On peut reconnaître le style architectural de l'école de Bourgogne du XIIe siècle, ou école de Cluny, remarquable par l'élégance des sculptures décoratives.
En 1080, l'édifice est reconstruit et son plan rappelle celui des anciennes basiliques.
C'est le pape Pascal II qui vient en personne consacrer la nouvelle église en 1106.Avant l'an 1000 elle porte le nom de Notre-Dame.
C'est l'obtention d'une relique de saint-Lazare qui modifia son nom (on parlait de saint-Ladre au XIV° siècle)
Au XIIe siècle, l'abbaye de Cluny, dont dépendait l'église d'Avallon, fit construire une très belle façade dont ne restent que deux portails.
Sur ceux-ci, à côté des bas-reliefs et des statues colossales, on peut admirer des colonnes torses parfaites.
Une grande statue-colonne du xiie siècle, haute d'environ 2m, est visible sur le jambage de droite du grand portail. Avec ses fines draperies de pierre, elle représente un prophète et provient de l'ancien portail.
La voûte en cul-de-four qui termine l'abside est caractéristique de cette période, tandis que les fresques qui l'ornent sont du xixe siècle.
Le petit portail, qui fut fermé probablement vers la fin du xvie siècle, est surmonté d'un linteau et d'un tympan dont les sculptures ont beaucoup souffert : abîmées par les intempéries, mutilées lors de la Révolution française.