Nguyễn Phúc Nguyên (chữ Hán: 阮福源; 16 tháng 8 năm 1563 – 19 tháng 11 năm 1635) hay Nguyễn Hy Tông, Nguyễn Tuyên Tổ, là vị chúa Nguyễn thứ hai của chính quyền Đàng Trong trong lịch sử Việt Nam (ở ngôi từ 1613 đến 1635) sau chúa Tiên Nguyễn Hoàng. Trong thời gian ở ngôi chúa, ông đã xây dựng một vương triều độc lập ở Đàng Trong, từng bước ly khai khỏi chính quyền Lê – Trịnh ở Đàng Ngoài. Ông được dân chúng gọi là chúa Sãi, chúa Bụt hay Phật chúa.
Nguyễn Phúc Nguyên là con thứ sáu của chúa Tiên Nguyễn Hoàng (1525–1613), mẹ là Nguyễn thị. Ông sinh ngày 28 tháng 7 năm Quý Hợi, tức ngày 16 tháng 8 năm 1563. Nguyễn Phúc Nguyên là người đầu tiên trong dòng dõi chúa Nguyễn mang họ kép Nguyễn Phúc. Tương truyền lúc mang thai, mẹ ông chiêm bao thấy có vị thần đưa cho một tờ giấy trên có đề chữ "Phúc". Lúc kể lại chuyện, mọi người chúc mừng bà và đề nghị đứa bé ra đời được đặt tên là "Phúc". Nhưng bà nói rằng, nếu chỉ đặt tên Phúc cho đứa bé thì chỉ một mình nó hưởng, để cho nhiều người trong dòng họ được hưởng phúc, bà đề nghị lấy chữ này làm chữ lót. Và khi thế tử ra đời bà đặt tên là Nguyễn Phúc Nguyên. Theo sách Đại Nam thực lục, sau khi kế nghiệp Nguyễn Hoàng, Nguyễn Phúc Nguyên cho sửa thành lũy, đặt quan ải, vỗ về quân dân, trong ngoài đâu cũng vui phục, bấy giờ người ta gọi là Chúa Phật. Từ đấy mới xưng quốc tính là họ Nguyễn Phúc.
Năm 1602, chúa Nguyễn Hoàng có một quyết định hết sức sáng suốt là giao cho Nguyễn Phúc Nguyên làm trấn thủ dinh Quảng Nam, một vùng “đất tốt, dân đông, sản vật giàu có” và giữ vị trí “yết hầu của miền Thuận Quảng”. Bối cảnh chính trị- kinh tế thế giới và khu vực giai đoạn cuối thế kỷ XVI đầu thế kỷ XVII đã tạo thêm nhiều điều kiện thuận lợi để có thể khai thác và đánh thức nguồn lực trong nước. Chúa Nguyễn Phúc Nguyên trong thực tế phải được coi là người Việt Nam đầu tiên thực sự thành công trong chiến lược mở rộng quan hệ giao thương với nước ngoài và thúc đẩy kinh tế hàng hoá và đô thị trong nước phát triển lên một trình độ mới.
Ông có 3 người con gái được gả cho ngoại quốc. Công nữ Nguyễn Phúc Ngọc Vạn, em cùng mẹ với công nữ Ngọc Liên và chúa Nguyễn Phúc Lan, được gả làm Vương hậu của vua Chey Chetta II, công nữ Nguyễn Phúc Ngọc Khoa, em cùng mẹ với công nữ Ngọc Liên và Ngọc Vạn, được gả làm Vương hậu của vua Chiêm Thành Po Rome. Công nữ Nguyễn Phúc Ngọc Hoa, con gái nuôi, sau được gả cho Araki Soutaro (荒木宗太郎) của Nhật Bản.
Trong số các nước phương Đông, Nguyễn Phúc Nguyên đặc biệt quan tâm đến Nhật Bản. Ông không chỉ chủ động xúc tiến quan hệ giao thương với tư cách chính thức của vị đứng đầu nhà nước An Nam (An Nam Quốc vương), tạo mọi điều kiện thuận lợi cho thương nhân đến sinh sống, buôn bán ở Hội An, mà còn cho con gái yêu quý của mình sang làm dâu một gia đình thương nhân Nhật Bản ở Nagasaki để thắt chặt hơn nữa quan hệ với giới đại thương Nhật. Người con rể của ông là Araki Sotaro vốn thuộc dòng dõi samurai ở Kumamoto đi thuyền mang cờ hiệu của công ty Đông Ấn Hà Lan VOC đến cập cảng Hội An vào năm 1619. Theo sách Ngoại phiên thông thư (quyển 13, tr 87-88) thì cũng đúng vào năm đó chúa Nguyễn Phúc Nguyên quyết định gả con gái của mình cho nhà lái buôn Nhật Bản tài ba này. Ít lâu sau cô đã theo người chồng Nhật Bản về định cư ở Nagasaki. Cô công chúa họ Nguyễn có cuộc sống thật sự hạnh phúc, đắc ý cùng chồng, để lại nhiều dấu ấn tốt đẹp trên đất Nhật Bản.
Chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên được xem là vị chúa đầu tiên xây dựng cơ nghiệp Đàng Trong của nhà Nguyễn với ý chí cương quyết, tạo nên một xứ Đàng Trong độc lập, tự chủ. Ông đã chỉnh đốn việc cai trị, củng cố quốc phòng, biết dùng người tài để chăm lo việc nước nên nhân dân được an cư lạc nghiệp. Ngoài ra, ông còn đẩy lui được các cuộc tấn công của chúa Trịnh ở Đàng Ngoài.
Ông đã tạo nên một nền ngoại thương hàng hải mạnh, với thương cảng Hội An trở thành thương cảng chính không chỉ của Đàng Trong mà trên toàn khu vực tương đương với Việt Nam và Đông Nam Á hiện nay.
Ông cũng được xem là nhân vật có vai trò then chốt trong cuộc nội chiến Trịnh – Nguyễn, một cuộc nội chiến ác liệt, kéo dài và không phân thắng bại; nó tiêu hủy sức người, sức của, và dẫn đến chia cắt sự thống nhất của quốc gia Đại Việt. Nhưng chế độ Đàng Trong của chúa Nguyễn đã thực thi những chính sách cai trị cách tân, khác với Đàng Ngoài, lúc đó đang theo xu hướng hoài cổ Nho giáo thời Lê sơ, kìm hãm sự phát triển của xã hội. Về mặt khách quan, cuộc nội chiến có lợi cho xu thế phát triển của lịch sử dân tộc.