta mar. La falta de refuerzos puso a los partidarios de la rendición en una complicada posición, sobre todo cuando algunas unidades comunistas enviadas por el gobierno empezaron a sofocar el levantamiento. Pero la flota republicana ya no volvió a su base y se internó en el puerto francés de Bizerta donde quedó confinada. La República perdió así sus tres cruceros, ocho destructores y otras unidades menores.
En Madrid mientras tanto Casado creó un Consejo de Defensa con Julián Besteiro y una mezcla de socialistas, anarquistas y republicanos contrarios al dominio comunista. Este Consejo radió un mensaje la noche del 5 de marzo que hizo hincapié en la necesidad de negociar la paz. Negrín, que se encontraba en Elda, tuvo noticia de los hechos y pidió comunicación directa con Casado. La escena que se desarrolló por teléfono selló definitivamente la suerte de Negrín y de la República: "¿Que ocurre en Madrid, mi general?" preguntó Negrín. "Me he sublevado" respondió Casado. "¿Que se ha sublevado?, ¿contra quién?, ¿contra mí?". "Sí, contra usted y no soy ningún general, sólo un coronel que pretender cumplir con su deber". "Entonces, considérese usted relevado del mando" concluyó Negrín.
La sublevación del coronel Casado dejó a Negrín desconcertado, ya no se veía con fuerzas para tratar de prolongar la resistencia de una República totalmente dividida. La única alternativa era emplear la fuerza ordenando a las divisiones comunistas que defendían el frente de Madrid que realizaran un movimiento hacia el interior y se enfrentaran a los partidarios de Casado. De nuevo las divisiones políticas en el seno de la España republicana, como ya ocurriera en mayo de 1937 en Barcelona, eran motivo de una guerra civil en la retaguardia. Negríntrataba de evitar el conflicto pero los comunistas se habían quedado sólos en sus acciones. Negrín y los más importantes dirigentes del PCE dieron a España por perdida y decidieron no resistir al golpe de Casado a pesar de que los comunistas de Madrid empezaron una violenta lucha callejera con los "casadistas". El día 8 de marzo desde el aeropuerto de Monóvar, cercano a Elda, Negrín y los dirigentes del PCE abandonaron el país en avión.
En Madrid, las divisiones comunistas siguieron combatiendo, no querían creer que sus dirigentes les hubieran abandonado. La mayor parte del centro de Madrid ya lo habían controlado. A finales de ese día los comunistas tenían tan dominada la situación que podrían haber dictado sus condiciones. Pero abandonados a su suerte por sus dirigentes se quedaron sin saber que hacer. Por tanto a partir del 11 de marzo los comunistas empezaron a quedar aislados y muchos de sus componentes se pasaron a las filas de Casado. Así concluyó esa guerra civil surgida dentro de la guerra civil que arrojó un balance de unos 250 muertos y 560 heridos. Los comunistas volvieron a sus posiciones del frente que ocupaban el 2 de marzo a cambio de que no hubieran represalias.
Una vez con el poder en sus manos, el Consejo de Defensa de Casado reanudó sus negociaciones con Burgos.Franco siguió ofreciendo las mismas perspectivas. Rendición incondicional de los cinco ejércitos republicanos de Levante, Extremadura, Andalucía y Madrid. A partir del 19 de marzo aceptó entablar negociaciones. El 23 marzo representantes de Casado llegaron a Burgos y allí se les comunicó las condiciones del acuerdo de rendición. En dos días la aviación republicana debería entregarse, el 27 habría un alto el fuego en todos los frentes, los jefes militares alzarían la bandera blanca y depondrían las armas. Los representantes de Casado trataron de obtener algo más de tiempo, alrededor de 25 días para cumplir estas exigencias, pero obtuvieron una negativa por respuesta. Así terminó el malogrado intento de Casado de conseguir una paz más honrosa de la que hubiera obtenido jamás Negrín. Había subestimado los odios que la guerra civil había generado y que le habían llevado a pensar que la paz podría firmarse en un tono reconciliador. Pero la venganza era lo único que Franco había tenido desde el principio en mente.
