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Tras el ascenso de 1951 a Segunda, el Alavés disputó de nuevo la Primera División en la temporada 1954/55. Este nuevo ascenso supuso la segunda aventura del Alavés en la máxima categoría del fútbol español durante apenas 2 años, en los que quedó en posiciones 10ª y 14ª. En 1954 el Alavés volvería a disputar la Copa del Generalísimo, pero caería en octavos frente al Real Madrid C.F.. El Alavés haría lo propio en la Copa de 1955, cayendo de nuevo en octavos frente al Deportivo de la Coruña.

El Alavés volvería a disputar la Copa de 1964 eliminando al Ceuta Sport en la 1ª ronda, pero perdiendo en octavos frente al Real Betis.

Una crisis de mal juego devolvió al Alavés a Tercera División, e incluso en 1966, le puso otra vez al borde de la desaparición.

Durante las siguientes temporadas, el Alavés oscila entre la 3ª y 2ªB, destacando el período 1974 - 1983 en el que se asienta en la Segunda División, con destacables actuaciones en las copas de 1978 y 1979, en las que alcanzaron los cuartos de final.

Ascensos y vuelta a la élite

En la temporada 1989/90, el Alavés encuentra un punto de inflexión al tomar sus riendas un nuevo grupo de empresarios, tras unas campañas donde se corrió verdadero riesgo de desaparecer. Con Juan Arregui Garay como presidente, y tras la disputa durante cinco temporadas consecutivas de los play off por el ascenso a la Segunda división, lo logra en Jaén el 21 de junio de 1995, comandado por Jesús Aranguren, pese a perder 3-1. Tres años más tarde, el 3 de mayo de 1998, y tras batir el récord de puntos de la Segunda División española (82) logra el ascenso a la Primera División en Mendizorroza ante el Rayo Vallecano. Tras 42 años de ausencia, el Alavés disputaría la Primera División de España 1998/99. Ese mismo año, el Alavés sorprendería en la Copa del Rey 1998 donde, siendo aún equipo de segunda, eliminó a equipos importantes como el Real Madrid CF o el RCD Coruña, cayendo en semifinales frente al RCD Mallorca, igualando así los mejores registros históricos en copa logrados en 1928 y 1939.

Un premio a un trabajo duro y constante efectuado durante el año, donde se consiguió ganar al Barcelona (1-0 en Mendizorroza y 0-1 en el Camp Nou, ambos goles de Nan Ribera) o al Valencia en Mestalla (0-2). El Alavés pasa a ser uno de los equipos más interesantes para los jugadores, dados su liquidez de pago y sus excelentes resultados.

Tras finalizar la temporada 1999/00 en 6ª posición (la mejor de su historia), el Alavés consigue clasificarse para la UEFA, por primera y única vez en su historia. Buena parte de ese mérito correspondió a su portero Martín Herrera, quien ganó el Trofeo Zamora al encajar 37 goles en 38 partidos.

El Alavés en Europa

A consecuencia de su clasificación europea, el Alavés se refuerza con futbolistas como Iván Alonso o Ivan Tomić para disputar la Copa de la UEFA 2000-01. El Gaziantepspor turco fue el primer rival europeo que vio cómo la entidad le brindaba el honor a los socios, vistiendo el equipo con una camiseta con los nombres de los abonados albiazules.

En la 1ª ronda, el 0-0 de la ida en Mendizorroza parecía complicar la clasificación, pero el Alavés ganó 3-4 en Turquía. A continuación, elimina a los noruegos Lillestrøm (1-3 y 2-2) en la 2ª ronda, y Rosenborg (1-1 y 1-3) en 1/16 de final, al poderoso Inter de Milán en su estadio por 0-2 en octavos el 22 de febrero de 2001, tras empatar 3-3 en Vitoria, al Rayo Vallecano en cuartos tras vencer 3-0 en Vitoria y 2-1 en Vallecas, y al Kaiserslautern alemán en las semifinales (En Vitoria 5-1 y 1-4 en el estadio alemán) y alcanza la final de la Copa de la UEFA donde cae frente al Liverpool FC (5-4 con gol de oro en la prórroga) el 16 de mayo de 2001 en el Westfalenstadion de Dortmund (Alemania), en el que ya es considerado el mejor partido de la historia de esta competición y uno de los 20 mejores encuentros de toda la historia.

Cabe destacar la gran actuación de Javi Moreno, determinante en el éxito del Alavés esa temporada tanto en la liga, donde consiguió 33 goles, como en la UEFA. El Alavés aún hoy es el equipo que más goles ha conseguido en una temporada en la historia de la Copa de la UEFA con 36, además es el primer equipo en jugar una final de la UEFA en el año de su debut. También recibió el premio a Mejor Afición de Europa 2001 de manos de la UEFA.

Segunda participación en la UEFA y descenso

La temporada 2000/01 deja al Alavés en 10ª posición, pero en la temporada siguiente el conjunto vitoriano alcanza el 7º puesto, lo que le permite disputar de nuevo la Copa de la UEFA.

