Au total, 9 150 élèves y ont été formés depuis 1890, dont 600 pharmaciens (1890 à 1984) et 3 dentistes (de 2002 à 2009). Sa mission a été reprise par l'École de santé des armées de Lyon.
C’est Édouard Barbey, ministre de la Marine, qui proposa en 1890 la création d’une école du Service de santé de la Marine près d’une faculté de l’Etat avec trois annexes.
Trois villes, Montpellier, Marseille et Bordeaux, avaient fait parvenir des offres. Le décret présidentiel de création de l’école à Bordeaux fut signé le 22 juillet 1890. Pour l’installation, on choisit l’asile d’aliénés du cours Saint-Jean rendu disponible après l’ouverture du nouvel asile Château-Picon.
L'École principale du Service de santé de la Marine et des Colonies ouvre ses portes le 3 novembre 1890, cours Saint-Jean, à Bordeaux (actuel 147 cours de la Marne).
Le nom bien trop long de cet établissement sera très vite raccourcit en « Santé Navale » par les élèves et les Bordelais. Les Santards quand à eux l'appelleront l’« Annexe », pour se moquer de la création d'une seconde école après Lyon (1888).
Cette école vétuste et austère est aussi surnommée l’« utérus » et les élèves de la plus jeune promotion portent le doux nom de fœti (fœtus au singulier).
La direction de l’EPSSMC en 1890. Le médecin en chef Brassac est debout et s’appuie sur un livre.
Dès 1912, la vie de l'école est enrichie de traditions telles que la Fête de l'échelle (1923 – 1936), spectacle écrit et joué par les élèves et mettant en scène la vie et les personnages de l'école (notamment la Strasse). Cette fête prendra le nom de l'Aiglon en 1946 et se transformera en fête de charité de l'aumônerie. De nos jours, elle est appelée Fête des élèves (FDE).
Lors de la Première guerre mondiale, la jeune école est rattrapée par le conflit. Les élèves de Bordeaux sont rappelés pendant leurs vacances par un court télégramme « ordre rallier immédiatement Ecole ».
Deux jours plus tard ils partent dans les unités : les « fœtus » comme « élèves médecins » et les jeunes Anciens comme « médecins auxiliaires ».
Ceux-ci auront vite l'occasion d'éprouver leur désir d'action et de se distinguer : par 350 citations, 13 Légions d'honneur, 24 Médailles militaires et 76 morts.
De 256 élèves en août 1914, l’effectif de l’Ecole atteint 450 élèves en 1930, nombre insuffisant pour combler les besoins en médecins dans les colonies, estimés à 616 en 1911 et 736 en 1928. La section coloniale créée à Lyon en 1925 contribuera à combler le déficit.
L'année 1928 est marquée par la remise du Drapeau par le ministre, Georges Leygues.
Durant la Seconde guerre mondiale, l'école est en territoire occupé. Les Navalais quittent Bordeaux pour embarquer sur le paquebot Flandre, en direction de Casablanca (Afrique du Nord), déroutés, ils immergent le drapeau dans la Garonne pour ne pas qu'il tombe aux mains ennemie et se replient sur Montpellier où s’installe une école provisoire. De juin 1940 à l'été 1945, la cité universitaire lui prête une partie de ses locaux. L'école ne revient à Bordeaux qu'à la Libération en 1943.
Les pertes sont lourdes, beaucoup de matériel, d'archives et d'installations seront détruits par l'occupant. 66 Navalais ou anciens Navalais sont morts au champ d’honneur en 1939-45 et 36 autres perdent la vie dans les guerres d’Indochine et d’Algérie.
En 1946, l'Abbé Lurton fonde Notre Lettre : journal de l'école rédigé par les élèves. Elle rassemble récits, informations et conseils. C’est un lien fort entre les élèves et leurs aînés.
En 1971, le gouvernement décide de réorganiser les services de santé militaires suite à son interarmisation. Il est créé une seule « École du Service de Santé des Armées », divisée en deux établissements situés à Bordeaux et à Lyon, avec des statuts et un fonctionnement identiques, tirant un trait sur leurs spécificités respectives.
En 1973, le Service de Santé de Bordeaux est féminisé.
Il est ensuite question de transférer l’École à Mérignac en périphérie de la ville. Le projet, trop coûteux, fut abandonné en 1981.
En 1981, R. Barre, Premier Ministre de l’époque, annonce la disparition de l’École de Bordeaux et le maintien d’une seule école, celle de Lyon.
Les manifestations des Bordelais, très attachés à leur « Santé Navale » et l’intervention de Jacques Chaban-Delmas amenèrent le nouveau gouvernement à annuler cette décision en juillet 1982.
1984, les pharmacien ne sont formés plus qu'à l'école de Lyon.
Le 25 juillet 2009, la nouvelle est officielle et fait la « Une » du grand quotidien régional Sud-Ouest : l'École de Santé Navale fermera ses portes le 1er juillet 2011. En effet, elle fait partie des formations touchées par la grande réforme des Armées consécutive à la publication du Livre Blanc de la Défense Nationale et à la Réforme Générale des Politiques Publiques. Par conséquent, les plus jeunes promotions sont transférées sur l'ESSA de Lyon-Bron tandis que les plus anciennes terminent leur cursus à Bordeaux.
La dernière grande cérémonie a lieu dans les murs de l'École le 10 avril 2010 et est l'occasion de réunir près de 3 000 personnes pour le baptême de la dernière promotion de Navalais, la 2008, qui prend le nom de promotion « Santé Navale ». Le 14 juillet 2010 le drapeau de l'École flotte pour la dernière fois sur les Champs- Élysées et reçoit les honneurs de la République en défilant sur la plus belle avenue du monde.
Sur mer et au-delà des mers, toujours au service des hommes.
L’école de Lyon continue de perpétuer les traditions Bordelaises comme :
Le repas de la Saint-Luc : repas de cohésion le 18 octobre en l’honneur du saint patron des médecins.
La Fête des élèves
Journal de l’école : « Le Santard » poursuit « Notre lettre » le journal Navalais.
Le plus jeune de chaque promotion est surnommé affectueusement « Bidou ».
Les chants : « Les trois navais », « la Navalaise », « le Troubadour » etc…
Les matricules (mais qui ne destinent plus la famille de tradition et ne représente plus le classement d'admission).