בשנת 2003 פרש בכר מ-35 שנות שירותו בכוחות הביטחון והציג מועמדותו לראשות עיריית הוד השרוןמטעם הליכוד[3], בכר לא נבחר לראשות העיר אך כיהן כחבר מועצת העיר.
לאחר מכן עבר למגזר הפרטי, עד מינויו ליו"ר המנהלה לתיאום פעולות הממשלה במגזר הבדואי בנגב. בדצמבר2007 מונה למנכ"ל הרשות להסדרת ההתיישבות הבדואית בנגב במסגרת משרד הבינוי והשיכון, ובתחילת שנת 2016 סיים את תפקידו.