Mạc Thái Tông (chữ Hán: 莫太宗 1500 – 25 tháng 1 năm 1540 / 3 tháng 3 năm 1540) là vị Hoàng đế thứ hai của nhà Mạc trong lịch sử Việt Nam. Ông ở ngôi từ năm 1530 đến 1540, trị vì tổng cộng 10 năm.
Trong thời gian trị vì, ông chỉ dùng niên hiệu Đại Chính (大正), nên còn được gọi là Đại Chính đế (大正帝). Thời kỳ của ông được gọi là Đại Chính chi trị (大正之治).
Ông tên thật là Mạc Đăng Doanh (莫登瀛), là người quê gốc xã Cao Đôi, huyện Bình Hà (nay là thôn Long Động, xã Nam Tân, huyện Nam Sách), tỉnh Hải Dương. Sử nhà Minh là Minh thực lục ghi ông tên là Mạc Phương Doanh (莫方瀛). Không rõ năm sinh năm mất, nhưng ông được xác định là con trưởng của Thái Tổ Cao Hoàng đế Mạc Đăng Dung, mẹ là con gái của Thông quận công Nguyễn Thì Ung (阮時雍).
Năm 1517, khi Mạc Đăng Dung nắm quyền lực trong triều, muốn câu kết bè phái, đã ra lệnh cho con trai Đăng Doanh nghênh thú con gái của Trần Chân làm vợ. Năm 1522 ông được phong làm Dục Mỹ hầu (毓美侯), chưởng Kim Quang điện (金光殿).
Năm 1527, khi Mạc Thái Tổ lên ngôi, ông được lập làm Thái tử. Ngày Tết Nguyên đán năm Canh Dần (1530), Mạc Thái Tổ truyền ngôi cho ông và lên làm Thái thượng hoàng, sử xưng Mạc Thái Tông.
Thái thượng hoàng lui về Tường Quang điện (祥光殿) tại quê nhà Cổ Trai, ý muốn ngao du tự tại. Tuy nhiên thực tế lúc ấy thế lực họ Lê lại đang rục rịch tự cường, Thái thượng hoàng thường xuyên giúp Thái Tông xử lý triều chính.
Mạc Thái Tông là người chú trọng việc khoa cử. Ông mở các khoa thi đều đặn 3 năm một lần và chọn được nhiều nhân tài, điển hình là Nguyễn Thiến (đỗ đầu khoa thi năm 1532) và Nguyễn Bỉnh Khiêm (đỗ đầu năm 1535), Giáp Hải (đỗ đầu năm 1538). Đầu năm 1536, ông sai Khiêm quận công Mạc Đình Khoa tu sửa lại trường Quốc Tử Giám.
Khi mới lên ngôi, Thái Tông thấy trong nước nhiều trộm cướp bèn ra lệnh cấm dân các xứ không được mang gươm giáo, dao nhọn và binh khí đi ngoài đường. Ai trái lệnh sẽ bị trị tội. Từ đó những người buôn bán chỉ đi tay không, không phải mang khí giới tự vệ. Do đó, theo sách Đại Việt thông sử của Lê Quý Đôn, "trong vài năm trộm cướp biệt tăm, súc vật nuôi tối đến không phải dồn vào chuồng, cứ mỗi tháng một lần kiểm điểm lại".
Liên tiếp trong mấy năm được mùa, nhân dân được no đủ, trong nước được yên ổn. Sách Đại Việt Sử ký Toàn thư ghi nhận thời thịnh trị của Mạc Thái Tông: "Đêm ngủ không cần đóng cửa, ngoài đường không nhặt của rơi".
Thời Mạc Thái Tông, nhà Minh mấy lần mang quân áp sát biên giới, mượn cớ giúp nhà Lê để đánh Đại Việt. Mạc Thái Tông một mặt tăng cường phòng bị, tập luyện quân đội.
Ngày 14 tháng 5 năm 1539, ông sai Nguyễn Văn Thái và tùy tùng sang Trấn Nam Quan (鎮南關) ở Quảng Tây dâng biểu "xin hàng", biện hộ rằng Lê Ninh là con của Nguyễn Kim được dựng lên, không phải dòng dõi nhà Hậu Lê. Nhà Minh muốn để cho hai phe đánh nhau nên án binh không tiến nữa.
Ngày 25 tháng 1 năm 1540 tức năm Đại Chính thứ 11, Mạc Đăng Doanh qua đời, không rõ thọ bao nhiêu tuổi, thụy hiệu là Khâm Triết Văn Hoàng đế (欽哲文皇帝). Thượng hoàng Mạc Đăng Dung lập con trai Đăng Doanh là Mạc Phúc Hải lên ngôi, tức là Mạc Hiến Tông.