1890 - 1968, Service de Santé des Colonies et Pays du protectorat

Le service de santé de la marine ne suffit plus et, après un essai de service de santé civil, un "service de santé des colonies et pays de protectorat" est créé en 1890. Il devient le Corps de santé des troupes coloniales en 1903.

Une section coloniale est ouverte entre 1925 et 1956 à l’École de santé militaire de Lyon.

L'Institut de Médecine tropicale du Pharo, créé en 1905 à Marseille, est le creuset commun à tous ceux qui sont venus y puiser la formation pratique et l'esprit du médecin et du pharmacien colonial : médecins venus de Bordeaux ou de Lyon, pharmaciens issus de Bordeaux ou directement recrutés, officiers d’administration et sous-officiers infirmiers

Le corps change de dénomination en 1958 et devient "troupes d'outre-mer" puis en 1961et devient "troupes de marine". Finalement, en 1968 il est ré-intégré au Service de Santé des Armées,

La chaire de médecine tropicale, la première ouverte en France, est révélatrice de ce lien très étroit entre l'École et la faculté. Son premier titulaire sera Alexandre Le Dantec : répétiteur à l'École dès 1890, chargé de conférences à la faculté en 1895, il accède à l'agrégation en 1902. Il est considéré en France comme l'un des grands fondateurs de la médecine tropicale et de la pathologie exotique. Sa chaire fut reprise en 1928 par le Professeur Bonnin, en 1956 par Gaston Moretti (promotion 1934) puis Michel Le Bras (promotion 1957). En 1988, l'Institut bordelais de médecine tropicale fut baptisé du nom de René Labusquière (promotion 1939).

Ils organisent une lutte systématique contre les grandes endémies, la maladie du sommeil pour laquelle il faut traiter des centaines de milliers de malades en quelques décennies, l’onchocercose, la «cécité des rivières» détectée systématiquement par les « capitaines moustique », la peste à Madagascar, la lèpre à Bamako, la fièvre jaune à Dakar. Ils créent des Écoles de Médecine à Dakar et à Tananarive.