תהליך בניית בית המקדש
מיד לאחר הגעת ראשוני היהודים הוקם בירושלים מזבח והחלו להקריב עליו קורבנות. לאחר כמה חודשים החלה בניית בית המקדש השני. הבנייה נמשכה זמן ארוך מאד ובית המקדש השני נחנך בשנת 515 לפנה"ס – כעשרים שנה לאחר תחילת הבנייה
הגורמים שעיכבו את הבנייה
התערבות של תושבים מקומיים: בספר עזרא כתוב שתושבים מקומיים הפריעו לבניין בית המקדש. תושבים אלו מכונים 'צרי יהודה ובנימין' (אויבי יהודה ובנימין). לא ברור מיהם אותם תושבים: יתכן שהם יהודים שלא יצאו לגלות או שומרונים. תושבים אלו ביקשו להשתתף בבניין בית המקדש, אך שבי ציון סרבו לשתף משום שהם לא נחשבו חלק מ"זרע הקודש". בתגובה הפריעו תושבים אלו לבניית המקדש. הם פנו לשלטון פרס בתלונה והשלטון הפרסי עיכב את בניית המקדש
הקשיים שהערימו פקידי השלטון : הפחה של עבר הירדן ביקש שיציגו לו את אישור הבנייה של בית המקדש . לעולים לא הייתה אפשרות להציג את האישור אך הם סיפרו לו על הצהרת כורש . בעקבות כך הוא והעולים פנו לשלטון הפרסי בבקשה להראות להם את אישור הבנייה . לאחר קבלת עותק מהתזכיר שנמצא המשיכה הבנייה
המצב הכלכלי בקרב העולים: היהודים שעלו לארץ ישראל נדרשו לשקם את חייהם, לבנות בתים ולזרוע שדות. רק לאחר שהם התבססו בארץ ישראל הם יכלו להקדיש את הזמן והכספים הדרושים לבניין המקדש. בנוסף לכך השלטון הפרסי הטיל מיסים כבדים על העולים
תפיסת 'זרע הקודש': היהודים שחזרו מבבל ראו את עצמם כ'זרע קודש' – כלומר יהודים בעלי מוצא טהור. לעומת זאת הם ראו ביהודים שנותרו בארץ יהודים בעלי מוצא לא ברור. לדעתם יהודים אלו נטמעו בעמים האחרים, הושפעו מהם ומדתם ונישאו נישואי תערובת ולכן אין להתייחס אליהם כיהודים ממוצא טהור. בין שבי ציון ובין היהודים המקומיים החל עימות על השאלה – מיהו יהודי אמיתי