מבצע ברברוסה מהווה שלב מכריע בדרך אל הפתרון הסופי (השמדתם המוחלטת של יהודי אירופה). את הפתרון הסופי יש לראות כשיאו של תהליך היישום של המדיניות הנאצית ביחס ליהודים, שהחל עוד ב-1933. בזמן כיבוש ברה"מ התלוו אל כוחות הצבא הגרמני יחידות האיינזצגרופן (עוצבות מבצע), שמנו כל אחת בין 500 ל-1000 איש, ונחלקו ליחידות משנה. תפקידן של עוצבות המבצע היה להתקדם בעקבות היחידות הלוחמות ולחסל את האויבים האידיאולוגים ואת כל הכוחות האנטי-נאציים שנותרו בשטח באזורים הכבושים. האיינזצגרופן היוו אמנם חלק ממבנה הס"ס, אשר לו הן היו כפופות וממנו קיבלו את פקודותיהן, אך בה בעת, הן היו קשורות גם לוורמאכט (הצבא הגרמני). כל יחידה הייתה קשורה לאחת הארמיות הפולשות, והייתה זקוקה לסיועה הלוגיסטי והפיסי על מנת לתפקד ולהוציא לפועל את תפקידיה. היה זה ראשיתו של תהליך ההשמדה ההמוני. המשימה המרכזית שהוטלה על יחידות האיינזצגרופן הייתה השמדת היהודים. הפלישה לברית המועצות נתנה את האות לתחילתו של רצח המוני של היהודים הנמצאים תחת הכיבוש הגרמני. זמן לא רב לאחר מכן הפך רצח המוני זה להשמדה טוטאלית. גרמניה החלה ב"פתרון הסופי" לשאלה היהודית. בשלב הראשון הרצח בוצע באמצעות ריכוז של יהודים באזור מסוים, הובלתם לשטח בו ישנה תעלה או בור. היהודים עמדו לפני התעלה ונורו למוות. היה זה תהליך איטי שלקח זמן רב, ובנוסף חיילי האיינזצגרופן החלו לדווח על קשיים נפשיים שהתעוררו בהם בעקבות הרצח. תלונות אלה הביאו את הגרמנים למציאת פתרון בגז מסוג ציקלון בי. מעתה החל תהליך ההשמדה לפעול באמצעות משאיות גז, אליהן דחפו כמו של 30-60 יהודים (תלוי בגודל המשאית). אח"כ הוקמו תאי גז במחנות ההשמדה