El curso 2002/2003 es de triste recuerdo para la parroquia albiazul, pese a fichar a hombres de la calidad de Dutruel, Abelardo o Luis Helguera, el Alavés sufre dos importantes reveses: cae eliminado de la Copa de la UEFA 2002-03 en la 2ª ronda frente al Beşiktaş JK turco, y desciende a Segunda División tras perder contra el Betis en Mendizorroza.

El primer año en Segunda división, con Pepe Mel en el banquillo, el equipo se muestra irregular pero llega con opciones de ascenso para la última jornada. El Alavés juega en Eibar, gana el partido, pero la victoria del Getafe en Tenerife hace que el Alavés no ascienda. El Alavés, tras mucha rumorología, cambia de manos: Gonzalo Antón, heredero de Arregui, vende el 51% al ucraniano Dmitry Piterman.

La gran crisis del club

Tras unas complicadas negociaciones, en verano de 2007, Fernando Ortiz de Zárate se convirtió en presidente del Deportivo Alavés. La entidad arrastraba graves problemas económicos debidos a la mala gestión de Dmitry Piterman, por lo que el club entró en concurso de acreedores, lo que acarreó una intervención judicial. Al estar en la situación concursal , el club debía ahorrar dinero, por lo que limitó drásticamente los fichajes y muchos jugadores abandonaron el club vitoriano. Durante la temporada 2007/08 el Alavés fichó a jugadores jóvenes y a Josu Uribe como entrenador con el objetivo de mantenerse en segunda, pero los malos resultados hicieron que Josu Uribe fuera cesado.

El club fichó entonces a José María Salmerón como nuevo técnico albiazul, consiguiendo la permanencia en Segunda División en la última jornada, tras la histórica remontada contra laReal Sociedad (3-2, con el gol de Toni Moral en el min 94), y el Celta de Vigo (2-3). La permanencia en segunda permitió que el club no desapareciera, ya que el descenso a 2ªB, sería económicamente inviable para el club.

Finalmente, en la temporada 2008/09 el Alavés baja a Segunda División B tras perder 2-1 contra el Celta de Vigo, ganar 1-0 contra el Alicante CF y perder 1-0 contra el Albacete. La temporada 2009/10 en 2ªB comienza con un prometedor arranque, sin embargo, tras una mala racha de resultados, el Alavés volvió a cambiar de entrenador contratando a Iñaki Ocenda, quien conectó con el equipo concluyendo la temporada en 5ª posición.

La temporada 2010/11, año del XC Aniversario del club, tras un arranque de liga inmejorable con 8 partidos invicto, el Alavés se proclamó campeón de invierno de su grupo, siendo además el equipo más goleador de toda la Segunda División B, sin embargo, la buena racha se truncó a mitad de la segunda vuelta, clasificándose finalmente en la 3ª posición. En los play offs de ascenso, tras eliminar a la UD Melilla, cae en la 2ª ronda frente al Lugo.

El 2 abril de 2011 Josean Querejeta, presidente del exitoso club de baloncesto local Saski Baskonia, se hizo con el control del club a través de Avelino Fernández de Quincoces, uno de sus hombres de confianza, tras lograr apoyo político de las instituciones alavesas. No obstante, la negativa de Caja Vital al préstamo de 2 millones de euros al grupo inversor, puso de nuevo en riesgo la existencia del club. Finalmente, el 24 de junio se hizo oficial la entrada del nuevo grupo inversor con Fernández de Quincoces a la cabeza. La nueva temporada concluye con el equipo fuera de los puestos de "play-off" y su prematura eliminación en la Copa del Rey frente a la UD Logroñés.

Retorno a Segunda División

Tras unas temporadas convulsas, la entidad vasca regresa a la Segunda División el 1 de junio de 2013, venciendo en el partido de vuelta de la eliminatoria de ascenso al Real Jaén Club de Fútbol por 1-0, con gol de Viguera de penalty y tras cosechar un empate a un gol en el de ida disputado en el estadio de La Victoria. Además, la temporada termina de la mejor manera posible, ya que los babazorros consiguen alzarse con el título de campeón, el 16 de junio, tras vencer al CD Tenerife por 2-0 en la ida y perder por 2-1 en la vuelta.

La vuelta al fútbol profesional no fue sencilla. Con varios cambios de técnico, que terminaron con Alberto López como entrenador del primer equipo se logró la permanencia en la categoría de plata en la temporada 2013/2014 en los últimos minutos de la última jornada en un épico partido frente al Real Jaén con un gol de Guzmán Casaseca.

Tras varios años intentando solucionar el tema de la deuda que el conjunto vitoriano arrastraba desde la salida de Dmitry Piterman del club en el año 2007, a principios de verano del 2015 el club sale del concurso de acreedores poniendo fin a esa étapa "negra" en el seno del club. Abriéndose así un nuevo periodo para el conjunto vitoriano, en el que una vez eliminada la deuda el próximo paso que el club se propondría sería el confeccionar una plantilla que le hiciera regresar a la Primera División. Con ese nuevo objetivo en mente se produciría la llegada de José Bordalás al banquillo de la entidad de Cervantes el 11 de junio de 2015.