הסברים למוצא השומרונים
כאשר הגיעו שבי ציון לארץ ישראל הם מצאו בה תושבים שנקראו שומרונים
הם עם שהובאו לארץ ישראל על ידי האשורים. על פי המסופר בתנ"ך, לאחר שהגלו האשורים את עשרת השבטים של ממלכת ישראל, הם הביאו לארץ ישראל בני עמים אחרים. אותם תושבים החלו לקיים את מצוות היהדות. במקביל המשיכו השומרונים בעבודת האלילים. הם נקראו שומרונים על שם עיר הבירה של ממלכת ישראל – שומרון. השומרונים מכונים בתנ"ך ובמקורות אחרים 'כותים' על שם מקום מוצאם. בנוסף לכך הם מכונים "גרי אריות" כי כאשר הם הגיעו לארץ ישראל הם עבדו את האלוהים שלהם אבל אריות החלו לתקוף אותם ומהפחד מהאריות הם ביקשו עזרה וקבלו כהן שלימד אותם את עבודת האל . למרות זאת הם המשיכו לעבוד את האלוהים שלהם
הגורמים לסכסוך עם השומרונים
לאחר שיבת ציון החל עימות בין שבי ציון ובין השומרונים. שתי הקבוצות הפכו לאויבות והסכסוך נמשך שנים רבות. השומרונים ביקשו להשתתף בבניית בית המקדש בירושלים בטענה שהם חלק מהעם היהודי. הם טענו שגם הם עובדים את אלוהי ישראל. אך שבי ציון סרבו לשתפם בבניין המקדש מכיוון שלא ראו בהם יהודים כי הם היו עובדי אלילים ולא היו שייכים ל"זרע הקודש". לאחר הדחייה פנו השומרונים לשלטון הפרסי כדי שיתערבו בסכסוך, פניה זו גרמה לעיכוב בבניית בית המקדש
דחיקת השומרונים מהשתתפות בבניית בית המקדש כביטוי לעיצוב הזהות היהודית החדשה בשיבת ציון
שאלת מיהו יהודי- אחת השאלות החשובות שהתעוררו בתקופת בית המקדש השני היא השאלה מיהו יהודי. שבי ציון ראו רק בשבי ציון "זרע הקודש", יהודים ממוצא טהור. השומרונים טענו שיש לראות גם בהם יהודים, מכיוון שהם עובדים את אלוהי ישראל