Embedded Files
Post date: Jul 5, 2014 3:14:58 PM
MrBayes3.2のパラレル化
http://mrbayes.sourceforge.net/index.php
添付のReadMe-Mac.rtfを見ながら．．．
Mac OS 10.9.3
(1)
MacPortのインストール
http://www.macports.org/install.php
OSにあったものをDLし，指示通りに
インストール完了後，ターミナルから
$ sudo port -v selfupdate
(2)
xcodeもインストール
コマンドラインバージョンをターミナルからインストールする必要がある
(3)のコマンドを入れて，Warningに記されたように
$ xcode-select --install
そして
$ sudo xcodebuild -license
めんどくさい
(3)
でやっとopenmpiのインストールが可能に
$ sudo port install openmpi
えらく時間がかかった
(4)
そしていよいよrun
$ openmpirun -np N mb-mpi ファイル名
Nはプロセッサの数
走らない
ls /opt/local/bin/
でファイル名を見てみる
（この前に下記：追をやってみたが）
mpirunというのがある
$ mpirun -np 2 mb-mpi ファイル名
走った
ちゃんと2つ使っている．
〜〜〜
追：
インストールの最後の方に
+--- OpenMPI Usage note ----
| The mpicc wrapper (and friends) are installed as:
|
| /opt/local/bin/mpicc-openmpi-mp (likewise mpicxx, ...)
|
| To make openmpi-default's wrappers the default (what you get when
| you execute 'mpicc' etc.) please run:
|
| sudo port select --set mpi openmpi-mp-fortran
+-------------------------
こう書いているのでやってみる
必要だったかどうかはわからない
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