Informasjon formidlet i en form for ebok trenger selvfølgelig ikke fremstilles på samme måte som i en tradisjonell bok. Dette gjelder åpenbart for elementer som bilder, video og lyd, men også i høy grad forhold knyttet til tekstens struktur. Tekster formidlet i papirbøker har vanligvis en strengt lineær struktur, gitt av lagringsmediet, der teksten har en tydelig begynnelse og sidene kommer i en fast rekkefølge fram mot slutten. Boksidene kan riktignok ha en ganske kompleks layout, dvs at innholdet organiseres spatialt, men sidene følger uansett hverandre i den rekkefølgen de er bundet inn. En ebok kan derimot stykkes opp i selvstendige deler (gjerne kalt noder).
Nodene i en ebok kan deretter knyttes sammen på forskjellige måter, ved hjelp av linker som knytter bestemte noder til hverandre. Dermed kan det i større grad opp til brukeren å bestemme hvilke linker vedkommende ønsker å følge. På denne måten blir den teksten, som brukeren faktisk får presentert, delvis til som et resultat av vedkommendes egne valg. De nodene som velges følger selvsagt etter hevrandre, og vi kan dermed si at strukturene som oppstår er multilineære. Prinsippet for denne måten å organisere innhold på ved hjelp av noder og linker, kalles for «hypertekst».
En ebok kan struktureres som et nettverk av noder der hver enkelt node kan knyttes til andre noder ved hjelp av linker. Dermed oppstår en multilineær struktur, som forgrener seg og som skiller seg radikalt fra den tradisjonelle papirboka. Slike strukturer kan føre til at ulike emner opphører å eksistere som avgrensede enheter, eller de blir fullstendig underordnet andre emner. Risikoen for at brukeren rett og slett roter seg bort i tekstmengden øker. Hvis systemet mangler gode funksjoner for navigasjon er det også lett for at linkene fører brukeren til noder som vedkommende vil kunne oppfatte som rene digresjoner.
Hypertekster som er godt strukturert kan imidlertid gjøre det enklere å orientere seg raskt i en kompleks informasjonsmengde. Logisk, enhetlig og oversiktlig navigasjon kan gi rask oversikt over mer generell informasjon, samtidig gir det brukerne mulighet til fordypning seg på flere kunnskapsnivåer, ved å følge linker til utfyllende informasjon. Et konsistent design, knyttet til en struktur kan dermed gjøre eboka bedre egnet for mange typer innhold.
Det er imidlertid alltid en fare at muligheten til å dele inn i noder, og sturkturere disse litt etter “innfallsmetoden” gjør at den som forfatter og designer en ebok blir litt slappere i prioriteringene. I papirboka lar det seg ikke gjøre å plassere et element som ikke passer inn i helheten. Det fører til brudd i teksten, og forfatteren må derfor gjøre jobben med å tilpasse alle delene slik at de kan settes inn i en bestemt kronologi. En node som ikke passer så godt inn kan gjemmes litt mer bort i en hypertekst, og forfatteren kan unngå å gjøre jobben med å tilpasse den til helheten. På den ene siden kan en argumentere for at dette gir en rikere og mer mangesidig tekst, på den andre siden er det lett for at teksten og det som formidles fremstår som mindre konsistent og dermed mindre engasjerende. Målet må derfor være at en jobber med alle nodene, som deler av en helhet, og tenker sammenheng i like høy grad som i en lineær tekst på papir.