Balai Pengujian Mutu dan Sertifikasi Produk Hewan (BPMSPH) berdiri diawali dengan terbitnya SK Menteri Pertanian No. 466/Kpts/OT.210/1994 mengenai Organisasi dan Tata Kerja Loka Pengujian Mutu Produk Peternakan, berkedudukan di Bogor dengan wilayah kerja seluruh Indonesia. Tahun 1995/1996, Loka Pengujian Mutu Produk Peternakan (LPMPP) untuk sementara berlokasi di Balai Pengujian Mutu dan Sertifikasi Obat Hewan (BPMSOH), Gunung Sindur, Bogor.
Berdasarkan SK Menteri Pertanian No. 459/Kpts/OT.210/8/2001 pada tanggal 20 Agustus 2001 status LPMPP berubah menjadi BPMPP (Balai Pengujian Mutu Produk Peternakan). BPMPP pada tanggal 24 Mei 2013 berubah menjadi Balai Pengujian Mutu dan Sertifikasi Produk Hewan (BPMSPH) berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 12 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis (UPT) Lingkup Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan, Kementerian Pertanian.