原価に反映させたいときは、仕入伝票で入力します。
仕入伝票と支払伝票を同一日付で入力して使うのが一般的ですが、
仕入先に「現金仕入」を入力して、仕入伝票だけ登録する方法もあります。
詳しくはこちらをご確認ください。
→090008:現金仕入の入力方法は？
200007:一般経費を配賦したい
210016:支払伝票の現金支払も転記するのか？
210023:「現金仕入」伝票だけを転記したいときは？