Fue irónico además comprobar que si la República hubiera resistido dos semanas más al golpe de Casado su situación internacional podría haberse modificado. Efectivamente, el 15 de marzo de 1939 Hitler invadió definitivamente Checoslovaquia ignorando los acuerdos de Munich firmados con Gran Bretaña y Francia en septiembre de 1938. El primer ministro británico Neville Chamberlain abrió por fin los ojos y ofreció a Polonia garantías de que una acción alemana en su país llevaría a un "casus belli". La opción podría haberse hecho aplicable a la República española pero este gobierno ya sólo existía nominalmente y a partir de ahora las democracias europeas debían tratar con la España de Franco.
El 27 de marzo de 1939 Franco dio orden a sus ejércitos que iniciaran la ofensiva por la victoria. Ante el hecho consumado Casado sólo pudo ordenar que sus fuerzas izaran la bandera blanca al paso de las tropas nacionales.
A lo largo de ese día fueron capturados 2.000 kms. cuadrados de terreno y 30.000 prisioneros. La autodesmovilización del ejército republicano fue automática, los soldados abandonaron sus posiciones y equipo y volvieron a sus casas. Desde Sierra Morena cayó Pozoblanco, desde Toledo se avanzó hacia el Mediterráneo y desde Extremadura hacia Ciudad Real. El Ejército del Centro se había desintegrado. El 28 de marzo se avanzó sobre Guadalajara por el norte y el sur y después los frentes que defendían Madrid quedaron abiertos. A mediodía el 1º Ejército nacional entró en Madrid y ocupó los edificios gubernamentales sin resistencia. Allí encontraron a Julián Besteiro, el socialista más visible de la Junta de Defensa, que se había negado a abandonar Madrid y que fue inmediatamente encarcelado. Moriría sólo un año más tarde en la prisión de Carmona. El coronelCasado por contra abandonó la capital y se dirigió a Valencia. Ya sabía que Francono guardaba ninguna clemencia con los vencidos. Allí trató de obtener la ayuda de buques británicos ante la tragedia que se avecinaba.
Las ciudades costeras de la zona mediterránea republicana se convirtieron en las líneas de salida de todos los refugiados que huían de las represalias. Se necesitaban barcos para evacuar a alrededor de 50.000 republicanos que querían abandonar el país por localidades como Valencia, Alicante, Gandía, Cartagena y Almería. Pero no encontraron la colaboración necesaria de los británicos, la pérdida de la flota republicana en los hechos de Cartagena, que podía haber ayudado con sus buques a la evacuación, era ahora una cruel ironía del destino.
El 29 de marzo cayeron Cuenca, Ciudad Real, Albacete, Jaén y Almería en manos nacionales. En Valencia Casadorecibió la visita de los quintacolumnistas que le exigieron que les entregara el control de la ciudad a lo que no se opuso permitiéndosele abandonar la capital valenciana y trasladarse a Gandía donde embarcó en un buque británico rumbo al exilio. Valencia cayó definitivamente al día siguiente. Ese día, 30 de marzo, se produjo la última tragedia para los refugiados republicanos que se agolpaban en los puertos mediterráneos. En el puerto de Alicante el último barco en salir de allí con 2.638 refugiados fue el británico "Stanbrook". Atrás quedaban en el puerto unos 20.000 republicanos que esperaron en vano otros barcos. A media tarde los italianos encuadrados en el ejército nacional llegaron a Alicante y tomaron todas las alturas que rodeaban la ciudad.
Todos los republicanos que no pudieron embarcar fueron detenidos al día siguiente y llevados a campos de concentración creados al efecto como los que se hicieron tristemente famosos en Albatera y Formentera del Segura. El 31 de marzo a media tarde cayeron las últimas localidades republicanas, Murcia y Cartagena. El 1 de abril de 1939 se produjo el último parte militar, la guerra civil española había terminado. Pero empezaba la represión y el exilio para muchos. Sus efectos perdurarían durante años en la sociedad española y aún hoy en día la polémica de la guerra civil sigue abierta.