Trần Văn Kỷ (chữ Hán: 陳文紀, ?- 24 tháng 12 năm 1801), còn có tên là Trần Chánh Kỷ là một công thần dưới triều Tây Sơn; và là bậc danh sĩ ở Nam Hà, Việt Nam.
Năm 1774, Trần Văn Kỷ đến Phú Xuân dự thi Hương dưới thời chúa Nguyễn và đổ giải nguyên, nhưng ông thấy thời thế nhiễu nhương nên về ở ẩn.
Năm 1775, quân Trịnh chiếm Phú Xuân. Năm 1777, Trần Văn Kỷ thi ở trấn (Phú Xuân) đậu giải nguyên. Năm 1778, Trần Văn Kỷ ra Thăng Long để thi Hội. Nhân dịp này Trần Văn Kỷ có giao thiệp quen biết ít nhiều sĩ phu ở Bắc Hà. Trần Văn Kỷ đã hỏi Nguyễn Nghiễm, một bậc nguyên lão khả kính về nhân tài của đất Bắc Hà thì được trả lời: "Đạo học sâu xa thì Lạp Phong Cư Sỹ, văn phong phép tắc thì Thám hoa Nguyễn Huy Oánh, còn thiếu niên đa tài đa nghệ chỉ có Nguyễn Huy Tự". Nhân vật mà "đạo học sâu xa", có danh hiệu Lạp Phong Cư Sỹ chính là Nguyễn Thiếp.
Nhờ thế mà “Năm Bính Ngọ” (1786), Bắc Bình Vương đánh lấy thành Phú Xuân, sai người tìm Kỷ hỏi việc Nam Bắc. Kỷ đối đáp rất nhanh và rất hợp ý, nên Bắc Bình Vương rất trọng, cho ở vào chỗ màn trướng (chỗ ở của bậc tướng soái), việc gì cũng bàn với Kỷ, lúc nào cũng gần bên Kỷ, không mấy khi xa rời”. Bắc Bình Vương Nguyễn Huệ tin dùng ông và phong cho ông chức Nội tán, sau đó thăng đến chức Trung Thư lệnh, là chức quan chuyên coi việc văn thư.
Tượng thờ Trung thư lệnh Trần Văn Kỷ trong Điện thờ Tây Sơn Tam Kiệt (Bảo tàng Quang Trung, Bình Định)
Lăng Trần Văn Kỷ tại Phong Điền
Gặp khi vua Lê Hiển Tông mất (ngày 10 tháng 8), Trần Văn Kỷ cùng Nguyễn Hữu Chỉnh đã thay mặt Nguyễn Huệ mặc áo trắng đi theo hầu đám tang vua đến nơi an táng ở Bàn Thạch (Thanh Hóa).
Năm 1787, nội bộ Tây Sơn lâm vào tình trạng chia rẽ sâu sắc. Và cũng chính ông đã đứng ra lo dàn xếp giữa hai anh em Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ bằng cách lấy Bản Tân làm ranh giới. Từ Quảng Ngãi trở vào Nam do Nguyễn Nhạc làm chủ, từ Thăng Diện ra Bắc thuộc về Nguyễn Huệ.
Cuối năm 1788, vua Quang Trung (tức Nguyễn Huệ) ra Bắc lần thứ ba để đánh quân xâm lược nhà Thanh. Lần này, Trần Văn Kỷ cũng được theo để giúp việc quân.
Đầu xuân năm sau (1789), quân Thanh bị đánh tan; kể từ đó cho đến ngày vua Quang Trung mất (1792), Trần Văn Kỷ đã tích cực tham mưu cho nhà vua nhiều kế sách để đánh nhau với quân chúa Nguyễn (Nguyễn Phúc Ánh).
Năm 1792, lúc vua Quang Trung bất ngờ lâm bệnh, Trần Văn Kỷ luôn có mặt bên cạnh. Đến khi vua sắp mất, ông và tướng Trần Quang Diệu được nhà vua cử làm Phụ chính. Nhưng sau vì vua Cảnh Thịnh (Nguyễn Quang Toản) còn quá trẻ, nên quyền hành sớm vào tay người cậu ruột của vua là Thái sư Bùi Đắc Tuyên.
Năm 1794, Nguyễn Phúc Ánh thừa cơ nhà Tây Sơn lục đục, tấn công rất dữ. Bùi Đắc Tuyên nhân cơ hội này đã cử tướng Lê Văn Hưng, người không cùng phe cánh với mình, vào chiến trường Phú Yên. Ngờ đâu Lê Văn Hưng thắng trận, Bùi Đắc Tuyên liền vu cho Hưng tội mưu phản, xin lệnh chém đầu. Biết tướng Hưng chịu hàm oan, phụ chính Trần Văn Kỷ đứng ra can thiệp, thì bị Đắc Tuyên giáng chức làm lính, bắt ra coi trạm Mỹ Xuyên thuộc huyện Hương Điền, Thừa Thiên
Năm 1795, nghe lời bàn của Trần Văn Kỷ, Võ Văn Dũng gấp rút dẫn quân về Phú Xuân, bí mật phối hợp với Nguyễn Văn Huấn, Phạm Công Hưng vây bắt Bùi Đắc Tuyên ngay ở phủ của vua Cảnh Thịnh. Liền theo đó, Võ Văn Dũng cho làm chiếu lịnh giả giao cho Tiết chế Thùy (Nguyễn Quang Thùy) ra Thăng Long bắt Ngô Văn Sở giải về Phú Xuân. Văn Dũng lại sai vào Quy Nhơn bắt con Đắc Tuyên là Bùi Đắc Trụ cùng đồ đảng hơn mười người; rồi thêu dệt thành tội trạng phản loạn, đem dìm xuống sông cho chết cả. Dẹp trừ xong phe Bùi Đắc Tuyên, Trần Văn Kỷ được phục chức Phụ chính và giữ Viện trung thư...
Lợi dụng các biến cố trong nội bộ nhà Tây Sơn, năm 1799, Nguyễn Phúc Ánh đưa quân ra chiếm Quy Nhơn rồi Đà Nẵng.
Ngày mồng ba tháng 5 năm Tân Dậu (15 tháng 6 năm 1801), Nguyễn Phúc Ánh vào đến thành nội kinh đô Phú Xuân. Vua Cảnh Thịnh lúc này đã bỏ lại cả ấn tín và sắc phong của nhà Thanh trốn ra Bắc.
Sau chúa Nguyễn biết được cho mời ra cộng tác, nhưng ông cương quyết không nhận lời. Nhà sử học Đỗ Bang viết: Không thể dụ dỗ được, chúa Nguyễn buộc ông vào án tử, nhưng được ban ân chết theo lối "tam ban triều điển". Trước khi chịu chết, ông xin về quê bái yết từ đường, và được chấp thuận.
Thuyền đưa ông theo ngã sông Hương ra phá Tam giang để đến làng Vân Trình, nhưng đến ngã ba Sình (phía Đông Bắc Huế), ông hô to câu: Trung thần bất sự nhị quân, rồi nhảy xuống sông tự vẫn. Hôm đó nhằm ngày 19 tháng 11 năm Tân Dậu (tức 24 tháng 12 năm 1801).
Nghe tâu lại, chúa Nguyễn thêm vào án xử ông bằng một cái lệnh cực kỳ thảm khốc: Sắc bằng thủ tiêu, hạ hồi dân tịch, tru di tam tộc. Căn cứ gia phả họ Trần ở làng Vân Trình, Đỗ Bang đã thống kê được tất cả 52 người đã bị xử chết, bị cải họ tên hoặc phải bí mật trốn khỏi làng.