1956 novemberének második felében a szovjetek a fegyveres ellenállás maradékát is felszámolták, bár politikai értelemben nem uralták az országot. Az általuk létrehozott Kádár-kormány – amely Magyar Forradalmi Munkás-Paraszt Kormánynak nevezte magát – november 7-én szovjet páncélosok védelmében érkezett Szolnokról a Parlamentbe.
A Kádár-kormány hatalmát elutasították az értelmiség legkülönfélébb csoportjai, a volt MDP Nagy Imréhez kötődő szárnya, nem utolsósorban pedig a munkástanácsok is.A legtöbb üzemben és városban a választott tagokból álló munkástanácsok gyakorolták a tényleges hatalmat. November 4-e után is sok helyen ellenőrzésük alatt tartották a helyi igazgatást, és vezették az általános sztrájkot. A munkástanácsokat a szovjet katonai hatóságok is tárgyalópartnernek tekintették, és azok több esetben el is tudták érni a szovjetek által letartóztatottak szabadon bocsátását.
A falvakban egy ideig még nemzeti tanácsok működtek, amelyek – ugyanúgy, ahogy a városokban a munkástanácsok – ellátták a helyi közhatalmat. A feloszlatott téeszekből mindenki visszakaphatta a földjét, a lefoglalt MDP-irodákat lakásokként kezdték használni, néhol pedig visszaadták az épületeket a korábbi jogos tulajdonosoknak.
A Kádár-kormányt kezdetben csak a régi ÁV H-sok és az egykori MDP rákosista funkcionáriusai támogatták. Kádár azonban eleinte távol akarta tartani őket az új hatalmi apparátustól, mert a társadalom a meggyűlölt diktatúra embereit látta bennük. November 22-én Nagy Imre és társai – miután Kádár garantálta a jugoszlávoknak, hogy nem indul velük szemben eljárás – elhagyták a jugoszláv nagykövetség épületét. A szovjetek azonban elrabolták őket – amiről Kádár előzetesen tudott –, és a romániai Snagovba szállították a csoportot.
Ugyanakkor a szovjet fegyveres erők megakadályozták a vidéki és fővárosi munkás-tanácsok küldötteiből álló Országos Munkástanács megalakulását, amely egy országos szintű kettős hatalom megerősödésével fenyegetett.A mindenki által legitimnek tekintett Nagy Imre eltávolításának és a szovjet beavatkozásoknak köszönhetően a Kádár-kormány helyzete erősödött.
November végétől Kádár keménykezű politikába kezdett, amelynek célja a megtorlás és a megfélemlítés volt. Ekkor már igénybe vette a régi rákosista, keményvonalas párt- és belügyi káderek szolgálatait.
December elején az MSZMP vezetősége hivatalosan ellenforradalomnak minősítette az októberi eseményeket. Az indoklásban gyakorlatilag olyan hamis vádakat fogalmaztak meg,amelyek több mint három évtizedig a forradalom és szabadságharc törekvéseinek és eszméinek a lejáratására irányultak.
A társadalom elnyomása
Letartóztatások már november 4-e óta folytak, de ezeket először a szovjet politikai rendőrség hajtotta végre, és a lefogottak egy részét a Szovjetunióba szállították. 1956 végére már az újjászervezett magyar belügyi hatóságok bonyolították a letartóztatásokat, és a közterületen is megjelentek az új hatalom rendfenntartó különítményei, a karhatalmisták (a szovjetektől kapott ruházatuk miatt „pufajkások”-nak nevezték őket).
Az eleinte csak nagyobb kötelékben mozgó alakulataik, amelyek nagyrészt volt ÁVH-sok-ból és állásukat vesztett régi funkcionáriusokból álltak, gyakran nagyon kegyetlenül léptek fel, válogatás nélkül terrorizálva falvak, diákkollégiumok vagy éppen munkásszállók egész lakosságát.Decemberben a békés tüntetéseket – amelyek többnyire a már letartóztatottak szabadon bocsátását, általában pedig a szovjet csapatok kivonását és Nagy Imréék kormányba való visszatérését követelték – a karhatalmisták sortüzekkel verték szét. A legtöbb áldozattal járó sortűz Salgótarjánban volt, de sor került ilyenekre Egertől Zalaegerszegig sokfelé az országban.
Miskolcon, amikor a Munkástanács védelmében tömegek vonultak az utcára, a szovjet csapatok használtak fegyvert a tüntetőkkel és az őket védő magyar rendőrökkel szemben. Különösen heves összecsapások voltak Békés megyében.
Mivel a budapesti Központi Munkástanács úgy látta, hogy nem tud eredményt elérni a hatalommal szemben, ezért újra meghirdette az egyszer már beszüntetett általános sztrájkot. Bár a sztrájkot országszerte megtartották, az esemény mégis fordulóponttá vált, ugyanis a kormány ezt az alkalmat használta fel arra, hogy leszámoljon a passzív ellenállást hirdető mozgalommal.Betiltották a Központi Munkástanácsot, és mintegy kétszáz aktivistát (köztük az elnöki tisztet betöltő Rácz Sándort) vettek őrizetbe.
December 11-én a kormány elrendelte a statáriális bíráskodást,és ezzel megkezdődött a megtorlás újabb szakasza. Újra felállították az internálás, azaz a pusztán rendőri intézkedésen alapuló, bizonytalan ideig tartó letartóztatás intézményét. A hatalom kemény fellépése elől tömegesen menekültek külföldre a forradalom résztvevői, illetve olyan emberek, akik nem tudták elképzelni személyes jövőjüket az újra erőszakkal bebetonozott diktatúrában. 1956 utolsó két hónapjában közel kétszázezer ember hagyta el az országot.
1957 elején egymást követték a tömeges, válogatás nélküli megtorló akciók, amelyek az egész társadalom elrettentését szolgálták. Március után már célzottabb letartóztatási hullámok következtek szigorú ítéletekkel, 228 személyt végeztek ki, meghaladja a 26 ezret az elmarasztaltak száma. Minden megyében, városban, szakmai közösségben, értelmiségi csoportban voltak a megfélemlítést szolgáló, súlyos ítéletekkel végződő perek, amelyeknek rendszerint az adott közösség tekintélyes, mértékadó személyiségei estek áldozatul.A kádári hatalom ezek révén igyekezett megtörni a társadalom különböző csoportjainak, köreinek ellenálló képességét,hiszen a kis falvaktól az akadémikusok köréig vagy az Írószövetségig mindenki ismert meghurcolt embereket, akiknek példája elrettentően hatott.
Az első kivégzés 1956. december közepén történt Miskolcon, az ’56-os forradalomban való szerepvállalásért kirótt utolsó halálos ítéleteket 1961 augusztusában hajtották végre.
Nagy Imrét, Maléter Pált és Gimes Miklóst 1958. június 16-án végezték ki. Losonczy Géza még az ítélethozatal előtt a börtönben elhunyt. 1957 tavaszára lényegében újraszervezték az állampártot, a belügyi apparátust és az államhatalmat. Az ÁVH-t azonban nem, létrehozták viszont a Munkásőrséget, az MSZMP félkatonai szervezetét.
A védelmi testület egységei közvetlenül a Magyar Szocialista Munkáspárt (MSZMP) vezetői alá tartoztak. A mintegy 60 ezer fegyverest a kommunista diktatúra bármikor mozgósíthatta a rendszer védelmében