La guerre de succession d’Espagne (1701-1714) multiplie le nombre de soldats blessés. De cette prise de conscience, une idée émerge : c'est l'édit de Louis XIV le 17 janvier 1708 crée et organise définitivement le corps des médecins et chirurgiens des armées.
Cependant, la préoccupation du pouvoir royal pour les militaires blessés au combat remonte bien en deçà de l’année 1708. La grande figure d’Ambroise Paré, au XVIe siècle, illustre déjà la mission du médecin à la suite des troupes et, dès 15 janvier 1629, le code Michau de Louis XIII s’efforce de bâtir un cadre médical militaire stable en demandant la création d’un hôpital dans chaque armée.
L’organisation et l’entretien de ces premiers « hôpitaux militaires » font partie des attributions normales des secrétaires d’État de la guerre. Vauban complète alors le réseau hospitalier militaire en aménageant le pré carré : une double ligne de villes fortifiées qui protège les nouvelles frontières du Royaume de France contre les Pays-Bas espagnols avec dans chaque place, un hôpital militaire établi.
L'ordonnance de Colbert de Seignelay instaure le Service de santé de la Marine.
À la différence des hôpitaux civils qui n’étaient alors que des lieux de recueil des déshérités, les hôpitaux militaires ont d’emblée été conçus pour l’unique fonction thérapeutique à laquelle s’est ajoutée rapidement une mission d’enseignement (en 1747) pour les trois plus importants, Metz (1733), Strasbourg (1742) et Lille (1781).
De 1792 à 1815, l’hôpital a fourni 700 chirurgiens aux armées de l’Empereur, les deux tiers succombant sur les champs de bataille.
En 1813, après la Campagne de Russie et Leipzig, 31 000 blessés ou malades refluent sur Metz, transformant l'hôpital en mouroir. Pas moins de 7 752 militaires et 1 294 civils décéderont, notamment du typhus, entre 1814 et 1815.
Les médecins militaires étaient recrutés parmi des bacheliers et formés dans les hôpitaux militaires d’instruction de Lille, Metz ou Strasbourg et à l’hôpital de perfectionnement du Val-de-grâce. Cependant, les événements de 1848 (3e Révolution française), dégradent les conditions de fonctionnement de ces écoles et entraînent leur fermeture en 1850.
À partir de 1850, le recrutement se fit parmi les docteurs en médecine civils désirant servir sous l’uniforme : ils étaient envoyés un an à l’École d’application de la médecine militaire du Val-de-Grâce inaugurée en janvier 1851. Il apparut très vite que cette seule année de formation n’était pas suffisante pour acquérir « l’esprit militaire » (Louis Bégin) et les recrutements ont diminué d’année en année. La guerre de Crimée (1853 - 1856) aggrava encore cette pénurie (120 médecins et pharmaciens meurent à cause de nombreuses épidémies) et l’idée s’imposa de revenir aux écoles préparatoires d’avant 1850.
Michel Lévy, directeur de l’École d’application du Val-de-Grâce, proposa alors un concept nouveau qu’officialisa le décret impérial signé le 12 juin 1856 par Napoléon III. C’est l’acte de naissance de l’École de Strasbourg.